Bonjour à tous,
je suis actuellement étudiant en thèse et je travail sur un cluster génique bactérien. J'ai déjà une bonne partie de la séquence avec les ORF et les protéines putatives. Cependant j'aimerai avoir une prédiction de la localisation des terminateur, stem loop, promoteurs... y aurait il qq qui connaitrai un logiciel adéquat et encore mieux qui aurai déjà fait des analyses.
Je vous remercie d'avance.
Bon aprem
Salut!Envoyé par wishangel
- A propos des promoteurs bactériens, on peut presque le faire manuellement (tu cherches les bases les plus conservées des consensus et ils sont en général situés à moins de 200 pbs de l'ORF, sauf opéron bien sûr). Si tu m'envoies des séquences, je pourrai t'en répérer un ou deux. Sinon y'en a un que j'utilise parfois (BProm de SoftBerry: http://softberry.com/berry.phtml?top...ubgroup=gfindb)
- Pour les terminateurs et steem-loop, cherche des séquences en inversées répétées; le mieux c'est de prendre une séquence en fin d'ORF et/ou d'opéron et l'aligner avec elle même en antiparrallèle. Sinon, il y a cela mais je ne sais pas ce que ca vaut: http://transterm.cbcb.umd.edu/
- Enfin, étant donné la quantité de séquences déjà annotées dans la GenBank, tu peux essayer de Blaster
PS: Sur quel genre de cluster tu bosses? Ca m'intéresse vivement cette histoire (en bon amateur des éléments génétiques bactériens...)
Salut et merci,
j'ai testé le site pour les promoteurs et c'est plutôt bien.Sinon je bosse sur les genes impliqués dans la biosynthèse d'une bacteriocines. Et effectivement il semble que le cluster est organisé en plusieurs unités transcriptionnelles, ce qui facilite pas la tache. Malheureusement je ne peux pas en dire bcp plus car soumis a la confidentialité...
J'aurai encore qq question mais j'ai pas énormément de temps. Je pense que je repasserai en debut de semaine prochaine.
Encore merci
bonne soirée
