Caractéristiques des promoteurs, transcrits...
Bonjour, je suis actuellement en stage de bioinformatique et je dois créer une base de données pour pouvoir ensuite retrouve un tag à partir d'un trancrit reconnu grâce à un promoteur, que je vais devoir coder en perl!! Il faut deja remplir mes 3 tables : transcript, tag et pomoter!! J'ai déjà mis un identifiant et la sequence, mais ça ne suffit pas, il faudrait rajouter d'autres caractéristiques! Des suggestions?? Si vous avez d'autres idées de table, n'hésitez pas!
Merci
Bonjour,
J'ai du mal même à comprendre ce que vous faites.
Qu'est ce qui est tagué? Vous reconnaissez un transcrit grace au promoteur qui controle son expression?
Je suis désolé mais ca n'est pas clair.
Vous faut il les caractéristiques générales d'un promoteur ou les caractéristiques d'un promoteur particulier? Un promoteur bactérien ou eucaryote? Un promoteur pris au sens strict (promoteur minimum) ou au sens large (séquences régulatrices types enhancer, silencer)?
Difficile de vous aider dans l'immédiat en tout cas.
Cordialement,
piwi
Bonjour,Envoyé par piwi
ici, un tag est une séquence de 10 pb tirée d'un ou 2 transcrits!! En effet, je dois reconnaitre un transcrit à partir d'une séquence d'un promoteur.
Sinon, je voudrais des caractéristiques générales servant à caracteriser un promoteur, ou un trancrit pour pouvoir les rajouter à mes tables!!
Merci
euh, je dois plutot reconnaitre un promoteur à partir d'un transcrit, excusez moi!
Bonjour,
Votre problématique me fait étrangement penser à RSA-tools. Vous devriez aller voir le tutorial de cette suite d'outils.
Cordialement
Dedemone
