Bonjour à tous ! Voici mon problème :
Un northern blot est effectué avec les RNA extraits de différents organes de sujets normaux et en utilisant l'ADNc comme sonde. On obtient une bande de 3kb au niveau du foie et une bande de 1,8 kb au niveau du rein et aucune bande pour les autres organes.
Mon problème est de savoir si la RT-PCR aurait apporté les mêmes renseignements . Je pense que non mais je ne vois pas du tout pourquoi . Si vous pouviez m'aider merci .
Pourquoi n'aurait-ce pas été identique ? La RT-PCR est effectuée à partir d'ARN, rétrotranscripts en ADNc ???!!!???
salut
essaye de repondre a ces deux questions:
- de quoi depend la taille des fragments observés en RT-PCR?
- de quoi dépend la taille des bandes observées en Northern?
Si tu trouves, tu auras la reponse a ta question.
YOyo
La taille des ARN peut dépendre en fonction de l'epissage ( epissage alternatif) , de la présence de promoteurs multiples ou une polyadénylation variable non puisqu'il s'agit du même gène? Mon problème est pas d'expliquer la différence de taille entre les ARNs des différents organes mais de savoir si , en faisant une RT-PCR avec partir des ARNs , on aurait obtenu les mêmes renseignements. Je me demande si c'est pas lié à une histoire de détection des ADNc ....
En faisant la reverse transcriptase avec la RNase H , on perd aucun morceau de l'ARN donc l'ADNc obtenu est le même que la sonde utlisée pour detecter les ARNs en Northern Blot non??
OK mais la tu ne fais que répéter ce que tu as dit dans ton premier message.
Tu ne réponds pas a mes DEUX questions.
Yoyo
Bah la taille des bandes observés en Northern dépend de l'épissage , de la polyadénylation ou du promoteur s'il y en a plusieurs.
En RT-PCR , l'ADNc obtenu est complémentaire de l'ARN donc sa taille dépend de celle de l'ARN non?
J'aurais dit que la taille en northern dépend de celle des sondes.
En RT-PCR, de la taille du segment compris entre les deux amorces.
Le résultat de RT-PCR varie en fonction de l'amorce utilisée ( oligo-dT , amorces randoms..) ..
Ou alors , en Northern , on a la taille de tout le fragment d'ARN tandis qu'en RT-PCR , on va amplifier seulement le fragment compris entre les deux amorces donc on aura une taille inférieure ??
Oui c'est a peu pret ca. En Northern tu as la taille de l'ARNm, alors qu'en RT-PCR le fragment ne correspond qu'a la distance entre les deux amorces.Envoyé par carabin1453
YOyo
