ChIP, Q-PCR, Comment exploiter les résultats ?

[invite4944608c]

Bonjour à tous,

Je commence à faire des ChIP et je voudrais faire les PCR qui s'en suivent en quanti.
Le problème est que j'ai l'impression que l'exploitation des résultats est assez compliquée. Par exemple, pour chacun de mes conditions (seulement 2 pour le moment ! Stimulé ou non), j'ai un "imput", une "Ig contrôle" et l'IP spécifique. Et pour chacun de ces points (6 au total), j'ai 3 PCR : G3PDH, région contrôle (où ma prot ne se fixe pas) et région spécifique. En fait, au total, pour 2 conditions à étudier, je me retrouve avec 18 tubes.
Après la quanti, je me demande comment exploiter mes résultats. Dois-je faire des rapports entre les Ct de mes points stimulés ou non, ou dois-je le faire entre les Ct de mes imputs et ceux de mes points ? Ou avec les Ig, ou encore, j'ai une PCR de G3PDH pour tous ces points, est ce que c'est celle-là que je dois utiliser ? Sinon j'ai aussi les régions contrôles par rapport à ma région spé !

Je ne dois pas être très claire , mais les personnes ayant déjà fait de la quanti après un ChIP doivent me comprendre (nan ? ... J'espère que si )

Merci à ceux qui pourrons me répondre.
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[invited953aa87]

Bonjour,
je suis désolée mais j'ai le même problème pour l'analyse des résultats de qPCR ?

[emma59]

C'est très difficile et pas très fiable je dirais la chip.
Je m'y suis repris à 3 fois l'année dernière en plus ça coûte cher (ac et billes).
C'était pour publier: un gel shift ne suffisait pas il leur fallait confirmation par chip. Les résultats ne donnaient rien d'exploitable car il faut aussi faire des contrôles de fixation d'Ac en prenant un témoin non spécifique puis finalement en qpcr impossible de normaliser mon adn obtenu.
En chip j'avais 64 tubes!
Cela ne t'éclaire pas beaucoup; c'est juste pour te souhaiter bon courage et pour te dire de bien réfléchir à tous les paramètres avant de faire ou refaire la manip. Un gel shift est plus simple.

amicalement

[invite58e98b18]

si vous chercher des personnes compétentes pour vous guider dans la mise en place d'une manip de ChIp je vous conseille la société Ademtech (www.ademtech.com) qui vient de sortir un kit CHip.
ils ont un support technique trés fiable et ont réalisé de nombreuses manip de ChIp depuis 3ans ...

[A voir en vidéo sur Futura]