addition de nouveaux gènes ?

[invite1f748f81]

Bonjour, ce matin je me suis confronté a plusieurs questions qui me taraudent mais sans réelles reponses :

- Comment a partir d'organismes qui ont un genomes de quelques milliers de gènes on arrive à des organismes qui ont plus de 100000 gènes comme certains végétaux, j'entend par la; les gènes "ancestraux" comme on dit il faut bien pour une fonction nouvelle qu'ils apparaissent de quelque part donc je me suis 2 choses ; soit c'est juste un histoire de mutations additionnelles mais dans ce cas la probabilité d'obtenir un gène qui tienne la route au niveau protéique surtout lorsque la masse moléculaire des prot est grande est assez faible et surtout ca prendrait des millions d'années au vu du nombre relativement faible de mutations des cellules germinales.
Ou alors je me suis dit : c'est une addition de genomes bacteriens etc .... comme on le connait et utilisons avec la biotechnologie moderne.
Mais ca me parait peu concordant, donc comment en somme les nouveaux gènes apparaissent ils ? D'ou viennent nos "gènes ancestraux ?!"

Merci à vous , bonne journée
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[MaliciaR]

Bonjour, ce matin je me suis confronté a plusieurs questions qui me taraudent mais sans réelles reponses :

- Comment a partir d'organismes qui ont un genomes de quelques milliers de gènes on arrive à des organismes qui ont plus de 100000 gènes comme certains végétaux, j'entend par la;

Bonjour,
La question a été posée plusieurs fois déjà...
Pouvez-vous donner un exemple de végétaux ayant plus de 100 000 gènes?
L'accumulation de répétitions, vous connaissez? Les microsatellites, les minisatellites, les transposons, les pseudorétrogènes, toutes ces choses, vous connaissez?

les gènes "ancestraux" comme on dit il faut bien pour une fonction nouvelle qu'ils apparaissent de quelque part donc je me suis 2 choses ; soit c'est juste un histoire de mutations additionnelles mais dans ce cas la probabilité d'obtenir un gène qui tienne la route au niveau protéique surtout lorsque la masse moléculaire des prot est grande est assez faible et surtout ca prendrait des millions d'années au vu du nombre relativement faible de mutations des cellules germinales.

Un gène peut ne pas être exprimé => pas de fonction. Donc dire que l'organisme a besoin d'une nouvelle fonction et donc, en gros, il "décide" de créer un gène pour ça est un peu bizarre...
"Un gène qui tienne la route au niveau protéique" veut dire quoi? Vous voulez peut-être dire un gène codant pour une protéine pleinement fonctionnelle...?
Qu'est-ce que l'histoire de mutations additionnelles? Vous voulez parler de plusieurs mutations se produisant au sein d'une séquence d'ADN codante = gène qui amèneraient à un nouveau gène fonctionnel?
La phrase soulignée m'est incompréhensible... Désolée...
Quel est le nombre relativement faible de mutations des cellules germinales?

Ou alors je me suis dit : c'est une addition de genomes bacteriens etc .... comme on le connait et utilisons avec la biotechnologie moderne.
Mais ca me parait peu concordant, donc comment en somme les nouveaux gènes apparaissent ils ? D'ou viennent nos "gènes ancestraux ?!"

Merci à vous , bonne journée

Addition de génomes bactériens? Vous voulez dire que par exemple deux cellules bactériennes d'E.coli vont rejoindre leurs génomes? Et que ces deux génomes serait viables et donneraient des Insectes par exemple (pour prendre un exemple d'organisme "plus complexe et plus évolué")?
Pourquoi si c'est connu et autant utilisé par la biotechnologie moderne, selon vous, cela vous paraît néanmoins peu concordant?

Cordialement,

[invite217f3aaa]

c'est une addition de genomes bacteriens etc ....

