bonjour,comment expliquer la presence de plusieurs fragments sur une electrophorese en gel d agarose d un plasmide pbr322
-----
18/12/2007, 10h56
#2
Vinc
Date d'inscription
février 2004
Localisation
AP-HP
Messages
3 088
Re : electrophorese
Bonjour!
- dégradation, DNase
- plusieurs formes différentes du plasmide (avec insert, sans insert,...)
V.
Primum non nocere.
18/12/2007, 12h37
#3
Abricote
Date d'inscription
janvier 2007
Âge
40
Messages
115
Re : electrophorese
Bonjour,
Je rajouterais "formes plus ou moins surenroulées du plasmide circulaire (dans ce cas, on aurait plutôt un smear) et/ou plasmide sous forme linéaire" à la liste ci dessus.
Bon courage!
Je suis unique, comme tout le monde.
18/12/2007, 13h21
#4
piwi
Date d'inscription
janvier 2005
Localisation
Strasbourg
Âge
46
Messages
7 839
Re : electrophorese
Oui les plasmides peuvent prendre plusieurs conformations qui lui confèrent alors un poid moléculaire apparent différent de celui du plasmide tel qu'on l'attend (du au fait des variation d'encombrement). On peut aussi trouver du plasmide simple brin dans les prep.
Du coup quand on fait migrer un plasmide circulaire, on ne doit pas s'étonner de voir plusieurs bandes apparaitre. Je note que les différents superenroulements sont en quantités discretes donc on ne voit pas un smear mais bien plusieurs bandes.
En général, pour résoudre ces problème on linéarise le plasmide ce qui résoud tous les superenroulements et on n'a plus qu'une seule bande de la taille du plasmide. Si il reste des bandes c'est soit que l'enzyme coupe mal soit qu'il y a du simple brin.
Cordialement,
piwi
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
Aujourd'hui
A voir en vidéo sur Futura
18/12/2007, 13h44
#5
Vinc
Date d'inscription
février 2004
Localisation
AP-HP
Messages
3 088
Re : electrophorese
C'est aussi ce que je sous-entendais par "plusieurs formes de plasmides" sans l'écrire explicitement... Merci d'avoir précisé.
V.
Primum non nocere.
18/12/2007, 14h36
#6
MELISAB
Date d'inscription
février 2007
Âge
39
Messages
110
Re : electrophorese
merci pour votre aide
19/12/2007, 11h02
#7
jmbowie
Date d'inscription
avril 2006
Âge
41
Messages
996
Re : electrophorese
Il y a aussi la contamination (par un autre ADN, plasmide ou non).