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Gènes homéotiques



  1. #31
    Yoyo
    Salut,

    En fait ce que tu decris Igothight est le principe du silencing que nous avons evoque plus tot non?

    POur repondre a coco, oui on est sur de ne pas se tromper car l'insertion d'un gene dans un chromosome de levure se fait de maniere tres efficace et tres specifique. Comme en plus on connait tout le genome de la levure il est facile de verifier ou l'on a insere le gene en question

    Ah la levure quel magnifique organisme

    Yoyo

    -----


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  3. #32
    coco
    Attends, attends... je vois une différence avec le silencing...
    Yoyo, tu m'as dis qu'il s'agissait de chromatine condensée, compaction qui réprimait les gènes situés au niveau de l'ADN pelotonné autour des histones.
    Dans ce qu'écrit Igothigh (Bouh ces noms compliqués ) il s'agit d'un compartiment du noyau où les gènes sont réprimés... enfin c'est ce que j'ai compris ...

    Alors est-ce que la chromatine condensée est dans un compartiment, une région précise du noyau, et n'en bouge pas ???? Est-ce idiot comme question??? ops:
    Et comment sait-on qu'on insère un gène dans une région condensée ou décondensée du chromosome de levure... Et d'abord comment insérer un gène dans une "pelote" d'ADN condensée???

  4. #33
    Yoyo
    Citation Envoyé par coco
    Attends, attends... je vois une différence avec le silencing...
    Yoyo, tu m'as dis qu'il s'agissait de chromatine condensée, compaction qui réprimait les gènes situés au niveau de l'ADN pelotonné autour des histones.
    Oui c'est un bon resume
    Dans ce qu'écrit Igothigh (Bouh ces noms compliqués ) il s'agit d'un compartiment du noyau où les gènes sont réprimés... enfin c'est ce que j'ai compris ...
    Et pourquoi les genes presents sur ce fragments d'ADN sont ils reprimes hein Bon je ne sais pas a quoi pensais igothigh, mais les regiosn compactees des chromosomes ont une tendance a se regrouper dans des regions que l'on pourrait qualifier d'inactives... lors de l'activation par remodelage de la chromatine alors ces regions du chromosome "sortent" de cette zone d'inactivite pour se retrouver dans les zones de transcription actives. en tout ca sc'est comme ca que je vois les choses
    Alors est-ce que la chromatine condensée est dans un compartiment, une région précise du noyau, et n'en bouge pas ???? Est-ce idiot comme question??? ops:
    Mais non c'est pas idiot (cf ma reponse ci-dessus), elle n'en bougerait pas temps qu'elle est inactive...
    Et comment sait-on qu'on insère un gène dans une région condensée ou décondensée du chromosome de levure...
    Je suis pas sur mais je crois que seule une analyse detaillee de la strucutre des chromosome peut nous permettre de determiner l'etat de condensement de la chromatine....Tu n'as pas de moyen a priori de le savoir, a part peut etre que les telomeres et autre centromeres sont des regions denses.

    Et d'abord comment insérer un gène dans une "pelote" d'ADN condensée???
    Par recombinaison homologue (en tout cas chez le levure), il me semble cependant que ces regions condensees sont des points froids de recombinaison, c'est a dire que celle-ci est tres peu efficace. Mais a moins de connaitre differentes conditions dans lesquelles une meme region est alternativement condensee puis decondensee y'a pas bcp d'autre moyen.

    Yoyo

  5. #34
    coco
    Bon, par recombinaison homologue... pour moi ça veut dire crossing over... tu sembles dire qu'on a du mal à insérer un gène dans de telle régions condensées, et Igothigh (bouh orthographe compliquée ) dit qu'on peut le faire et qu'alors le gène ne s'exprime pas...
    Bon, là c'est trop complexe pour moi... ops:
    Merci pour toutes les infos....