Je pense qu'il faisiait références aus Eucaryote chez qui on a des gènes nucléaires d'origine bactérienne.
Ces transferts horizontaux de gènes auraient beaucoup joué aucours de l'évolution. Mais il n'explique pas vraiment comment on arrive à une augmentation et diversification de gènes. Ca c'est le boulot de

L'accumulation de répétitions, vous connaissez? Les microsatellites, les minisatellites, les transposons, les pseudorétrogènes, toutes ces choses, vous connaissez?

[MaliciaR]

Je ne sais pas à quoi il faisait référence justement... C'est pour ça que j'ai demandé.
Et puis, quels gènes chez les Eucaryotes résultent de liaison entre GENOMES bactériens?

Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite217f3aaa]

Et puis, quels gènes chez les Eucaryotes résultent de liaison entre GENOMES bactériens?

Aucun gène Eucaryote, à ma connaissance, ne résulte de la fusion de genome bactérien ....
Si on admet une origine endosymbiotique des mitochondries et plastes alors les gènes mitochondriaux et chloroplastiques que l'on retrouve dans le genome nucléaire sont bien des gènes d'origine bactérienne.

C'est vrai que dire qu'il y a "addition de genome bactérien" est peut être un peu abusif, mais pas tant que ça finalement.

[MaliciaR]

Aucun gène Eucaryote, à ma connaissance, ne résulte de la fusion de genome bactérien ....
Si on admet une origine endosymbiotique des mitochondries et plastes alors les gènes mitochondriaux et chloroplastiques que l'on retrouve dans le genome nucléaire sont bien des gènes d'origine bactérienne.

Les gènes mitochondriaux se retrouvent dans les mitochondries, les gènes chloroplastiques - dans les chloroplastes... Que vient faire ici le matériel génétique nucléaire (du noyau)?

C'est vrai que dire qu'il y a "addition de genome bactérien" est peut être un peu abusif, mais pas tant que ça finalement.

C'est carrément faux...

Si je suis un peu "tendue" dans ces messages c'est parce que je trouve que lorsque l'on pose une question scientifique, lorsque l'on émet des hypothèses, on essaie d'être rigoureux et clair et non pas de faire un mic-mac de termes scientifiques et essayer d'avoir des réponses claires dessus... La discussion peut être très intéressantes si elle a un sens et non pas si on passe notre temps à essayer de comprendre la question...

Cordialement,

[invite217f3aaa]

Positivons un peu !.
Le DentisteFou n'est peut être pas rigoureux ( ça fait peur ce pseudo ) mais il suffit de lui dire, sans être désagréable.

Retournons sur le lieu du désaccord :

Les gènes mitochondriaux se retrouvent dans les mitochondries, les gènes chloroplastiques - dans les chloroplastes... Que vient faire ici le matériel génétique nucléaire (du noyau)?

Peut être ceci t'éclairera sur ce que j'ai voulu dire:

Mitochondrial DNA repairs double-strand breaks in yeast chromosomes
Miria Ricchetti1, Cécile Fairhead2 and Bernard Dujon2
The endosymbiotic theory for the origin of eukaryotic cells1 proposes that genetic information can be transferred from mitochondria to the nucleus of a cell, and genes that are probably of mitochondrial origin have been found in nuclear chromosomes2.

[invite1f748f81]

Merci quand meme de la réponse un peu evasive, pour en revenir a mon manque de rigueur, désolé mais j'ai pensé à ca ce matin et j'ai rapidement mis mes idées comme elles me venaient en vrac surtout dans le but que vous me disiez justement en détail quels étaient les mécanismes c'est à dire : "Les microsatellites, les minisatellites, les transposons, les pseudorétrogènes, toutes ces choses" donc maintenant je vais me renseigner la dessus.

