Contenu "Matériels et méthodes" - rapport stage M1

[MaliciaR]

Bonjour,

J'ai une question qui m'est venue tout à l'heure...
J'ai presque fini mon rapport de stage. Pour écrire la partie M&M, j'ai fait à la manière des articles que j'ai lus pour la biblio, ce qui fait que cette partie dans mon rapport ne détaille aucune des différentes techniques de bio mol utilisées... La question que je me pose est la suivante : dois-je tout refaire pour bien expliciter chaque technique?
Je me dis que ce n'est pas forcément nécessaire. Dans la partie "Résultats", je dis dans quel but j'utilise telle ou telle technique à chaque étape. Si les examinateurs (on passe devant un jury de 6 personnes ) décident que je n'ai pas suffisamment explicité ces points, ils le poseront la question, non?

Qu'en pensez-vous?

Merci


Cordialement,
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[_Mayou_]

Salut,

Je pense qu'il faut seulement que tu explicites des techniques pas trop connues si tu en as utilisé. Tout dépend à qui tu t'adresses, si les gens de ton jury bossent tous sur des sujets qui leur permettent de comprendre ou pas. Je pense que les auteurs des articles font pareil, tout dépend dans quel magazine ils souhaitent publier.

Par contre, le but de chaque technique, ça je l'aurais mis dans Mat et Met. Le reprendre ensuite dans les résultats peut être judicieux en fonction de ce dont tu parles. Mais pour moi, le Mat et Met sert justement à expliquer pourquoi tu emploies telle ou telle technique, plus qu'à faire une liste de ce que tu as utilisé.

Bon après vaut mieux attendre l'avis de personnes plus habituées à ça que qu'une étudiante qui finit sa L3, mais qui a tout de même du écrire pas mal d'articles pendant sa licence ^^

[LXR]

Le M&M doit presque être incomplet. Il faut être très bref et rédiger sous forme protocolaire. Donc pas mettre de but ni ce qu'on détermine grace à la méthode. Je te fais un copier coller de la méthode bien connu du western blot de mon rapport. Je le met car ça a déjà été vu par mes encadrants donc c'est correct. Tu vas voir c'est pas avec ça que tu peux vraiment reproduire la manip .

"5. Western Blot :

Les extraits protéiques sont dénaturés à 95°C pendant 5 minutes en présence de LSB 1X final avant d’être déposés sur un gel de polyacrylamide dénaturant à 6%. Les immunoprécipitations sont dénaturées à 95°C pendant 5 minutes dans 25 µl de LSB 2,5X. Après migration électrophorétique, les protéines sont transférées en milieu liquide sur une membrane de nitrocellulose (HybondTM C Extra, Amersham Bioscience) pendant 1h30 dans un tampon de transfert (50 mM Tris base, 40 mM Glycine, 1,3 mM SDS et 10% éthanol). Après transfert, la membrane est bloquée dans une solution de lait 5% TBS-Tween 0,2% pendant 1 heure à température ambiante sous agitation. Elle est ensuite incubée avec les anticorps primaires anti-BRCA1 monoclonal (D9) dilué au 1/500 (Sigma®), anti-HSP60 monoclonal (CK) au 1/1000 (Sigma®) pendant une nuit à 4°C sur une plaque rotative. Après 3 lavages dans du TBS-Tween 0,2%, la membrane est incubée pendant 1 heure en présence de l’anticorps secondaire anti-IgG de souris couplé à l’HRP (Horse Radish Peroxidase, Cell Signaling) dilué au 1/5000 dans du lait 5% TBS-Tween 0,2% sous agitation. Après plusieurs lavages, les protéines d’intérêt sont révélées par chimioluminescence (Kit ECL+, Perbio) et détectées par une caméra CCD."

Voilà, si t'as un western dans tes manips, t'as plus qu'à changer les endroits spécifiques à tes manips .

Greg

PS : tu dois bien avoir des thèses et des rapports de M2R dans ton labo non? Dans ce cas sert-toi en pour t'inspirer, c'est ce que tout le monde fait .

[MaliciaR]

Hello,

Merci beaucoup pour vos prompts conseils! C'est super sympa

Tout dépend à qui tu t'adresses, si les gens de ton jury bossent tous sur des sujets qui leur permettent de comprendre ou pas.

Le truc est que ce sont des techniques de bio mol "basiques". Etant donné que nous avons fait des TP au premier semestre, on a pu se familiariser (de façon superficielle) avec ces bases.
En fait, je demandais surtout par rapport au fait que je fais toujours un peu plus que ce que mon niveau doit comprendre... Du coup, je n'ai pas super envie de me faire allumer pour ça à l'oral

Par contre, le but de chaque technique, ça je l'aurais mis dans Mat et Met.

En fait, ce que j'ai fait, c'est mettre un protocole essayant de faire comme on a l'habitude de les voir dans les publis Ensuite, au niveau des Résultats, si je fais une PCR, je dis que cette étape me sert à faire ça et ça (en 2 phrases à tout casser) et j'enchaîne avec le résultat en lui-même.

