designer des sondes pour microarray

[invite3fd45b2e]

Bonjour à tous,
J'ai découvert ce forum récemment, et je pense qu'il y a peut être des personnes qui ont les compétences que je cherche : Je dons commencer un projet microarray de zéro, en commençant par le design de chaque sonde.
En fait, je dois travailler sur un certain nombre de gènes connus chez plusieurs bactéries différentes. Je ne pars pas d'un clonage, mais de séquences extraites à partir d'Entrez Nucléotide. Mon problème, c'est que je n'y connais rien et mon chef non plus ... J'ai essayé d'otenir l'aide d'Agilent qui m'a envoyé sur eArray, mais je n'arrive pas à charger mes séquence pour qu'il me trouve des sondes ...
Ma question est : connaissez-vous des logiciels gratuits et pertinents pour designer des sondes microarray ??? Primer 3 ne designe pas de 60 mer...
Là, je suis à bout ! on me demande d'avoir des compétences que je n'ai pas, je dois finir ma thèse dans 1 an à peine et je ne m'en sors pas !!!AIdez moi s'il vous plait !!!
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[invitea91ee15c]

Bonjour,

Normal de la part d'Agilent de vous envoyer sur un site destiné à des manipulateurs de biopuces expérimentées car autrement comment vous vendre une formation à 1 ou 2 k€ la journée ?

Des logiciels gratuits existent pour analyser les résultats mais à ma connaissance pas pour les designer. Il faudrait poser ta question sur un forum de bioinformatique comme bioinfo-fr.org.

En revanche si tu dois finir ta thèse dans moins d'un an, sans la baclée, il te faut l'aide d'un bioinformaticien en prestation quelques jours par mois pour effectuer les tâches que tu ne pourras pas faire dans les temps.

Désolé de ne pouvoir pas faire grand chose pour toi personnellement.

[gorben]

Salut,

A ma connaissance, tous ceux qui ont fait des sondes pour microarray l'ont fait "a la main". C'est a dire que tu recuperes ta sequence dans ncbi, tu cherches tes oligos avec l'aide d'un software si tu veux genre Vecteur NTI (gratuit chez invitrogen), puis tu blast pour voir si c'est specifique etc...
Faire le design d'une microarray c'est tres tres long quand tu n'as ni les competances, ni l'aide necessaire. J'ai vu beaucoup de personnes passer une these entiere juste sur le devellopement de la miccroarray !

Si tu es en derniere annee de these, je te conseille vivement de re-discuter de ca avec ton directeur de these, de plus tu n'as pas l'air d'etre franchement emballe par l'idee du design, et tu as raison ! Il existe peut etre un moyen pour toi de finir ta these sans ces manips.
Sans vouloir te demoraliser, la derniere annee de these passe tres tres vite, tu vas avoir les papiers a rediger, la these, un boulot a trouver etc... Ce genre de projet va te faire "dormir" au labo !

Si y'a vraiment pas moyen pour toi de passer outre le design, je te conseille de suivre une formation payante chez une boite specialisee. C'est cher, mais ca te permet de partir sur de bonnes bases. Ils te donneront toutes les astuces et de l'aide par la suite en cas de probleme. Et puis au pire, meme si tu n'a pas le temps de finir ta puce pour ta these, tu auras fais une formation qui t'apportera un plus par la suite.

Desole de ce message peu encourageant, mais n'oublies pas que ta these (et surtout la derniere annee !) n'est pas destinee a developper du materiel et des techniques lourdes. C'est le role des ingenieurs, voire des chercheurs titulaires !!

A+

[invite3fd45b2e]

Merci pour vos conseils.
Pour ce qui est du temps passé pour l'analyse des manips de microarray, beaucoup de gens m'ont déjà mise en garde, donc je ne suis pas surprise (et pas moins désespérée...). Peut-être que je peux au moins essayer de convaincre mon directeur de thèse de modifier ma stratégie en prenant des puces déjà existantes (s'il en existent qui collent avec mon sujet...)

[A voir en vidéo sur Futura]