[invite1f748f81]

J'ai regardé ce que j'ai pu trouver mais ca reste quand même très flou dans mon esprit : au passage les " pseudorétrogènes " je ne sais pas du tout ce que c'est, et pour les microsat, minisat ... en gros le génome s'enrichit de sequences repetitives et après que ce passe t-il pour en revenir au sujet initial ? C'est un peu comme si ces sequences étaient "sculptées" par les mutations ? .... je sens Malicia qui va s'enerver par mon manque criant de rigueur mais j'attends une reponse plutot que des remarques sur mon analyse approximative de ces phenomènes qui pour vous n'ont plus de secret ....
Merci

[MaliciaR]

Bonsoir,
Merci d'arrêter de me prendre pour un Cerber. Si je m'énerve contre le manque de rigueur de quelqu'un qui pose une question c'est parce que ce manque de rigueur empêche la compréhension de la question...
Je ne m'énerve aucunement contre vous personnellement...
Dire que des phénomènes fort complexes n'ont plus de secrets pour quelqu'un c'est un peu provocateur

Comment ça, sculptées?

Cordialement,

[invite1f748f81]

En fait, si vous pouviez m'expliquer relativement simplement le phènomene qui fait qu'on passe de sequence repetitives entre autres à un gène qui ressemble a quelquechose ca me permettrait d'enfin comprendre la reponse dans sa globalité plutot que 4 mots a la suite ?

[MaliciaR]

Euh c'est long et compliqué tout ça...
J'ai un gros oral demain, donc dodo, mais promis, on en parlera parce que ta question est très intéressante (quand elle est correctement exprimée ).

Bonne nuit!
Cordialement,

[MaliciaR]

Positivons un peu !.
Le DentisteFou n'est peut être pas rigoureux ( ça fait peur ce pseudo ) mais il suffit de lui dire, sans être désagréable.

Je ne suis pas désagréable, je tiens juste à préciser que quand on veut apporter quelque chose dans une discussion scientifique, on se doit d'utiliser les mots qui conviennent. Cela ne va pas à l'encontre des idées en vrac ou des idées floues, mais à l'encontre des erreurs induites par un langage trop approximatif.

Peut être ceci t'éclairera sur ce que j'ai voulu dire:

Mitochondrial DNA repairs double-strand breaks in yeast chromosomes
Miria Ricchetti1, Cécile Fairhead2 and Bernard Dujon2
The endosymbiotic theory for the origin of eukaryotic cells1 proposes that genetic information can be transferred from mitochondria to the nucleus of a cell, and genes that are probably of mitochondrial origin have been found in nuclear chromosomes2.

C'est différent de ce que tu disais plus haut. En tout cas, beaucoup plus précis, tu l'avoueras, et tout sauf instinctif
Je lirai la publi et on pourra en parler, ça a l'air fort intéressant! Merci.

Bonne nuit!
Cordialement,

[LXR]

Il y a un modèle plutôt certain de la création de nouveaux gènes par tout organisme à ADN puisque l'ADN est capable de se recombiner de façon homologue. Ainsi, cela permet la duplication de certains segments d'ADN et donc d'allonger la longueur de la séquence génomique.

Cette duplication et très certainement à l'origine des grandes familles de gènes où l'on a une similarité assez forte des séquence, ce qui tend à penser que les gènes d'une même famille proviennent d'une seule séquence ancestrale qui par duplication et par mutations des séquences dupliquées a finit par donner des gènes semblables au niveau d'une voie, mais assez différents pour accomplir des fonctions variées dans cette voie.

D'une autre façon, la duplication a permis aussi de placer des domaines fonctionnels sur des gènes de fonction différente, car pour beaucoup de protéines que l'on rencontre, elles sont formées d'un assemblage de domaines fonctionnels réparties de façon diverse et avec une variabilité de combinaison qui régit la diversité de fonction de ces protéines. Et sans doute que ces ajouts de domaines sur des gènes a permis de les rassembler en de grandes voies très perfectionnées par la diversité d'action et la concordance des mécanismes. Au sein de grandes voies, beaucoup de protéines partagent en commun des domaines, mais sont tout de même très différentes : domaine BRCT pour protéines de réparation et signalisation des dommages à l'ADN, domaine Polo-Box pour des protéines de la mitose, domaines SH pour protéines de la transduction des signaux mitogéniques, domaines bHLH pour les protéines de différenciation,.........Atten tion, je ne veux pas dire que les protéines appartenant à ces voies possédent toutes le domaine que je leur ai attribué, c'est plutôt que ces domaines sont très retrouvés dans la voie où je les ai placés.

