Transcription ARNr/ARNm

[invite6487dc7f]

Bonjour a tous.

Dans un livre (biochimie générale de J.H Weil) il est dit que 'ARN polymérase 1 transcrit les RNAr, ce qui représente 60% des ARN cellulaires.
Il est aussi dit que la RNA polymérase 2 transcrit les RNAm, ce qui en représente 30%.

Comment se fait il que la production d'RNAr soit si importante et d'RNAm si faible.
J'aurais plutôt dis l'inverse (et largement) vu que les RNAm servent à la production d'une seule protéine (seule au sens qualitatif), alors que les ribosomes peuvent traduire n'importe quel RNAm et sont réutilisable.
Es ce que cela s'explique par une dégradation et un recyclage très important des RNAr?
Ou alors c'est chiffre sont relatif à une masse à un moment précis et s'explique par le fait que les ribosomes sont beaucoup plus gros qu'un RNAm?

Merci pour vos future réponses.
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[piwi]

Ah ce bon vieux Weil ..... (prof pourri mais très bon bouquin)

Pour les ARN d'un point de vu bassement finaliste il faut voir les choses ainsi.
Un ARNr sert à former un ribosome, on en trouve un exemplaire par unité. Donc pour faire beaucoup de ribosomes il faut beaucoup d'ARNr.
En revanche un ARNm peut servir à produire plusieurs protéines. Vous n'en avez pas besoin de beaucoup.

Bon c'est une explication un peu facile et courte mais elle a le mérite de permettre de comprendre les choses et de les faire accepter.

Cordialement,
piwi

[inviteb6144ea4]

Oui, sans aucun doute il y a plus d'ARNr que d'ARNm. D'autant plus que plusieurs ribosomes peuvent traduire un même ARNm (les polyribosomes). Vu l'importance (qualitative et quantitative) de l'activité protéique dans une cellule, ça ne chôme pas un ribosome!!

Un ARNr sert à former un ribosome, on en trouve un exemplaire par unité. Donc pour faire beaucoup de ribosomes il faut beaucoup d'ARNr.

Ben oui, c'est logique comme explication.

Par contre j'aurai plutôt dit que les ARNm représentait 3% des ARN totaux. Mais bon, je ne veux pas contredire Mr Weil...

[invite17a570c1]

Hello,

Par contre j'aurai plutôt dit que les ARNm représentait 3% des ARN totaux. Mais bon, je ne veux pas contredire Mr Weil...

3% contre 30%... Ca fait quand même un facteur 10 Peux-tu expliquer pourquoi une quantité si minime te paraît plus "normale"? Il ne faut pas perdre de vue les gènes ne codant pas pour des protéines, mais qui sont quand même exprimés : donc, donnent des ARNm non traduits.


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Pourquoi 3%? Comment justifiez vous ce chiffre?

Cordialement,
piwi

[invite6487dc7f]

Mais quand même 60% ça fait quand même un paquet.
Es ce qu'il y a un renouvèlements des ces ARNr ou es ce que cela suis le développement de la cellule?

[piwi]

Moi j'ai ces chiffres:
80% ARNr
15% ARNt
.5% ARNm

Entre 5% et 3% il n'y a pas énormément de différence mais 5% est un ordre de grandeur et je me demandais juste d'où venait un chiffre aussi précis que 3%.

Cordialement,
piwi

[invite17a570c1]

Dis, Piwi, je suis tout de même étonnée : entre 60 et 80%, la différence n'est pas si énorme, mais entre 30 et 3 (ou 30 et 5), si... Pourquoi un tel biais d'estimation?


Cordialement,

[inviteb6144ea4]

Re-bonjour à tous,

Piwi m'a devancé.
J'ai effectivement eu les mêmes chiffres que toi durant toute ma scolarité, et ce, au travers différents professeurs:
ARNr: 60 à 80%
ARNt: 15 à 20%
ARNm: 3 à 5%

En tout cas, de tout ce que j'ai pu lire comme article sur ce sujet, c'est la première fois que je vois un tel chiffre (30%).

PS: pour ne rien vous cacher, j'ai également le livre de J.H Weil (où d'ailleurs je n'avais pas relevé ce chiffre) et ce n'est pas la première fois que je verrai une "faute de frappe" dans ce livre. Cela pourrait peut être expliqué le biais d'estimation? (je sais, c'est peut être la solution de facilité mais après tout, pourquoi pas...)

