Les virus : cellules procaryotes ?

[John78]

En gros (et dans mes termes) l'auteur faisait remarquer que ce qu'on appelle un virus est comparable à une spore, et non pas à un être vivant dans sa forme fonctionnelle. C'est à dire comparable aux multiples cas de vie latente que l'on rencontre par ailleurs dans le vivant, comme les spores de bactéries, les grains de pollen, ou même des formes déshydratées d'organismes multicellulaires (mousses, tardigrades,...).

En réalité les formes latentes des virus correpondent a l'intégration du génome viral au sein du génome de l'hôte. Cette forme de persistence (verticale) a long terme est tres commune chez les virus : retrovirus chez les Eucaryotes, phages tempérés chez les Bactéries (par ex.). Les formes libres des virus sont des adaptations fonctionelles pour se transmettre horizontalement d'hotes a hotes a tres court terme et non pas pour se perpétuer a long terme comme une spore par exemple. Toutefois rien ne dit que les virus ne diverge pas de cellules qui se sont simplifiée au cours du temps et adaptée a une forme parasitaire jusqu'a perdre leur envellope cellulaire...

A+
J
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[invité576543]

Le point n'avait pas eu de réponse à l'époque, et les commentaires ont continué de porter sur la forme "spore". Est-ce que cela veut dire que le point n'est pas important?

Personnellement, quand j'ai lu cette remarque dans le "Pour la Science", ça a bousculé sérieusement ma manière de voir le débat au point de voir la plupart des arguments contre la nature vivante des virus comme à côté du sujet.

Cordialement,

[John78]

Mon point de vue c'est que si on arrive a montrer que d'une manière ou d'une autre les virus, ou certains virus, partagent une origine commune avec des étres cellulaire ("vivants"), alors on enterre la controverse car plus personne ne pourra dire que les virus sont évolutivement inertes. Si on sort d'un cadre évolutif, alors on est bien obligé de fixer une définition arbitraire du vivant et de ce qu'il n'est pas. Exemple, une mitochondrie et un chloroplaste sont des bactéries ultradérivées, donc se sont bien des etres vivants (de mon point de vue évolutif). Si on choisis de les exclure, quid des bactéries parasites intracellulaire type rickettsie, mycoplasma, buchnera ? A partir de quel degré de complexité les inclus t'on dans le vivant ? C'est un peu comme la classification des organismes qui n'a trouvé une issue logique qu'a partir du moment où on a classifier en fonction des relations de parentés évolutives entre ces espèces...

A+
J

[invité576543]

Le simple fait que le code génétique soit le même pour les virus et les cellules n'entraîne-t-il pas nécessairement une origine évolutive commune? Quelle autre explication peut-on imaginer?

Cordialement,

[Jean-Luc P]

Oui, bien entendu mais les mécanismes sont divers, et probablement que les bactériophages n'ont pas la même origine que les virus des plantes, par exemple.


Reliquat d'une/de plusieurs division(s) de la vie qui a poussé le parasitisme à l'extrême, sortie par simplification de fragments de génome ayant acquis un gène de capside, ARN autocatalytiques, plasmides.... les hypothèses sont légion et difficile à tester vu la rapidité d'évolution de ces entités.

[invite0617f33f]

Le simple fait que le code génétique soit le même pour les virus et les cellules n'entraîne-t-il pas nécessairement une origine évolutive commune? Quelle autre explication peut-on imaginer?

Cordialement,

Dans la mesure où c'est la cellule qui interprète le code génétique du virus, on ne peut hélas rien en déduire.
Ceci dit je ne me suis jamais interessé à l'origine des virus, je n'ai donc pas d'hypothèse réellement pertinente à avancer (je jetterai un oeil là-dessus tout à l'heure à la fac si j'ai le temps).

[invite0cbcc379]

La question de départ était les virus : cellules eucaryotes?
La réponse est non ensuite, est-ce vivant?? Comme on a pu le voir même entre nous, ça fait débat
Je ne sais pas non plus d'où ils viennent mais vu que ce sont des parasites obligatoires par définition, ils n'ont pas pu arriver avant une cellule procaryote
De+, le génôme de beaucoup de plantes ont des "parties génomiques virales"
->On ne sait pas (du moins moi ) à quoi elles servent (peut être à rien d'ailleurs) mais on a l'impression qu'elles proviennent d'intégration de génomes viraux.