  6. #35
    Igothigh
    Citation Envoyé par Yoyo
    Bon je ne sais pas a quoi pensais igothigh,
    Je detaille l'experience.
    L'idee de depart est de montrer que effectivement dans le noyau il y a des zones ou les genes peuvent etre transcrit et d'autre nom et notament chez la levure que les telomeres qui sont situes en peripherie du noyau sont inactif non pas temps par leur nature mais plutot par leur position dans le noyau (chez les mammiferes, les centromeres sont en peripherie). D'apres les auteurs, il n'y avait que des suspicions mais pas de demonstration claire (il y a 2 ans de cela). Ils ont fait exprimer chez la levure une proteine transmembranaire recombinante ciblee dans le reticulum endoplasmique (qui est continue avec la membrane nucleaire) avec l'idee que cette proteine va a un moment passer dans le noyau et une partie de la proteine va faire face a l'interieur du noyau. Cette partie de la proteine est une proteine fusion avec Gal4 qui lie un certain nombre de promoteur de gene. En ce faisant, les genes sont deplaces de leur zone d'expression vers la peripherie et sont reprimes. Je ne suis plus sur, mais ce deplacement provoque aussi l'expression d'autre gene qui ne le sont pas normalement (par contrainte physique). Je viens de relire mes notes de meeting (pour une fois que ca sert ) et je viens de voir (vive PubMed) que cette experience a donner lieu a un article dans Nat Cell Biol 2002 Mar;4(3):214-21, Je n'ai pas reussi a me connecter ce matin donc je n'ai pas pu verifier si j'avais bien compris la manip

    Citation Envoyé par Coco
    Mais ce qui m'impressionne le plus , c'est que l'on puisse transporter un gène d'une région du noyau, et encore pas n'importe laquelle, savoir qu'il s'y exprimait... et de l'amener dans une autre région, pas n'importe laquelle et voir qu'il ne s'exprime plus!!!! et on sait qu'on ne s'est pas trompé au cours de ces manipulations???
    C'est sur que parfois on peut se poser des quesions... mais la biologie c'est parfois comme le bricolage, pas toujours d'equerre, mais ca tient quand meme

    Citation Envoyé par Yoyo
    mais les regiosn compactees des chromosomes ont une tendance a se regrouper dans des regions que l'on pourrait qualifier d'inactives... lors de l'activation par remodelage de la chromatine alors ces regions du chromosome "sortent" de cette zone d'inactivite pour se retrouver dans les zones de transcription actives. en tout ca sc'est comme ca que je vois les choses
    Effectivement, d'ou l'idee facinante je trouve que l"ADN doit se deplacer physiquement dans le noyau, et que l'absence d'expression peut se faire meme si les facteurs de transcription activateur se lient au promoteur. N'etant pas du tout du domaine, je suis probablement facilement "impressionable" .

    Ce qui me fait poser la question deja mentionner par Coco: qu'est ce qui genere ces contraintes physiques dans le noyau tout en sachant que l'espace libre y est probablement plus que restreint??
    L'actine nucleaire y serait-elle pour quelque chose??

  7. #36
    coco
    -"actine nucléaire"... ??? de l'actine comme dans un muscle???
    -Les centromères à la périphérie... chez les mammifères... ???pourquoi??
    -Y-at-il des gènes qui puissent s'exprimer au niveau du centromère???
    -Les gènes situés à la périphérie seraient donc réprimés...???

    Tant de questions... dans un si petit espace... et moi qui avait décidé de ne plus en poser!!!

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  9. #37
    Yoyo
    Citation Envoyé par coco
    -"actine nucléaire"... ??? de l'actine comme dans un muscle???
    Oui en fait dans le noyau il existerai au moins deux types de réseau.
    i) un premier réseau constitué d'une proteine nommée lamine, qui joue un role dans la réplication de l'ADN ainsi que dans la transcription.
    ii) UN deuxieme reseau constitué d'actine, et de protéines liées a l'actine. Celui-ci est impliqué dans le remodelage de la chromatine, le transport et la synthese des ARNm. (me demandez pas comment j'en sais rien ).


    Je laisse igotigh repondre aux autres questions, je suis pas egoiste

    Yoyo

  10. #38
    Igothigh
    Citation Envoyé par Yoyo
    Je laisse igotigh repondre aux autres questions, je suis pas egoiste
    Yoyo
    Merci Yoyo, c'est trop aimable...

    Citation Envoyé par Coco
    Les centromères à la périphérie... chez les mammifères... ???pourquoi??
    Excellente question et je n'en sais rien...

    Y-at-il des gènes qui puissent s'exprimer au niveau du centromère???
    Je serais tenter de dire non mais je n'en suis pas sur. De plus, j'ai cru entendre que certaines sequences repetees de la region centromerique seraient transcrites et cliver en siRNA (RNA interferant)... Pourquoi? je n'en sais rien (je fais comme Yoyo, je prends les devants )

    Les gènes situés à la périphérie seraient donc réprimés...???
    Pourquoi pas mais rien n'est si sur...

