spectrometrie de masse
Bonjour,
ce que j'ai compris c'est que la spectrometrie de masse SM permet de séparer les molecules (ici les peptides) selon leur masse. Ce que je ne comprend pas c'est comment avec la spectromrtrie de masse en tandem MS/MS on arrive a deduire la sequence en acides amines a partir des masses des peptides. si vous pouvez m'expliquer le principe ça serait sympa.
Merci
Une protéine étant trop grosse pour être analysé en spectrométrie de masse simple (qui ne fait pas que séparer des molécules quand il est couplé à une HPLC mais qui établi aussi des spectres de fragmentations permettant de déduire la structure de la molécule), on trypsinise la protéine (on la coupe avec une enzyme), on la passe dans un spectrométre de masse qui va fragmenter les peptides en de plus petits fragments, à la sortie il y a un triage des fragments (grâce à une triple quadrupole) et à nouveau leur fragmentation par un deuxième spectromètre de masse pour faire des fragments encore plus petits et qui là vont pouvoir être captés et analysés par ce deuxième spectromètre de masse couplé à un ordinateur pour faire l'analyse du spectre de masse.
Greg
Merci de ta reponse, mais ce que je voulais savoir c'etait comment on pouvait deduire la sequence en acides aminés a partir d'un spectre de masse?
je voudrais savoir aussi si le logiciel de comparaison avec une base de donnée utilisait la sequence en acides aminés ou le spectre de masse pour identifier le peptide ou la proteine en question?
Ah ok désolé. Bein pour déduire une séquence en acides aminés, il faut repérer les ions de type b la plupart du temps. On a des fragmentations entre le NH et le CH, entre le CH et le COOH et entre le COOH et le NH dans la chaine principale des peptides. On distingue donc des ions de type a,b,c respectivement lorsque la charge va du côté N terminal, et des ions de type x,y,z respectivement lorsque la charge va du côté C terminal. A partir de ça, selon les m/z du spectre de masse en calculant les écarts entre les différents m/z, tu peux déterminer la séquence en acides aminés (l'écart étant égal à la masse d'un acide aminé), du moment que tu restes sur le même type d'ion avec lequel tu as commencé. C'est assez complexe à expliquer comme ça, il faut un bon prof et plusieurs TD pour bien maitriser cette interprétation des spectres de masse.
Pour ta deuxième question, en effet, les logiciels se servent du profil du spectre de masse obtenu qui est toujours le même pour un peptide donné, et il interroge des banques de données de spectres de masse auxquels sont attribués une séquence peptidique particulière.
Greg
merci pour votre réponse
Ce qu'il faut avoir a l'esprit, c'est que la masse d'un peptide est statistiquement unique au dela de 6 ou 7 acides amines (je ne sais plus exactement). En comparant les masses des peptides obtenus aux masses theoriques que l'on peut obtenir a partir d'une base de donnees de proteine, on peut identifier ainsi la sequence a partir de la masse (algorithme Mascot).Envoyé par imenely
