[statistique] Analyse de survie

[petitkikistar]

Bonjour tout le monde,

J'ai un petit probleme sur lequel j'aimerai avoir votre opinion.
Je dispose de donnees me permettant de faire une survival analysis mais je ne sais pas quel model dois je appliquer.
Je dispose de deux modeles:
-le model de Kaplan-Meier
-le model de Cox
Une page internet me dit:
Graphique Kaplan-Meier
Le graphique Kaplan-Meier est une méthode (non paramétrique) permettant de construire des tables de survie. La méthode
prend en compte le fait que certaines personnes ne peuvent pas être suivies jusqu’au moment où l’événement étudié
se produit.Contrairement au modèle de Cox, qui est une forme d’analyse multivariée, la méthode de Kaplan et Meier
n’introduit pas de covariables (analyse univariée).

Mes donnees consistent en une base de donnees avec l'age de debut de la maladie et le genotypage de certains marqueurs pour 200 personnes environ.

Voila, si quelqu'un meme en rapport avec un autre domaine que la biologie pouvait me donner son avis ou un exemple, cela me serait d'une grande aide.

Mon probleme est surtout que dans les publications de mon domaine, les gens utilisent les deux mais sans jamais specifier pourquoi evidemment...

Merci d'avance de vos reponse et bonne journee.
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[kinette]

Bonjour,
Personnellement, par rapport à ton problème, je te conseillerais le modèle de Cox (peut-être aussi parce que c'est celui que je connais le mieux).
Elle peut aussi prendre en compte les données sensurées.
Si j'ai bien compris ta "survie" est en fait le temps écoulé avant le développement de la maladie, et tu cherches à savoir si un génotype influence la rapidité d'arrivée de la maladie?

K.

[petitkikistar]

Exactement! Pile dans le mille!

Je veux savoir si le genotype influence l'age at onset.
Le probleme est que le model de Cox semble faire une modelisation de mes donnees car je trouve la courbe tres tres lisse pour mes trois genotypes (pour un marqueur donne). Comme si a chaque incrementation, meme si le nombre de survivants ne change pas, SPSS (pour ne pas le nommer) faisait une estimation de ce que cela donnerait avec plus de donnees. Alors que Kaplan-meier me retransmet direct les donnees. Il en sors que le resultat est beaucoup plus significatif avec kaplan car il ne lisse pas la courbe en cas d'abscence du nombre de survivants. Du coup cela fait plus de disparite entre les courbes et donc plus de significativite...Moi ca m'arrange pour mon etude mais je doute que cela soit bon.C'est vraiment difficile a expliquer. Sinon, je n'ai pas de donnees censurees car j'ai l'age at onset de tous mes patients.

[kinette]

Bonsoir,
Je ne comprends pas trop ce que tu veux dire... oui le modèle de Cox c'est de la modélisation
As-tu des données censurées dans ton jeu de données?
As-tu bien codé tes données pour utiliser le modèle de Cox?

K.

[A voir en vidéo sur Futura]

[petitkikistar]

Bonjour,
Désolé si je suis pas très précis mais je n'ai eu aucune formation là-dessus et je m'autoforme sur la version anglaise... du coup je n'ai pas le vocabulaire adéquate ni de bases très solides...
Ce que je voulais dire est que le model de Cox semble simuler les changements lorsqu'il n'y en a pas au contraire du model de Kaplan qui lui donne "le nombre de marche" que je lui donné dans les input.

J'ai trouvé comment mieux expliquer!
Imagine que j'ai un marker, donc 3 génotypes possibles (11, 12, 22). Pour le premier genotype, je n'ai que 30 personnes alors que j'en ai 100 pour les deux autres (me parle pas de HWE pas respecté, ce n'est qu'une simulation lol).
Donc si j'utilise ces données toutes ensembles, le model de Kaplan Meier fera 30 "marches" pour la courbe correspondant au premier génotype et me donnera 100 "marches" pour les deux autres courbes.
En revanche si j'utilise le model de Cox, les trois courbes auront 100 "marches"...comme si le model avait simulé ce que cela aurait donné si j'avais eu 100 personnes pour le premier génotype.
Je ne pense pas que ca soit du à SPSS car même le résultats statistique n'est pas du tout le même.

