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variabilité microarray



  1. #1
    biologiste123

    variabilité microarray

    Bonjour a tous,

    J'ai appris aujourd'hui, lors d'un de mes cours, qu'il existait une grande variabilité lors d'une expérience microarray... En d'autres mots, que lorsque que l'on faisait une meme expérience microarray dans deux labo différents, on obtenais très souvent des réusltats différents...

    Est-ce que quelqu'un a une idée des facteurs qui influence ca?

    Il y a des publication la dessus ? J'ai un peu cherché sur pubmed, mais n'ai pas trouvé quelque chose de vraiment convaincant...

    Merci d'avance...

    -----


  2. #2
    Borh

    Re : variabilité microarray

    De quelles microarray parles-tu ? Puces d'expression, CGH Array, puces à SNP ?
    D'une façon générale, les protocoles comportent un nombre d'étape assez important, donc les facteurs sont multiples (synthèse des sondes, type de lamelle, préhybridation, hybridation, lavage, séchage etc.....)

    Bref, effectivement, le transfert de ce type de technologie n'est jamais aussi simple qu'on le voudrait.

  3. #3
    biologiste123

    Re : variabilité microarray

    [QUOTE=Borh;774952]De quelles microarray parles-tu ? Puces d'expression, CGH Array, puces à SNP ?
    [QUOTE]

    La je parlais de puce pour du gene expression. Merci pour la réponse, mais y a-t-il des points que l'on connais particulièrement sensible?
    A-t-on des exemples flagrants ou deux expériences on donné des résultats vraiment opposés? (ou interprétables de facon opposée?)

  4. #4
    Borh

    Re : variabilité microarray

    Bah le truc, c'est qu'à partir du moment ou les conditions ne sont pas optimisées, la variance peut être telle que tu peux te retrouver avec des résultats opposés simplement à cause de la marge d'erreur.
    Tu peux limiter en répétant la manip.
    Mais je ne connais pas de cause spécifique. Il y a tellement d'étape dans ce type de manip que c'est pas facile de trouver où ça déconne.
    (j'avais oublié la qualité du spotting si la puce n'est pas commerciale et l'âge de la lame. Encore des étapes très importantes).

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