Pour leur évolution, j'aimerais prendre un exemple connu : les pathogènes des plantes
On sait que certains plantes sont résistantes à certains pathogènes puis ces pathogènes acquièrent un nouveau gène d'avirulence et redeviennent virulent, il faut alors que la plante obtiennent un nouveau gène de résistance en corrélation avec le gène d'avirulence du pathogène-> cela est appelé co-évolution

Donc, personnellement, je pense que les virus proviennent d'une co-évolution envers leur hôtes respectifs après pour aller plus loin, ça va être difficil
En tous cas, ça reste un sujet passionnant

[mantOs]

De+, le génôme de beaucoup de plantes ont des "parties génomiques virales"
->On ne sait pas (du moins moi ) à quoi elles servent (peut être à rien d'ailleurs) mais on a l'impression qu'elles proviennent d'intégration de génomes viraux.

Il n'y a pas que les plantes dont le génome contient des "parties génomiques virales". L'être humain en est un bon exemple

[invite08316460]

bonjour
oui je suis tout à fait d accord avec vous que les virus ne sont pas des cellules vivantes mais quant on parle des vecteurs viraux procaryotiques est ce que ça signifie que les virus se comportent comme des cellules procaryotes l'hors de la recombinaison?!!
merci d'avance ...

[Edelweiss68]

Bonjour,

Non, cela signifie qu'ils infectent dans ce cas là, des bactéries procaryotes. Ces "vecteurs viraux" sont des bactériophages.

[kamor]

Ce ne sont pas des organites ! les organites sont des mitochondreis ou chloroplastes par exemple ! Et les bacteries n'en ont pas !

Pas d'accord. Et les bactéries eucaryotes alors ?

[fabien.che]

les bactéries eucaryotes

Ça existe ?

[mantOs]

A ma connaissance non, mais j'espère être vite éclairé.

Il ne faut pas se tromper, un virus n'est pas une cellule.

[piwi]

Une (eu)bactérie eucaryote ça semble quand même assez antinomique dans la mesure où l'une des caractéristiques fondamentales des bactéries est d'être procaryote. Je me demande si il n'y a pas une petite confusion avec les archébactéries.

Cordialement,
piwi

[jmbowie]

Une (eu)bactérie eucaryote ça semble quand même assez antinomique dans la mesure où l'une des caractéristiques fondamentales des bactéries est d'être procaryote. Je me demande si il n'y a pas une petite confusion avec les archébactéries.

Cordialement,
piwi

Que l'on appelle d'ailleurs maintenant plutôt archées pour les différencier clairement des eubactéries.
2 grands types de procaryotes:
- Les bactéries
- Les archées

Il existe des archées qui présentent des structures "noyau-like" mais ce ne sont pas des noyaux. Toutes les archées sont bien sans noyaux (procaryotes)

[Yoyo]

SAlut

On a recemment decrit des bactéries avec des "noyaux" et des vésicules lipidiques... comme quoi

YOyo

[mantOs]

SAlut

On a recemment decrit des bactéries avec des "noyaux" et des vésicules lipidiques... comme quoi

YOyo

Source?
Je veux voir ça!

[doubleD]

Si je me rappelle bien c'est du côté des planctomyces qu'il faut aller voir.

[invité576543]

Planctomycètes. Voir, par exemple :

http://www.wfcc.nig.ac.jp/NEWSLETTER...etter38/a1.pdf

Mais "eubactéries" et "archées" ne sont pas "caractérisées" par l'absence de noyau, dans la vision moderne. C'est la relation phylogénétique établie sur une multitude de caractères qui les définit. Et le mot "procaryotes" ferait mieux d'être relégué aux textes sur l'histoire des sciences...

[noir_ecaille]

Est-ce que les virus peuvent viroler des virus ? J'ai entendu parler des "mimivirus". Que sont-ils ?

[mantOs]

Est-ce que les virus peuvent viroler des virus ? J'ai entendu parler des "mimivirus". Que sont-ils ?

