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Caractéristiques des promoteurs, transcrits...



  1. #1
    bara

    Question Caractéristiques des promoteurs, transcrits...


    ------

    Bonjour, je suis actuellement en stage de bioinformatique et je dois créer une base de données pour pouvoir ensuite retrouve un tag à partir d'un trancrit reconnu grâce à un promoteur, que je vais devoir coder en perl!! Il faut deja remplir mes 3 tables : transcript, tag et pomoter!! J'ai déjà mis un identifiant et la sequence, mais ça ne suffit pas, il faudrait rajouter d'autres caractéristiques! Des suggestions?? Si vous avez d'autres idées de table, n'hésitez pas!

    Merci

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    piwi

    Re : Caractéristiques des promoteurs, transcrits...

    Bonjour,

    J'ai du mal même à comprendre ce que vous faites.
    Qu'est ce qui est tagué? Vous reconnaissez un transcrit grace au promoteur qui controle son expression?
    Je suis désolé mais ca n'est pas clair.

    Vous faut il les caractéristiques générales d'un promoteur ou les caractéristiques d'un promoteur particulier? Un promoteur bactérien ou eucaryote? Un promoteur pris au sens strict (promoteur minimum) ou au sens large (séquences régulatrices types enhancer, silencer)?

    Difficile de vous aider dans l'immédiat en tout cas.

    Cordialement,
    piwi

  4. #3
    bara

    Re : Caractéristiques des promoteurs, transcrits...

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Bonjour,

    J'ai du mal même à comprendre ce que vous faites.
    Qu'est ce qui est tagué? Vous reconnaissez un transcrit grace au promoteur qui controle son expression?
    Je suis désolé mais ca n'est pas clair.

    Vous faut il les caractéristiques générales d'un promoteur ou les caractéristiques d'un promoteur particulier? Un promoteur bactérien ou eucaryote? Un promoteur pris au sens strict (promoteur minimum) ou au sens large (séquences régulatrices types enhancer, silencer)?

    Difficile de vous aider dans l'immédiat en tout cas.

    Cordialement,
    piwi
    Bonjour,
    ici, un tag est une séquence de 10 pb tirée d'un ou 2 transcrits!! En effet, je dois reconnaitre un transcrit à partir d'une séquence d'un promoteur.
    Sinon, je voudrais des caractéristiques générales servant à caracteriser un promoteur, ou un trancrit pour pouvoir les rajouter à mes tables!!

    Merci

  5. #4
    bara

    Re : Caractéristiques des promoteurs, transcrits...

    euh, je dois plutot reconnaitre un promoteur à partir d'un transcrit, excusez moi!

  6. #5
    desdemone

    Re : Caractéristiques des promoteurs, transcrits...

    Bonjour,

    Votre problématique me fait étrangement penser à RSA-tools. Vous devriez aller voir le tutorial de cette suite d'outils.

    Cordialement
    Dedemone

  7. A voir en vidéo sur Futura

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