    Et pour l'actine, j'ai meme vu des experiences ou ils font polymeriser de l'actine dans le noyau... c'est joli mais je ne crois pas qu'on sache a quoi ca sert!!

  11. #39
    coco
    Merci beaucoup à vous deux... et je suis ravie, j'aurais aimé avoir des réponses bien sûr, mais quelque part, ça me rassure de voir que ce que je ne savais pas, est partagé par d'autres...

    Alors là, il y a qqchose qui m'intéresse, c'est cette actine, qui donc est à l'origine de mouvements, et si on couple cette observation avec le fait que dans certaines zones du noyau, les gènes sont réprimés.... comme dans la jolie expérience décrite par Igothigh...
    Mais de toute façon, si cette protéine intervient dans le remodelage de la chromatine, elle intervient dans la répression de gènes (silencing )

    Donc les transferts d'ADN d'un point à un autre, sa compactions, phénomènes physiques interviendraient dans la répression de gènes...

    Alors pour les gènes homéotiques... ah oui, le problème c'est que l'intervention ordonnée de ces gènes dans l'espace et dans le temps, ne se fait pas dans la même cellule...Mais ces supposés phénomènes physiques expliqueraient que l'intervention d'un gène est lié à sa place sur le chromosome...
    Bon, je m'amuse un peu, j'aime ça, mais vous pouvez effacer ce message qui n'apporte sans doute rien... ops:

  12. #40
    coco
    Voilà...
    C'est drôle comme "un fil" (c'est ainsi qu'on dit?) se termine...
    Que deviennent-ils quand ils sont vieux...
    J'imagine toutes ces discussions arrêtées, mais qui ont laissé une trace...car ce sont des paroles écrites, des pensées captives...
    Merci...

  13. #41
    Yoyo
    Salut coco,

    Oui on appel bien ca un fil eh ben les vieux fils sont remplaces par les nouveaux et descendent doucement dans la liste des differents sujets traites jusqu'à ce qu'un nouveau venu vienne rajouter un message et le replace ainsi en haut de liste

    Pour ce qui est des genes homeothiques il me semble que c'est un gradient (d'AMPc?) qui se cree selon l'axe d'expression. Ainsi en fonction de la concentration d'AMPc les cellules "savent" ou elles se trouvent dans l'embryons (qui n'est pas encore compartimenté, puisque la compartimentation depends justement des genes homoethiques).

    Ceci dit j'ai trouve un autre exemple de regulation spatio temporelle; c'est le cycle cellulaire. et plus principalement les proteines nommees cyclines, sont etroitement regulee de maniere temporelle.

    Yoyo

  14. #42
    coco
    Citation Envoyé par Yoyo
    Ceci dit j'ai trouve un autre exemple de regulation spatio temporelle; c'est le cycle cellulaire. et plus principalement les proteines nommees cyclines, sont etroitement regulee de maniere temporelle.
    Yoyo
    Alors là, quand tu auras un peu de temps, tu m'en diras davantage...
    Que sont ces protéines?
    Et en effet qu'est ce qui régule le cycle cellulaire... je pensais que c'était la concentrations en certaines molécules, protéines sans doute (les cyclines?), qui au delà d'un certain seuil étaient responsables de la division cellulaire... mais alors seul le temps entre en jeu...

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  16. #43
    Yoyo
    Les cyclines sont des proteines, qui comme leur noms l'indique, cyclent durant le cycle cellulaire, elles peuvent etre stabilisées ou destabilisées par interaction avec d'autres proteines, ou par phosphorylation.

    Voici un schéma pour te donner une idee de la regulation des cyclines lors du cycle cellulaire
    <a href="http://virologie.free.fr/11-Cycle_cellulaire/images/regul_phospho.gif" target="_blank">
    Cliquez ici pour agrandir l'image</a>

    tu vois c'est tout simple
    bon blague mise a part voici un graphe plus simple sur le taux de variation de certaines cyclines durant le cycle cellulaire.




    Yoyo

  17. #44
    Yoyo
    oups j'ai oublié de recommander ces deux liens ou j'ai trouve justement les illustrations ci-dessus, et qui devraient expliquer plus clairement que moi le role exacte des cyclines dans le cycle cellulaire

    Cycle cellulaire (pour les cyclines aller directement au chapitre 3.

    Cyclines et CDK

    Yoyo

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