Le M&M doit presque être incomplet. Il faut être très bref et rédiger sous forme protocolaire. Donc pas mettre de but ni ce qu'on détermine grace à la méthode. Je te fais un copier coller de la méthode bien connu du western blot de mon rapport. Je le met car ça a déjà été vu par mes encadrants donc c'est correct.

Beh c'est ce à quoi je pensais Je n'ai pas pu faire aussi synthétique que toi, je vais les refaire dans ce but

Voilà, si t'as un western dans tes manips, t'as plus qu'à changer les endroits spécifiques à tes manips

Oki doki, merci, Greg, mais pas encore...

PS : tu dois bien avoir des thèses et des rapports de M2R dans ton labo non? Dans ce cas sert-toi en pour t'inspirer, c'est ce que tout le monde fait.

Je bosse à la maison et je n'ai que les publies de la biblio. Mais de toute façon, il n'y a pas de rapports de M1 au labo et j'avais un peu peur que ceux de M2 ne soient pas inadaptés aux exigences pour le M1. Comme on est un peu censés être des pôv' paumés voyant une pipette Rainin pour la première fois...


Merci encore une fois!


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[gorben]

Salut,

En fait je dirais que ca depends enormement de la quantite de resultats que tu as. Si rien n'a marche, tu dois detailler le MM si tu as enormement de resultat, tu peux faire plus court (j'imagine que tu dois etre limite en volume non?).

Pour moi, un clonage basique ca doit etre :

Le gene xyz a ete amplifie a partir de l'ADN de la souche abc en utilisant les amorces A (3'sequence5') et B (3'sequence5'). Le produit PCR a ensuite ete purifie par le kit XXX (XXX, France) puis digere par les enzymes bamHI/EcoRI avant d'etre clone dans le plasmide xxx prealablement linearise par les memes enzymes.

Tu peux en rajouter plus, m'enfin apres c'est de la cuisine...

A+

[MaliciaR]

Salut

En gros, c'est ce que j'ai fait. J'ai juste précisé des points particuliers genre "digestion par NdeI" (super ch**nt*) et la PCR qui m'avait posé problème. Les détails de cuisine n'intéressent personne, on est d'accord

Le truc est que j'ai deux projets parallèles, j'ai des résultats (même après 1 mois et demi de stage), mais je suis vraiment limitée au niveau de la place (20 pages tout compris, Times 12 et interligne 1.5 ). Autant dire que je ne mentionne pas plein de choses et du coup j'aimerais bien réduire un peu au noveau du M&M. Mais vu de la sorte, je ne peux pas : j'ai plein d'oligos différents, des plasmides différents, des conditions de réactions différentes même si le protocole de base est le super semblable pour chacun des deux projets.


Merci pour tes conseils, Gorben


Cordialement,

[_Mayou_]

Aaah l'interligne 1,5.... je suis pas la seule à le haïr ^^
Sinon je me rend compte que vos M et M sont bien différents de ceux dont j'ai l'habitude, en écologie ! Ca n'a strictement rien à voir !

Je vous laisse à vos PCR et autres trucs moléculaires alors

[gorben]

Essaie de voir si tu peux pas "tricher" un petit peu. Pour mon DEA on pouvait mettre les figures et tableaux sur le verso des pages, du coup j'avais cree des illustrations pour tout ce qui demandait de l'explication dans le texte et j'avais fait un tableau des souches utilisees, des primers etc... C'est toujours ca de gagne !

Pour le M1, ils ne vont certainement pas te demander des resultats. Ne cherche surtout pas a tout mentionner, fais en sorte que ton rapport soit bien construit et clair. Le plus important est de montrer que tu as l'esprit bien clair, et que tu as bien compris ce que tu as fais.

A+

[MaliciaR]

Hello,

Aaah l'interligne 1,5.... je suis pas la seule à le haïr ^^
Sinon je me rend compte que vos M et M sont bien différents de ceux dont j'ai l'habitude, en écologie ! Ca n'a strictement rien à voir !

Je vous laisse à vos PCR et autres trucs moléculaires alors

Merci d'avoir pris le temps de répondre

Essaie de voir si tu peux pas "tricher" un petit peu. Pour mon DEA on pouvait mettre les figures et tableaux sur le verso des pages, du coup j'avais cree des illustrations pour tout ce qui demandait de l'explication dans le texte et j'avais fait un tableau des souches utilisees, des primers etc... C'est toujours ca de gagne !