Effectivement, depuis l'an dernier environ il a été mis en évidence un virus "infectant" un autre virus "Spoutnik", ce sont les virophages.

Le lien avec les mimivirus, qui sont des virus géants, est que ce sont eux la cible de ces virophages.

[noir_ecaille]

Dans quel contexte trouve-t-on des mimivirus ? A qu(o)i s'attaquent-ils ?

[Yoyo]

voila une discussion qui devrait répondre à tes questions.
http://forums.futura-sciences.com/bi...e-malades.html

YOyo

[fabien.che]

salut

un virus interagit avec son environement, est capable de le modifier, il est capable d'évoluer et de s'adapter. Il se multiplie et possede certaines activités enzymatiques. Enfin il est séparé de son environement par une membrane.
Tout cela fait des virus un organisme vivant a part entiere, je vois pas comment on pourrait penser que quelquechose de non vivant puisse etre doué de toutes ces caracteristiques

PS/bioman une cellule n'est jamais en equilibre thermodynamique ne serait-ce que pour conserver son potentiel de membrane.

Yoyo

Je relance un peu la discussion sur les virus. Pour me situer dans le sujet, je ne considère pas les virus comme " vivants " . Mais je suis tout à fait disposé à changer d'avis si on me présente les arguments suffisants.

Donc, Yoyo, de quels types d'interactions avec l'environnement parles-tu ?

Et que pensez-vous d'une définition du vivant basée sur les besoins de matières ? Une cellule eucaryote, une bactérie, consomme des éléments de l'environnement, gaz, molécules organiques... A ma connaissance, les virus ne font rien de tel.

Pour moi, les virus c'est un peu la même chose qu'une molécule de signalisation (ligand). Ça reconnaît un récepteur cellulaire, et il s'ensuit toute une chaîne de réactions moléculaires aboutissant à la production de virions. Tout comme il pourrait s'agir de la synthèse d'une hormone, par exemple.

[mantOs]

Et que pensez-vous d'une définition du vivant basée sur les besoins de matières ? Une cellule eucaryote, une bactérie, consomme des éléments de l'environnement, gaz, molécules organiques... A ma connaissance, les virus ne font rien de tel.

Pour moi, les virus c'est un peu la même chose qu'une molécule de signalisation (ligand). Ça reconnaît un récepteur cellulaire, et il s'ensuit toute une chaîne de réactions moléculaires aboutissant à la production de virions. Tout comme il pourrait s'agir de la synthèse d'une hormone, par exemple.

Je connais pas de ligand qui possèdent l'information (génétique) pour son renouvellement (qui est une caractéristique du vivant).

Tout va dépendre de la définition du "vivant" que l'on considère comme juste.

Comme me l'a argumenté doubleD un virus est un parasite obligatoire d'une cellule, comme peuvent l'être certaines bactéries et parasites intracellulaires.
Une fois dans sa cellule hôte, le virus répond à pas mal de caractéristiques du vivant, hors le passage dans la cellule est une étape obligatoire dans son cycle biologique pourquoi donc ne pas voir le virus comme vivant donc?
Quid du grain des spores? Des oocytes parasites ?

Je pense qu'il faut prendre le cas virus avec plus de précaution et ne pas sortir le virus de son cycle complet.

[fabien.che]

Mais je ne sors pas le virus de son cycle complet, au contraire. Un parasite, autre que virus, une fois en place chez son hôte va détourner certaines voies de métabolisation.

Les virus se contentent " simplement " de répliquer du matériel génétique. A aucun moment de son cycle ne virus ne va consommer ou produire quelconque composé organique ou minéral. Et ça, selon moi, ce n'est pas très caractéristique du vivant.

[Alhec]

Les virus possèdent des gènes codant des protéines. Donc une cellule infectée peut produire des protéines virales qui peuvent avoir d'autres fonctions que la réplication: des protéines qui vont par exemple agir sur l'immunité de l'hôte.
Evidemment, c'est la machinerie cellulaire qui va s'occuper de la transcription traduction (quoi que, certains virus apportent leur propre attirail de transcription).

[mantOs]

Mais je ne sors pas le virus de son cycle complet, au contraire. Un parasite, autre que virus, une fois en place chez son hôte va détourner certaines voies de métabolisation.

