Durée de vie d'un ARNm particulier

[MaliciaR]

Bonjour,

Je suis à la discussion d'un minirapport et je voulais expliquer certains résultats par la durée de vie d'un ARNm. La durée de vie de mon ARNm chez le sauvage est de 4-5h (stable, quand même ).
En fait, chez l'un des mutants créés, j'ai une insertion de Tn10 dans la partie 5' du gène en question. Cela fait que l'ARNm que j'aurai sera hybride : une partie ARNm Tn10 fusionnée avec la partie restante du gène inactivé. Est-ce que quelqu'un aurait une idée si je peux considérer la durée de vie de l'ARNm Tn10 comme décisive? Et dans ce cas, plaider en faveur du fait que cet ARNm hybride aura une stabilité inconnue mais assez certainement moindre que l'ARNm sauvage? Parce que c'est ce que je veux : avoir au moins un argument qui tient pour dire que mes résultats sont très probablement dus à une dureé de vie amoindrie de l'ARNm ce qui est une sorte de régulation.

Si quelqu'un a une idée, je serais vraiment reconnaissante

Si je ne suis pas claire, désolée L'autisme de celui qui passe 36h/24 dans un thème est affligeant


Cordialement,
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[MaliciaR]

La durée de vie de mon ARNm chez le sauvage est de 4-5h (stable, quand même ).

Pfff, l'ânerie! C'est la stabilité de la protéine produite, l'ARNm a une demi-vie de 4 min. Parfois, mon cerveau part en vacances sans m'en parler, alors...

Cordialement,

[Zellus]

Salut,

Je ne m'y connais pas beaucoup mais je pense que, à partir du moment où tu as un autre ARN, tu vas avoir une durée de vie différente. Chaque ARN a sa propre demi-vie non ? Et ça doit dépendre de sa séquence.
Après, dire si sa demi-vie sera plus grande ou plus petite ...
Mais c'est une discussion que tu fais, donc tu peux toujours émettre une hypothèse (celle d'une stabilité amoindrie comme tu en a envie par exemple ). Tant qu'après tu proposes un moyen pour le vérifier ...
Parce qu'il y en a des moyens il me semble même si là j'ai pas d'idée qui me viens.

Cordialement

[MaliciaR]

Salut,

Je ne m'y connais pas beaucoup mais je pense que, à partir du moment où tu as un autre ARN, tu vas avoir une durée de vie différente. Chaque ARN a sa propre demi-vie non ? Et ça doit dépendre de sa séquence.

Beh c'est ce que je me dis aussi, c'est logique donc (ou on se plante tous les 2 ).

Après, dire si sa demi-vie sera plus grande ou plus petite ...
Mais c'est une discussion que tu fais, donc tu peux toujours émettre une hypothèse (celle d'une stabilité amoindrie comme tu en a envie par exemple ). Tant qu'après tu proposes un moyen pour le vérifier ...

Ce qui m'arrangerait serait que la demi-vie soit plus petite Je n'ai pas trouvé autre chose, les résultats sont à peine interprétables, et ce pour le groupe entier (on est vraiment des incompétents ).
Je vais fouiller pour des moyens de vérification, si quelqu'un a une idée concrète, je ne la refuserais pas

Merci


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[Zellus]

Ben d'ailleurs comment sais-tu que ton ARNm sauvage a une demi-vie de 4 minutes ?
Tu pourrais trouver celle de ton nouvel ARNm de la même facon non ?

[Zellus]

Ah !! Jai trouvé quelque chose qui peut être pas mal.
En fait, tu peux ajouter de l'actinomycine D à ta culture qui va inhiber la transcription. Tu laisses agir différents temps puis tu extraits tes ARN et tu fais un northern.
Ca te permets ensuite de faire une cinétique pour déterminer la demi-vie de ton ARNm.

C'est qu'une idée ...

[MaliciaR]

Ben d'ailleurs comment sais-tu que ton ARNm sauvage a une demi-vie de 4 minutes ?
Tu pourrais trouver celle de ton nouvel ARNm de la même facon non ?

C'est une info fournie...
Je cherchais un truc genre "région AU-rich en 3'UTR diminue la stabilité" (cas des ARNm eucaryotes), mais valables pour les ARNm procaryotes... Pas trouvé pour l'instant

Merci pour les idées en tout cas Cette histoire d'actinomycine D me paraît intéressante comme suggestion de vérification


Cordialement,

[Yoyo]

Salut

La polyadenilation des ARNm procaryotes provoque leur degradation. Voila une info

Maintenant tu ne trouveras que difficilement des details suffisament precis pour pouvoir argumenter tes resultats sans preuves expérimentales. Je dirais donc que ce n'est pas la peine de perdre ton temps la dessus

YOyo

[MaliciaR]

La polyadenilation des ARNm procaryotes provoque leur degradation. Voila une info

Merci, Yoyo Et elle est utile, oui
Ceci dit, tu aurais des références précises sur les mécanismes? (C'est pour ma culture perso, cette fois ).