Bonsoir

[inviteb6144ea4]

J'oubliais: pour répondre à Piwi:

j'ai donc ces chiffres (ARNm: 3 à 5%).
J'ai opté pour 3% car cela me sembler plus "naturel", plus "facile" pour la comparaison avec 30% . Rien donc que j'aurai pu éventuellement mesurer (ou justifier ) très précisément.
Il est évident que 3 ou 5 % reste du même ordre de grandeur.

[invitec9f0f895]

Salut

Oui moi aussi ca me semble plus logique un chiffre de l'ordre de quelques pourcents pour les ARNm.

YOyo

[invite17a570c1]

Salut,

Salut

Oui moi aussi ca me semble plus logique un chiffre de l'ordre de quelques pourcents pour les ARNm.

YOyo

Je veux bien vous croire, mais quelles explications? Je veux bien que 30% c'est énorme, mais 5% me paraît trop peu : j'aurais tablé sur 15%

Je n'ai jamais eu d'info quelconque sur ces quantités, du coup je ne comprends pas


Cordialement,

[invite8a9dee4c]

Bonjour,
Pour rajouter qqs valeurs de plus, j'ai trouvé dans un bouquin intitulé "biologie cellulaire" de Thomas Polland les valeurs suivantes:
ARNr 75%
ARNt 15%
ARNm 10%

Voila 5% ca me semble qd même plutôt faible...

Cordialement

[invitec9f0f895]

Voila 5% ca me semble qd même plutôt faible...

Cordialement

5% ca peut etre une tres grosse quantité si la référence est tres abondante

Il est clair que les ARNm sont minoritaires dans une cellule. Vous imaginez la quantité d'ARNt, et d'ARNr qu'il faut pour fabriquer une cellule?
Ceci dit, il est fort a parier que la quantité soit fluctuante et qu'une cellule en division active ait plus d'ARNm que la cellule en phase stationnaire.

YOyo

[inviteb6144ea4]

Ceci dit, il est fort a parier que la quantité soit fluctuante et qu'une cellule en division active ait plus d'ARNm que la cellule en phase stationnaire.

Eh oui! Mais du même coup, il y a augmentation des ARNr et ARNt pour pouvoir traduire ces ARNm: les proportions restent les mêmes (enfin je pense, ce n'est que mon avis).
Peut être même qu'au contraire la proportion en ARNr augmente permettant ainsi une synthese protéique plus rapide en associant encore plus de ribosomes sur un même messager.

[invitec9f0f895]

Eh oui! Mais du même coup, il y a augmentation des ARNr et ARNt pour pouvoir traduire ces ARNm: les proportions restent les mêmes (enfin je pense, ce n'est que mon avis).
Peut être même qu'au contraire la proportion en ARNr augmente permettant ainsi une synthese protéique plus rapide en associant encore plus de ribosomes sur un même messager.

mais qui dit synthese de plus d'ARNr dit plus de synthese de proteines ribosomiques (il y a a peut pret 60 protéines ribosomiques dans chaque ribosome quand meme)...et oui il faut aussi des ARN pour fabriquer un ribosome

Yoyo

[invite617a1a91]

SALUT
pour les chiffres et les valeurs exactes en biologie j'ai toujours des doutes ; je tends surtout vers les intervalles de valeurs . même pour les équilibres et les constantes ce sont des équilibres dynamiques qui peuvent changer les valeurs d'un moment à un autre et surtout que les facteurs provoquant de telles variations sont de plus en plus croissants. ce-ci étant dit : oui c'est une évidence mais je tiens à le dire car ça me plaisais toujours en biologie cette vivacité et ce dynamisme tellement constant et tellement changeant.
pour les ARN : un simple point de vue : qq soit les valeurs je suis pour la faible valeur pour l'ARNm pour 2 simples raisons:
1/ un seul ARNm est capables de traduire un nombre trés important de protéines (allez voir à quelle vitesse) ce qui nécessite un nombre plus elevé d'ARNr et d'ARNt
2/ la durée de vie d'un ARNm dns le cytoplasme est très brève (temps nécessaire à cette synthèse) donc sa quantité doit la plus faible parmi les autres .
merci

[inviteb6144ea4]

mais qui dit synthese de plus d'ARNr dit plus de synthese de proteines ribosomiques (il y a a peut pret 60 protéines ribosomiques dans chaque ribosome quand meme)...et oui il faut aussi des ARN pour fabriquer un ribosome

Oui! Bien sûr!
Mais un ARNm codant pour une protéine ribosomique est "réutilisable". Je veux dire par là qu'il va produire cette protéine pour plusieurs ribosomes. Alors que comme l'a dit Piwi précedemment: 1 ARNr pour 1 ribosome.

