Logiciel en biologie

[lullane]

Bonjour,
Je cherche les noms pour : -un logiciel de définition d'amorces de PCR
-un logiciel d'alignement de séquences nucléotidiques
- un logiciel de cartographie génétique

Merciiiiiiiiiiiiiiiiiiiii
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[invite200aa768]

Bonjour,
pour mes PCR je dessinais mes primers sur primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/). je le faisais en ligne, mais je crois qu'on peut telecharger le logiciel.

Pour le reste, c'est hors de mon cadre de recherche...desole.

[LXR]

bonjour,

Comme logiciel d'alignement de séquences nucléotidiques il y a matcher qui est vraiment bien je trouve. Il est sur le site de l'Institut Pasteur.
Pour la cartographie génétique, qu'est ce que tu entends par là : que tu colles ta séquence dans le logiciel et que celui ci te donne le gène concerné et sa position sur son chromosome? Dans ce cas là, je te conseille le Blast du NCBI qui donne ensuite un paquet de lien vers une multitide d'information dont un lien (je ne sais plus lequel ) donne la position sur le chromosome.

Greg

[lullane]

je n'arrive pas à ouvrir le lien que vous avez donné ça me dit que la page est introuvable....

[A voir en vidéo sur Futura]

[lullane]

En fait pour la cartographie genetique je ne sais pas, ça ne m'a pas ete precisé.... Mais je pense que c'est ce que vous dites ... Merci

[piwi]

Salut,
Pour les primers je pense que primer3 est effectivement un must. Fonctionne très bien online.

Pour les alignements de séquences je te conseille quand même soit clustalw pour les alignements multiples soit align pour les aligments par paire (deux séquences).
Tu peux aussi utiliser T-coffee pour faire des alignements à partir d'alignements issus de différentes sources.
une adresse importante pour tout cela: http://www.ebi.ac.uk/Tools/sequence.html

Pour les cartes génétiques je ne sais pas trop ce que tu entends par cela:
Si c'est de la recherche de sites de restriction il y webcutter 2.0 Pas mal même si je trouve que la présentation des résultats n'est pas forcément super agréable à lire.
http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

Si l'objectif est juste de placer un gène sur les chromosomes alors ensembl fait cela très bien
e! : http://www.ensembl.org/index.html

Cordialement,
piwi

[gorben]

Salut,

sinon y'a Vector NTI de chez invitrogen, qui est gratos et qui fait tout ce que tu demandes et meme beaucoup plus, et la plupart du temps tu peux travailler offline !!!!

A+

[invite200aa768]

je n'arrive pas à ouvrir le lien que vous avez donné ça me dit que la page est introuvable....

Tu tapes primer3 sur google et tu vas le trouver...

[Jean-Luc P]

Vous connaissez Genedoc pour les alignements ?

Si oui qu'en pensez vous ? Je l'utilise fréquemment mais je pense que je ne l'utilise pas de manière optimale, je suis parfois obligé de compléter les alignements "à la main"...

[Jean-Luc P]

Je viens de trouver un portail qui pourrait intéresser :
http://homepage.univie.ac.at/herbert.mayer/MainSIM.html