La seule chose que je puisse faire c'est réduire très légèrement les marges de la page (au lieu de 2 cm, faire du 1.9 ou 1.8, par exemple). Mais tout doit être au recto, 20 pages tout compris (résumé, remerciements, intro, M&M, résultats, discussion, annexes, biblio).
J'ai mis mes oligos dans un tableau avec les séquences et commentaires pour dire quel oligo apporte quoi dans l'histoire et j'ai fait un schéma où je les positionne sur les gènes. Le truc est que j'avais séparé mon M&M en 3 : "Souches bactériennes, plasmides, milieux de culture", "Manipulation de l'ADN" (tout ce qui est PCR), "Construction des plasmides recombinants" et je pensais ajouter une 4e partie "Séquençage", mais là quand j'y pense, ça me paraît plus logique de le mettre dans "Manipulation de l'ADN". Mais avec cette taille de police et cette interligne, ça prend 4 pages

Pour le M1, ils ne vont certainement pas te demander des resultats. Ne cherche surtout pas a tout mentionner, fais en sorte que ton rapport soit bien construit et clair. Le plus important est de montrer que tu as l'esprit bien clair, et que tu as bien compris ce que tu as fais.

A+

C'est ce que je me dis aussi, oui, même si j'ai des résultats. En fait, à chaque fois je fais : nom de l'étape, puis j'explique en 1-2 phrases quel est son but, je montre une figure de résultats et je la commente. Si j'ai des trucs "délicats", je renvoie à la Discussion.
Mais j'ai un peu de mal à expliquer : je fais les choses comme ça me paraît le plus logique, du coup je n'arrive pas trop à le dire tellement je me dis que ça saute aux yeux...

Mais bon, j'ai recorrigé encore 2 fois, demain c'est rendu et on verra à la soutenance la semaine prochaine
Merci encore pour les conseils


Cordialement,

[LXR]

COMMENT??? Tu le rend demain? Et d'après ce que tu dis t'as pas vraiment tout retouché donc je suppose que tu n'as pas encore montré TA version finale à ton ou tes encadrants..? C'est chaud l'artichaut là quand même sans vouloir t'alarmer. En tout cas le matériel et méthodes doit être universel par rapport à tes manips. Si tu as fais varier plusieurs paramètres d'une manip au cours de ton stage, tu mets le protocole qui a marché dans M&M de la façon la plus concise qui puisse exister, et après tu discute des différentes optimisations et changements protocolaires dans la partie résultats. La partie matériel et méthodes doit rester neutre et universelle par rapport à ton stage. Les choix, les explications, les orientations, en gros la partie "subjective" doit être intégrée uniquement aux résultats et surtout à la discussion. Mais si tu es un peu juste au niveau de la place disponible dans ces deux parties et que tu as beaucoup de résultats, ne discute pas des optimisations, tu vas direct à ce qui a marché, pourquoi tu l'as fais, interprétation, rapide conclusion. Les détails des conclusions sont légèrement approfondis dans la discussion et discutés (évidemment).

Allez au boulot!!!!

Greg

[MaliciaR]

COMMENT??? Tu le rend demain?Et d'après ce que tu dis t'as pas vraiment tout retouché donc je suppose que tu n'as pas encore montré TA version finale à ton ou tes encadrants..? C'est chaud l'artichaut là quand même sans vouloir t'alarmer.

Je sais, c'est un point qui me stresse un peu pour ne pas dire me stresse beaucoup
J'ai refait 3 corrections depuis hier (depuis les conseils qui m'ont été donnés ici ) et aussi il y a quelques personnes de mon entourage qui ont relu et commenté. Donc, on va dire qu'on a lu pire

En tout cas le matériel et méthodes doit être universel par rapport à tes manips. Si tu as fais varier plusieurs paramètres d'une manip au cours de ton stage, tu mets le protocole qui a marché dans M&M de la façon la plus concise qui puisse exister, et après tu discute des différentes optimisations et changements protocolaires dans la partie résultats. La partie matériel et méthodes doit rester neutre et universelle par rapport à ton stage. Les choix, les explications, les orientations, en gros la partie "subjective" doit être intégrée uniquement aux résultats et surtout à la discussion. Mais si tu es un peu juste au niveau de la place disponible dans ces deux parties et que tu as beaucoup de résultats, ne discute pas des optimisations, tu vas direct à ce qui a marché, pourquoi tu l'as fais, interprétation, rapide conclusion. Les détails des conclusions sont légèrement approfondis dans la discussion et discutés (évidemment).

C'est ce que j'ai fait : préciser les conditions qui ont marché. A un moment dans les résultats je parle d'un truc qui n'a pas fonctionné (je le "raconte" un peu vite = 1page, avec une figure à l'appui) et je le discute dans la Discussion. Aussi, il y a eu deux autres points un peu délicats que j'ai introduits dans la partie correpsondante en Résultats et aussi discutés dans la Discussion. Mais je suis en train de virer des trucs qui font un peu "cahier de labo" et de remettre des explications plus détaillées sur le crible utilisé par exemple etc. ce que je faisais de manière très succinte avant.

Allez au boulot!!!!

Greg

Ah, oui, c'est vrai que je m'ennuyais ces derniers jours

Merci, Greg, pour ces conseils!


Cordialement,