Bonjour,
J'aurais encore deux questions concernant la spectrometrie de masse :
1) Lorsque l'on a un spectre, comment savoir si c'est un fragment chargé une seule fois ou plusieurs? si on ne peut pas savoir, comment interpreter un spectre ms/ms et trouver la séquence d'un peptide alors?
2) Comment etre sur de reconnaitre Asn et Asp ou Gln et Glu, est-ce qu'on peut les marquer avant la ms?
merci d'avance...
Dans un spectre de masse, tu ne peux voir que des échantillons chargés. Dans la pratique, les fragments que tu regarde sont fortement ionisés. Ce que tu mesures en réalité dans un spectre de masse, ce n'est pas la masse, mais le rapport charge/masse. Chaque fragment va etre obtenu a plusieurs degres d'ionisation, ce qui va permettre apres traitement mathematique de remonter à la masse de ces fragments. La charge n'est absolument pas un probleme.
Pour le 2, on ne distingue pas Asn de Asp et Gln de Glu. Mais deux incertitudes seulement, ca ne gene pas pour identifier un fragment dans la quasi-totalité des cas.
Charge / mass? ca ne serait pas plutot mass / charge?
Ok pour la suite, mais :
Cela veut dire que l'on ne peut pas déterminer directement l'état de ionisation d'un peptide juste en regardante le spectre? Il faut un calcul important?
Pou reconnaitre les Asn / Asp et Gln / Glu, on ne pourrait pas par exemple fait une acylation avant traitement et donc marquer une des deux espèce afin de les reconnaitre plus tard?
Merci d'avance.
C est effectivement masse/charge que tu mesures.
L etat d'ionisation que tu mesures n'a pas grand chose a voir avec un etat d'ionisation "biologique", l'ionisation est beaucoup plus forte. Mais tu peux parfaitement determiner la charge des fragments, meme si elle n'a pas beaucoup de sens.
Imaginons que tu etudies un fragment et que tu mesures des pics pour m/z = 800, 600, 480, 400
Un rapide calcul te montre que ton fragment a une masse de 2.4 kDa et que celui-ci avait une charge de 3, 4, 5 ou 6.
En general, on n'a pas besoin de distinguer entre D et N ou entre E et Q. S'il s'agit d'identifier une proteine ou un fragment, cette ambiguite ne gene absoulument pas dans la quasi-totalite des cas. Dans les cas restants, certaines reactions chimiaues doivetn effectivement permettre de distinguer les deux
Merci pour l'info...
Juste a titre d'information, j'ai un peu cherché sur pubmed et il y a effectivement une facon de distinguer Asn / Asp et Gln / Glu, il suffit de marque les formes chargée en les méthylant.