Les virus se contentent " simplement " de répliquer du matériel génétique. A aucun moment de son cycle ne virus ne va consommer ou produire quelconque composé organique ou minéral. Et ça, selon moi, ce n'est pas très caractéristique du vivant.

C'est pourquoi j'insiste sur la notion de vivant. En fonction du caractère qu'on regarde on s'éloigne plus où moins, mais doit-on à l'heure actuelle les écarter pour autant du vivant?

Trancher par oui ou par non est à mon sens super réducteur.

Lisez ça :

Ten reasons to exclude viruses from the tree of life

et sa réponse :

Ten good reasons not to exlude giruses from the tree of life

Chacun y trouve son compte mais on y voit un peu plus clair et avec plus de recul sur la question.

[fabien.che]

Merci pour ces liens.

Je n'ai pris le temps de lire que la réponse (Ten good reasons not to exclude giruses from the evolutionary picture), et je suis interpellé par cet extrait :

" To exacerbate the difference between viruses and cellular organisms, the authors focused on the 'virion' state of minimal viruses (such as RNA viruses) compared with 'free living' bacteria in a metabolically active state. This is not a valid comparison. Virions should be compared with bacterial spores that are metabolically inactive."

Certes, on considère une spore, étant métaboliquement inactive, comme vivante. Donc, les virus métaboliquement inactifs également, peuvent être considéré comme vivant. C'est ce que je comprends dans cet extrait.

Mais, la spore n'est qu'un état du cycle complet de la bactérie. Or, comme vous l'avez dit, il faut considérer l'ensemble du cycle. Et dans l'ensemble du cycle viral, le virus reste métaboliquement inactif.

Je ne cherche pas à trancher par oui ou non les virus sont vivants (ou pas), j'aimerai juste qu'on débatte sur une des caractéristiques qui pourraient définir la notion de vivant, à savoir, l'existence d'un métabolisme quelconque.

Autrement dit, avez-vous des exemples d'entités vivantes étant, tout au long de leur vie, métaboliquement inactive ?

Je voulais également avancer la notion d'interactions et d'échanges (surtout d'échanges) avec le milieu extérieur. Par exemple, comment un virus réagit-il face à des conditions environnementales défavorables (pour rester sur le thème de la bactérie et de sa spore...) ?

[mantOs]

Merci pour ces liens.

Je n'ai pris le temps de lire que la réponse (Ten good reasons not to exclude giruses from the evolutionary picture), et je suis interpellé par cet extrait :

" To exacerbate the difference between viruses and cellular organisms, the authors focused on the 'virion' state of minimal viruses (such as RNA viruses) compared with 'free living' bacteria in a metabolically active state. This is not a valid comparison. Virions should be compared with bacterial spores that are metabolically inactive."

Certes, on considère une spore, étant métaboliquement inactive, comme vivante. Donc, les virus métaboliquement inactifs également, peuvent être considéré comme vivant. C'est ce que je comprends dans cet extrait.

Mais, la spore n'est qu'un état du cycle complet de la bactérie. Or, comme vous l'avez dit, il faut considérer l'ensemble du cycle. Et dans l'ensemble du cycle viral, le virus reste métaboliquement inactif.

Je ne cherche pas à trancher par oui ou non les virus sont vivants (ou pas), j'aimerai juste qu'on débatte sur une des caractéristiques qui pourraient définir la notion de vivant, à savoir, l'existence d'un métabolisme quelconque.

Autrement dit, avez-vous des exemples d'entités vivantes étant, tout au long de leur vie, métaboliquement inactive ?

Je voulais également avancer la notion d'interactions et d'échanges (surtout d'échanges) avec le milieu extérieur. Par exemple, comment un virus réagit-il face à des conditions environnementales défavorables (pour rester sur le thème de la bactérie et de sa spore...) ?

Si on considère le stade cellule comme un stade à part entière on peut très bien répondre :

Qu'est ce qui permet de discriminer le virus de la cellule une fois celle-ci infectée? Dans ce cas là le virus a des interactions/échanges avec l'extérieur, ainsi qu'un métabolisme.

Pour ce qui est de mieux définir le vivant je laisse à d'autres plus érudits .