Programme de bio-informatique

[invite6709e8d6]

Bonjour

Je cherche sur le net un programme bio-informatique qui regrouperais plusieurs programme d’analyse de séquences ADN et protéiques comme NIX anciens programme de HGMP qui pouvait traiter un contig
connaissez vous un site hébergent ce type de programme
Merci
julie
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[yoda1234]

Message déplacé: Je pense que tu auras plus de chances de réponses dans ce forum.

[invite7a8ce750]

Bonjour

Je cherche sur le net un programme bio-informatique qui regrouperais plusieurs programme d’analyse de séquences ADN et protéiques comme NIX anciens programme de HGMP qui pouvait traiter un contig
connaissez vous un site hébergent ce type de programme
Merci
julie

Il existe des trucs payant qui font ça (ou équivalant).
Sinon, il y en a peu de gratuits (à cause des BD qui ne sont pas dispo).
Souvent en bioinfo, il faut apprendre à les développer soi même ^_^
Bon tu peux quand même essayer
« Software DNA »
sur google, voir
« software dna sequence analysis »
tu en trouveras une coupe.

[invitea91ee15c]

Bonjour,

Je cherche sur le net un programme bio-informatique qui regrouperais plusieurs programme d’analyse de séquences ADN et protéiques comme NIX anciens programme de HGMP qui pouvait traiter un contig
connaissez vous un site hébergent ce type de programme

Wisconsin Package, GCG, ... Ils sont peu nombreux mais jamais open source car autrement l'existance de sociétés bioinformatique ne serait plus possible et les postes de bioinformaticiens n'existeraient plus ou presque.

Le meilleur dans ce domaine est à mon avis celui d'Accelrys.

Cordialement,
Desdemone
bioinformaticienne

PS pour le modérateur : c'est un sujet de biologie pas d'informatique, vous l'avez donc mal dirigé...

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite7a8ce750]

Bonjour,

Wisconsin Package, GCG, ... Ils sont peu nombreux mais jamais open source car autrement l'existance de sociétés bioinformatique ne serait plus possible et les postes de bioinformaticiens n'existeraient plus ou presque.

Le meilleur dans ce domaine est à mon avis celui d'Accelrys.

Cordialement,
Desdemone
bioinformaticienne

PS pour le modérateur : c'est un sujet de biologie pas d'informatique, vous l'avez donc mal dirigé...

Les postes de bioinformaticiens pourraient très bien existé avec de l'open-source. Comme en IS, par exemple, ils pourraient servir de conseiller, de formateur, ils pourraient adapter des programmes existants, etc.

Et la question porte sur un programme informatique donc est bien à sa place icite.

G.
Prof de bioinformaticien.

[invite2c9cd37e]

Ce n'est pas vraiment mon domaine, mais tu pourras peut-être trouver de l'aide sur BioloGeek.

Peut-être aussi sur ce fil de Framasoft.

Sinon quelques liens glanés ici ou là (je ne sais s'ils correspondent à tes attentes):
e-PCR
primer3
sigma
STRand
Genographer
divers...

[JPL]

Pour multiplier tes chances d'avoir une réponse je déplace vers Biologie.

[invite72953e70]

Bonjour,
Sans l'appui financier d'un gros labo, difficile d'avoir un ensemble de logiciel regroupé avec une interface "biologist friendly".
Le mieux - je crois - est de fouiller un peu sur la page software de TIGR par exemple :

http://www.tigr.org/software/

ou sur le site de l'EBI :

http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Evidement c'est parfois des logiciels à installer en local, de preférence sur une machine UNIX..
Mais si tu nous precise quelles informations tu souhaites obtenir sur tes séquences, on pourra peut-être te guider dans le choix des outils à utiliser

Hope this help
Etienne

NB : moi aussi je trouve que la bioinfo, c'est bien ici

[gorben]

Salut,

Je te conseille Vector NTI d'invitrogen (c'est gratuit).
Sinon tu peux aller fouiller ici http://www.cns.fr/

A+

[invitedb7ba594]

Salut,

Je te conseille Vector NTI d'invitrogen (c'est gratuit).
Sinon tu peux aller fouiller ici http://www.cns.fr/

A+

c'est plus gratuit!