Les translocations ont probablement joué un grand rôle là dedans : par exemple, l'organisme duplique la moitié d'un gène et la transloque dans un autre gène de fonction différente, on a encore apparition d'un nouveau gène et peut-être rapprochement des deux gènes qui partagent maintenant une partie en commun...

Greg

[doubleD]

salut

pour revenir sur le transfert de dna bactérien dans le génome nucléaire, y a un bel article dans science.
Là où c'est intéressant c'est qu'apparament dans les séquençages ont éliminait les séquences d'origine bactérienne comme étant des contaminations. Va falloir faire gaffe

Widespread Lateral Gene Transfer from Intracellular Bacteria to Multicellular Eukaryotes
Hotopp JC, Clark ME, Oliveira DC, Foster JM, Fischer P, Torres MC, Giebel JD, Kumar N, Ishmael N, Wang S, Ingram J, Nene RV, Shepard J, Tomkins J, Richards S, Spiro DJ, Ghedin E, Slatko BE, Tettelin H, Werren JH.

Institute for Genomic Research, J. Craig Venter Institute, 9712 Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA.

Although common among bacteria, lateral gene transfer-the movement of genes between distantly related organisms-is thought to occur only rarely between bacteria and multicellular eukaryotes. However, the presence of endosymbionts, such as Wolbachia pipientis, within some eukaryotic germlines may facilitate bacterial gene transfers to eukaryotic host genomes. We therefore examined host genomes for evidence of gene transfer events from Wolbachia bacteria to their hosts. We found and confirmed transfers into the genomes of four insect and four nematode species that range from nearly the entire Wolbachia genome (>1 megabase) to short (<500 base pairs) insertions. Potential Wolbachia-to-host transfers were also detected computationally in three additional sequenced insect genomes. We also show that some of these inserted Wolbachia genes are transcribed within eukaryotic cells lacking endosymbionts. Therefore, heritable lateral gene transfer occurs into eukaryotic hosts from their prokaryote symbionts, potentially providing a mechanism for acquisition of new genes and functions.

[invite1f748f81]

salut, merci pour cette première réponse LXR, remarque et lien vers science interessant

[MaliciaR]

Salut,
Il y a un livre très sympa et accessible que je peux te conseiller : "Evolution moléculaire", Higuet, D. et all, éd. DUNOD.
Sinon, voilà quelques publies intéressantes sur les rétropseudogènes :
http://www.genome.org/cgi/content/abstract/10/5/672
http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...i?artid=330519
http://www.jbc.org/cgi/content/full/280/8/6265
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/re...RY&keytype=ref

Bonne lecture!

Cordialement,

[invite1f748f81]

merci beaucoup à vous, je regarderais le livre qui a l'air très interessant ainsi que les liens

[invite217f3aaa]

Juste pour compléter le topic :

suite au séquençage du genome humain on s'est aperçu que de nombreuse portion de notre génome est d'origine virale !! A hauteur de 8% source : cours de fac.
Et plus intéressant des gènes impliqués dans la formation du placenta sont sous la dépendance d'une séquence promotrice d'origine ...virale!
Conclusion ces additions de séquences d'ADN par transfert horizontal c'est pas rien quand même.

[MaliciaR]

Mais personne n'a dit que le transfert horizontal c'est de la m****...
Autre exemple : les gènes rag1 et rag2 que l'on soupçonne très fortement de provenir de rétrotransposons, sont présents chez tous les Mammifères à mâchoire et ont un rôle super important dans la mise en place du système immunitaire tel qu'on le connaît aujourd'hui...

Cordialement,