Détection SNP

[inviteec077029]

Bonjour,


Une méthode permettant de révéler des SNP(single nucleotide polymorphisme) qui est la spectroscopie de masse qu'on appelle "GOOD ASSAY". Cette méthode utilise une amorce possédant à son éxtrémité 3', 2 nucléotides sous formes de méthyl sulfonate . On copie la matrice avec cette amorce en présence de didéoxynucléotides. Aprés traitement à la phosphodiesterase, la masse du produit est déterminée en spectrométrie de masse.

Pourquoi utilise-t-on des didéoxynucléotides? Comment agit la phosphodiestérase? Comment cette méthode permet de révéler des SNP ???

Merci de répondre à ma question, il manque des détails à ma compréhension malgré quelque recherches sur internet
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[Jean-Luc P]

Probablement pour faire l'queivalent d'un séquençage de Sanger avec la spectro de masse avec l'analyse fine de la masse des fragmants obtenus....

[inviteec077029]

Donc sa serait l'équivalent d'un sanger fluorescent sauf qu'ici c'est pas la fluorescence des ddNTP qu'on détecte pour avoir la séquence mais la masse des différents ddNTP ??
Aprés séquençage par maldi tof les différentes séquences obtenues sont ensuite alignées. Les sites de polymorphisme de séquences sont alors identifiés oui d'accord ba pourquoi utiliser la technique maldi tof (souvent utilisée pour le séquencage des proteines) plutot que la méthode sanger?? c'est une histoire de sensibilité?

[Jean-Luc P]

Je ne sais pas, j'ai juste raisonné à partir des informations que tu m'as données, je te conseille de faire toi-même la recherche, il ya bien un ou deux bouquins techniques en anglais qui doivent présenter cette technique...

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteec077029]

tu m'as mis sur la bonne voie!!

Merci

[inviteec077029]

Un super article résumant la technique Good ASSAY http://www.cng.fr/download/simplified_good_assay.pdf