Pour répondre à ta question si j'avais des données censurées, je réponderai que non, si par données censurées tu entends "personnes n'ayant pas encore développées la maladies à la fin de l'étude" ( je ne suis pas sure que ca soit la définition exacte?).
Sinon, je suis sure que j'ai bien codé mes données pour le model de Cox...enfin presque parce qu'à vrai dire je vois pas trop ce qu'il y a à faire de spécial...

Mon principal problème est que je ne saurai pas argumenter pourquoi j'ai choisi plus ce model plutot que le model de kaplan-meier... à part le traditionnel "on a toujors fait comme ca ici" que me sortent mes collègues de labo.
Si tu arrivais à me donner une explication concrète et ton avis sur ce qui est le mieux à utiliser ca serait GREAT!!!!

Bonne journée

[kinette]

Hello,
Bon je pense avoir compris ton problème.
Oui le modèle de Cox c'est bien de la modélisation: il essaie de calculer la probabilité de mortalité à chaque pas de temps à partir de tes données, selon ton génotype (cf. la barbare formule que tu trouveras dans la documentation).
Il me semble que si on a un taux de mortalité non constant dans le temps il faut modifier un peu le modèle de Cox pour pouvoir prendre ça en compte.
Donc pour ta courbe, oui ça me paraît normal et ça n'est pas à mon avis un problème. Il me semble que tu peux avoir la courbe de survie observée et la courbe de survie modélisée dans SPSS.

Pour Kaplan-Meyer, je ne sais pas trop... jamais utilisé.

Pour répondre à ta question si j'avais des données censurées, je réponderai que non, si par données censurées tu entends "personnes n'ayant pas encore développées la maladies à la fin de l'étude" ( je ne suis pas sure que ca soit la définition exacte?).

OK, tu as bien compris. Donc tu n'as pas de données sensurées: ça signifie que dans la colonne où tu dois mettre soit des 0 soit des 1 en fonction de la sensure ou non tu ne mets que des 0 (ou que des 1, je sais plus trop cf. documentation de la fonction).

à part le traditionnel "on a toujors fait comme ca ici" que me sortent mes collègues de labo.

Kofff... kofff... hum ben je te répondrais personnellement la même chose

Bon, je te conseille de faire un tour sur le forum des utilisateurs de R ici: http://forums.cirad.fr/logiciel-R/in...a3f3ca0a827fb6
Peut-être auras-tu des réponses plus précises que les miennes.

Bon courage!
K.

[petitkikistar]

Merci pour ton aide

[kinette]

Bonjour,
Bon après quelques petites recherches on voit que beaucoup d'articles présentent à la fois les résultats d'analyses par le modèle de Cox et par Kaplan-Meyer
Dans cet article ils conseillent le modèle de Cox quand on a des covariables...
http://taylorandfrancis.metapress.co...ph739tbd32.pdf

Cette page peut peut-être t'aider:
http://www.statsoft.com/textbook/stsurvan.html
Ainsi que celle-ci: http://www.graphpad.com/www/book/Choose.htm

Bon courage,
K

[petitkikistar]

clavier qwerty dsl.

Ainsi que celle-ci: http://www.graphpad.com/www/book/Choose.htm

Merci encore pour ton aide.
Pour le lien (ci-dessus) que tu m'as file. Le tableau est tres explicite mais je me demande si j'ai un ou trois groupes car qu'entendent-ils par groupe.
Moi par exemple, je n'ai que des 'cases' et pas de 'controls' mais par contre j'ai trois groupes dans mes cases si on considere chaque genotype comme un groupe...
tu as un avis la-dessus?

[invite1cf56e72]

je dois créer une courbe de survie KAplan Meier et je sais vraiment pas comment m'y prendre kkun pourrait m'aider svp ??