Maintenant tu ne trouveras que difficilement des details suffisament precis pour pouvoir argumenter tes resultats sans preuves expérimentales. Je dirais donc que ce n'est pas la peine de perdre ton temps la dessus

YOyo

C'est ce que je pense faire. Pas la peine de passer la soirée à tirer un truc par les cheveux


Cordialement,

[Yoyo]

SAlut

ca date de 2004 mais ca devrait quand meme t'interesser
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15814456

YOyo

[MaliciaR]

Ouaip, ouaip En plus, c'est un revue, ça synthétisera bien les choses.
Merci, Yoyo!

Cordialement,

[gorben]

Salut,

Tu connais l'orientation de ton TN10?? parce que si c'est en antisens, y'a des chances pour que ton ARNm ne soit meme pas exprime ! En effet le promoteur TN10 est fort, et souvent s'il se retrouve en antisens il va empecher l'elongation via le promoteur du gene cible.

A+

[doubleD]

salut

à titre d'info, chez la mito de plante nous on regarde la stabilité d'un transcrit transgénique en regardant la polyadénylation par RT PCR inverse (on ligue les ARNm sur eux mêmes). Ca donne une idée en comparant avec ton contrôle. Ca peut peut être se fairechez les bactéries

[MaliciaR]

Salut,

Tu connais l'orientation de ton TN10?? parce que si c'est en antisens, y'a des chances pour que ton ARNm ne soit meme pas exprime ! En effet le promoteur TN10 est fort, et souvent s'il se retrouve en antisens il va empecher l'elongation via le promoteur du gene cible.

A+

Salut,

Non, je ne connais pas l'orientation du Tn10. En fait, c'est un TP de 2 semaines qu'on avait fait; on a juste vu que le Tn10 était inséré dans l'un ou l'autre gène d'intérêt, on n'est pas allés plus loin que ça.
Mais c'est une très bonne nouvelle que tu m'annonces, Gorben Je me dis que puisque l'insertion se fait aléatoirement, il n'y a pas de "conditions" d'orientation; autrement dit, il peut être inséré en antisens 1 cas sur 2.

Sinon, doubleD, ça aussi c'est une bonne idée de perspective de vérif'
Merci à tous pour les idées et conseils

Bonne journée!

[Zellus]

Salut,

En relisant tout, je me suis rendu compte que tu travaillais sur des bactéries ...
Je sais pas pourquoi je pensais uniquement aux eucaryotes.
Faut vraiment que je fasse des nuits plus longues ...
Juste pour savoir, on utilise bien des transposons chez les eucaryotes aussi non ?
Enfin, tout ça pour dire que l'actinomycine D c'était pour les eucaryotes mais apparemment ça inhibe aussi la transcription procaryote, donc bon. Sinon pour les procaryotes tu as aussi la rifampicine.

Ca peut peut être se fairechez les bactéries

Non je ne pense pas parce que tous les ARN ne sont pas polyadénylés chez les bactéries. Cela dit ça reste une bonne idée pour les eucaryotes.

[Yoyo]

ah lala l'operon lactose t'en cause des soucis

YOyo

[MaliciaR]

ah lala l'operon lactose t'en cause des soucis

YOyo

Chut! Faut pas le dire à certaines personnes

En ce qui concerne les ARNm, la seule chose que j'aie trouvée est dans le cher "Genes" (volume 100000... je ne me souviens plus lequel, tellement il y en a), où Lewin parle d'attaques d'endo- et exonucléases mais les fréquences ne sont pas connues, les séquences cibles (il y en aurait) non plus... (Fait ch***, encore un thème d'études qui pourrait être passionnant, quand on doit choisir son M2R, c'est vraiment dur ).

Bref, j'ai raconté des choses pas trop fantaisistes, on verra à la note Ceci dit, si quelqu'un a des infos supplémentaires, ce serait cool de les partager, là c'est la curiosité qui parle (euh, écrit)


Cordialement,

P.S. Zellus, il n'y a que la microbio de vrai dans la vie

[doubleD]

Non je ne pense pas parce que tous les ARN ne sont pas polyadénylés chez les bactéries. Cela dit ça reste une bonne idée pour les eucaryotes.

salut

en fait chez la mito la polyadénylation est un signal qui cible vers la dégradation, et il me semble que c'est aussi le cas chez les bactéries. Après c'est vrai que j'ai aucune idée de la fréquence du phénomène chez les bactéries.

[piwi]

P.S. Zellus, il n'y a que la microbio de vrai dans la vie

Exact! Juste après l'étude du développement des vertébrés

[Zellus]

P.S. Zellus, il n'y a que la microbio de vrai dans la vie

Moi je dirais qu'il n'y a que la microbio ET l'immuno

[invitee8b3f97e]

Salut !

La stabilité des ARNm procaryotes peut être affectée par la séquence 5' UTR, et en particulier la présence de structures secondaires (génant la traduction). Des études ont été menées sur la stabilité des ARNm des protéines de choc froid chez E. coli dont la demi vie passe de 12 secondes à 37°C à 20 min à 15°C. Voir pour cela les travaux de Fang et al (1997), Yamanaka et al (1998) et Phadtare (2004).

J'espère que ca sera utile

[gorben]

Salut,

Tu peux aussi verifier, mais il me semble que Tn10 a un terminateur de transcription en aval du gene de resistance... du coup ben pas de transcription de ton gene d'interet.

A+