Hello, en fait j'ai un peu de peine à m'imaginer en trois dimensions à quoi correspondent ces angles, par exemple psi est l'angle entre le Carbone alpha et le CO, mais je ne vois pas trop ce que cela signifie, à partir de quoi on le calcule.. Si quelqu'un arrive à me l'expliquer ça serait sympa, ou si quelqu'un connaît un lien avec un schéma assez clair. Merci.
Salut cher(e) collègue romand
Les angles phi et psi ont une importance car on s'est rendu compte que certaines fourchettes d'angles sont très fréquentes, alors que d'autres ne sont jamais observées.
Un diagramme de Ramachandran permet de voir quels combinaisons angle phi/angle psi sont fréquentes (lis http://en.wikipedia.org/wiki/Ramachandran_plot). Les 2 plages les plus importantes correspondent aux feuillets plissés bêta et aux hélices alpha, c'est-à-dire que quand une portion de protéine adopte l'une de ces conformations (qui sont les plus courantes), les angles phi et psi correspondants sont adoptés par la protéine. Ceci est tout simplement du aux contraintes stériques (il me semble): les atomes vont là où ils ont le plus d'espace et le moins de répulsion due aux charges.
Hello,
J'ai retrouvé dans mes bookmarks une vidéo très bien faite qui permet de bien comprendre la signification des angles phi/psi ainsi que le diagramme de Ramachandran.
Voir ce lien.
Il s'agir en fait des angles de torsion le long de la chaine principale. Tu te rappelles du diagramme de Ramachandran? Ben il te donne les valeurs pour lesquelles les angles phi et psi ne sont pas possibles ou en tout cas energétiquement moins favorables.
wouaaa Orthank, elle décihire ta vidéo, c'est super clair, je comprend même mieux moi-même !!
Ok merci beaucoup de vos réponses, en effet cette vidéo est vraiment bien pour comprendre!
Y a ce cours aussi:http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/...s-2-200607.pdf
Je ne dis pas qu'il est génial mais il a le mérite d'exister.
Note: la video est pas mal du tout.
Cordialement,
piwi
Bonjour !
Etant débutant en Python, je souhaiterais ecrire un programme permettant de calculer l'angle entre deux vecteurs, sachant que les coordonnées X Y et Z des points sont stockeés dans un fichier (pdb).
Je souhaite cela pour calculer par moi meme les angles Psi et Phi dans une chaine peptidique, pour ceux qui ont fait ou font de la bio.
Merci vraiment d'avance, je suis en galère....!!! Et assez pressé en +..!!
Mon probleme s'adresse donc a ceux qui savent coder en python... Car la formule est assez simple :
le cosinus de l'angle formé entre 2 vecteurs est, par définition, le rapport du produit scalaire des vecteurs sur le produit des normes :
cos a = (XaXb+YaYb+ZaZb) / sqrt((Xa²+Ya²+Za²)(Xb²+Yb²+Zb² )).
J'ai surtout besoin d'aide pour ouvrir le fichier, lire a la bonne ligne et à la bonne colonne les coordonnées, et les inserer dans le programme, qu'il faut construire grace à ce calcul.
Merci !
