Profils d'isolats environnementaux

[invite153e7487]

Salut a tous,

Servant l'ecologie microbienne (et c'est ma joie), j'ai plein d'isolats environnementaux divers (la meme espece, mais venant d'endroits differents, a differents moments, ou hotes, etc) et je veux essayer de trouver des patterns pouvant les regrouper entre eux, de maniere rapide et fiable, que me conseilleriez-vous?

J'envisage de faire des profils PFGE que je couplerais peut etre avec du ribotyping (16S-RFLP ou RFLP sur region intergenique des ADNr?), mais je sais qu'il existe un tas d'autres techniques (D ou TGGE, RAPD, ERIC-PCR, REP-PCR, AFLP, RISA, Box-PCR etc)...

Pour les descriptions des methodes, ca va a peu pres (et encore, pour certaines je ne trouve pas grand chose) mais c'est plutot que je ne sais pas laquelle serait la plus appropriee dans mon cas. Si vous avez des conseils ou des suggestions, n'hesitez pas!

Merci et a bientot !
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[jmbowie]

Salut a tous,

Servant l'ecologie microbienne (et c'est ma joie), j'ai plein d'isolats environnementaux divers (la meme espece, mais venant d'endroits differents, a differents moments, ou hotes, etc) et je veux essayer de trouver des patterns pouvant les regrouper entre eux, de maniere rapide et fiable, que me conseilleriez-vous?

J'envisage de faire des profils PFGE que je couplerais peut etre avec du ribotyping (16S-RFLP ou RFLP sur region intergenique des ADNr?), mais je sais qu'il existe un tas d'autres techniques (D ou TGGE, RAPD, ERIC-PCR, REP-PCR, AFLP, RISA, Box-PCR etc)...

Pour les descriptions des methodes, ca va a peu pres (et encore, pour certaines je ne trouve pas grand chose) mais c'est plutot que je ne sais pas laquelle serait la plus appropriee dans mon cas. Si vous avez des conseils ou des suggestions, n'hesitez pas!

Merci et a bientot !

En fait tu adaptes la technique à la vitesse d'évolution supposé du gène non?

[John78]

Salut
Honnetement je connais pas les raffinements récents, mais perso pour faire ce travail sur des cultures pures de bactéries proches phylogénétiquement je fais "a l'ancienne" : de la PCR puis du RFLP sur l'intergénique 16S-23S. Si tu as de la tune, tu fais la migration sur gel acrylamide pour une bonne résolution. C'est sans doute pas ce qui se fait de plus morderne, mais c'est fiable, rapide et ca coute pas cher. Peut etre certains ont de meilleures solutions, a voir...
A+
J

[invite153e7487]

Merci John78, je pense que je vais essayer ça. Le principe c'est donc que tu prends des primers universels, le forward sur le 16S et le reverse sur le 23S, t'amplifies et tu sequences? Ca permet de faire une sorte de classification phylogenetique fiable?

Merci!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite153e7487]

En fait tu adaptes la technique à la vitesse d'évolution supposé du gène non?

Merci pour ta réponse. Je voudrais des techniques pour classifier les isolats entre eux, je ne travaille pas sur un gene particulier!
A+

[MaliciaR]

Hello,

Ca permet de faire une sorte de classification phylogenetique fiable?

On peut dire ça
Faut-il déjà que tu arrives à choisir quelle méthode tu utiliseras pour faire ta classification (NJ ou ML).

Au fait, Papy John, pourquoi sur l'intergénique 16S-23S? A l'école, on nous a parlé du 16S, mais personne n'a jamais pipé un mot sur l'intergénique... Quelles sont ses caractéristiques?


Cordialement,

[John78]

Salut
Alors en fait l'intergénique 16S-23S évolue plus vite que le 16S, c'est mieux pour étudier des souches phylogénétiquement proche (meilleure résolution). Ensuite avec les profils de restrictions tu fais une matrice binaire (présence/absence des bandes) et tu peux traiter ça sur des programmes de phylogénie simple. Il y a des logiciels genre RAPdistance qui font ça, ou alors tu fais un petit programme pour envoyer ça sur des programmes de phylogénie genre Phylip (il y a une option pour traiter des données binaires). PAUP le fait aussi avec du binaire.
Mais bon encore une fois, il y a peut être plus moderne comme technique
A+
J

[invite153e7487]

Ok merci John pour les conseils sur l'analyse et la resolution, je vais essayer de la RISA sur les isolats alors et regarder ce qu'il se fait d'un peu plus nouveau. Ciao!