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analyse de résultats PCR-Q



  1. #1
    chnouks

    analyse de résultats PCR-Q

    bonjour,

    j'aurais voulu savoir quelles méthodes d'analyses peuvent etre utiliser pour la RT-qPCR

    perso, j'utilise le logiciel Rest et je voudrais savoir si d'autres personnes l'ont ou l'utilisent et si il est fiable?

    autres questions: que faites vous quand la différence entre 2 réplicats est supérieur à 0.5? pourquoi un seuil de 0.5?

    de même, quel seuil vous utilisez pour savoir si vos échantillons sont différentiellement exprimés? généralement , on utilise 0.5 et 2 mais pourquoi?

    Merci d'avance

    -----


  2. #2
    chnouks

    Re : analyse de résultats PCR-Q

    pas de réponse?

  3. #3
    Annaick_R

    Re : analyse de résultats PCR-Q

    Bonjour,

    je ne connais pas le logiciel Rest mais j'ai quelques pistes à proposer pour répondre à tes questions.

    Citation Envoyé par chnouks
    que faites vous quand la différence entre 2 réplicats est supérieur à 0.5?
    Je suppose que tu parles de la différence de Ct (cycle-seuil) ? Si il y a une différence de 1 Ct, ça veut dire que tu as une différence de la quantité de cible d'un facteur 2 entre tes 2 réplicats. Par exemple, 1000 copies dans un et 500 copies dans l'autre. On peut supposer que ça vient d'une erreur de manip, donc j'éliminerai les 2 mesures.

    Citation Envoyé par chnouks
    pourquoi un seuil de 0.5?
    Moi, je prends un seuil de 1 comme limite car je ne suis pas sûre que la PCR Q soit précise en-dessous. La valeur 0,5 me parait faible : elle correspond à une différence du nombre de cibles de 1,4 (par exemple 1000 et 1400 copies)... Evidemment, la précision de la mesure dépend de la précision avec laquelle on pipette !

    Citation Envoyé par chnouks
    de même, quel seuil vous utilisez pour savoir si vos échantillons sont différentiellement exprimés? généralement , on utilise 0.5 et 2 mais pourquoi?
    Tu parles du seuil de fluorescence ou de la différence entre 2 Ct ? Je ne saisis pas bien (mais ça doit avoir un rapport avec ton logiciel)...
    Ce sont des seuils souvent utilisés en stat'...2 fois plus exprimés et 2 fois moins exprimés

    Annaïck.

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