Cela dit, je ne remets pas en cause le fait qu'il y ait plus d'ARNm lorsqu'une cellule est en division. Je pense juste que les proportions en ARNm, ARNr et ARNt ne doivent pas énormément changer. Et qu'effectivement, pour répondre à MaliciaR et Mrikzik, la proportion d'ARNm par rapport aux ARNr est minime du fait qu'un ARNm peut servir à produire plusieurs protéines alors qu'un ARNr ne sert qu'à un ribosome. De plus, plusieurs ribosomes peuvent être associés à un seul ARNm (voir plus haut).

Bonsoir

[invite17a570c1]

Hello,

Et qu'effectivement, pour répondre à MaliciaR et Mrikzik, la proportion d'ARNm par rapport aux ARNr est minime du fait qu'un ARNm peut servir à produire plusieurs protéines alors qu'un ARNr ne sert qu'à un ribosome

Bon, je vais le dire autrement... Je n'ai jamais mis en doute le fait que les ARNr était vraiment beuacoup plus représentés que les autres ARN, faut pas me prendre pour une idiote non plus
Ce que je ne comprends pas c'est :
* d'un côté, comment peut-on établir une fourchette de quantités d'ARNm aussi étroite...? Est-ce que l'on a pris en compte le type de cellule? Est-ce une valeur arrondie faite à partir de plusieurs types cellulaires? A plusieurs étapes du développement?
* d'un autre, qu'en est-il des ARNm d'une durée de vie très petite? Oui, je veux bien qu'un ARNm puisse servir à faire plusieurs protéines... dans la mesure où sa durée de vie le permet. De là à dire qu'un ARNr ne sert qu'un ribosome, je veux bien : sauf qu'avec la précision que, oui ou non, un ribosome est dégradé à la fin de chaque traduction. Je ne sais pas si je me fais correctement comprendre... Je trouve ces chiffres trop précis sans un contexte précis du tout et j'avoue que ça ne me plaît pas
* enfin, qu'en est-il de tous les ARNm non codants? Sont-ils pris en compte dans ces chiffres?


Voilà dans quel contexte je pose ma question : pourquoi seulement 5% d'ARNm (et non pas pourquoi une quantité élevée d'ARNr...)?


Cordialement,

[invite17a570c1]

P.S. Et pour faire ma pinailleuse : les tmRNA on les quantifie avec qui?


Cordialement,

[invite6487dc7f]

Je me pose les même questions que toi malicia, mais par contre je ne pense pas qu'il y ai des variations énormes dans les proportions d'ARNt, m ou r.
A mon avis il y a une fourchette relativement courte où le rendement de production des protéines est le meilleur. Même en prenant en compte le fait que certaines ARNm ont des durées de vie très variable ça ne doit quand même pas varier du simple au quintuple non plus.
Enfin je dis ça j'en sais rien...

[piwi]

Ce que je ne comprends pas c'est :
* d'un côté, comment peut-on établir une fourchette de quantités d'ARNm aussi étroite...? Est-ce que l'on a pris en compte le type de cellule? Est-ce une valeur arrondie faite à partir de plusieurs types cellulaires? A plusieurs étapes du développement?
* d'un autre, qu'en est-il des ARNm d'une durée de vie très petite? Oui, je veux bien qu'un ARNm puisse servir à faire plusieurs protéines... dans la mesure où sa durée de vie le permet. De là à dire qu'un ARNr ne sert qu'un ribosome, je veux bien : sauf qu'avec la précision que, oui ou non, un ribosome est dégradé à la fin de chaque traduction. Je ne sais pas si je me fais correctement comprendre... Je trouve ces chiffres trop précis sans un contexte précis du tout et j'avoue que ça ne me plaît pas
* enfin, qu'en est-il de tous les ARNm non codants? Sont-ils pris en compte dans ces chiffres?


Voilà dans quel contexte je pose ma question : pourquoi seulement 5% d'ARNm (et non pas pourquoi une quantité élevée d'ARNr...)?

Je pense que ce genre de chiffres a pu être obtenu simplement en extrayant les ARN totaux d'un organisme, de levures, ou de cellules en culture. Pour les ARNm c'est super simple, on les capte sur une colonne poly T et on peut faire le ratio de l'éluat sur les ARN totaux. On obtient ainsi un ordre de grandeur qui a mon avis ne doit pas être remis en question en cas de grosse activité.
Ces études commencent à être assez anciennes et remontent à avant l'avènement du "monde ARN". Donc toutes les subtilités actuelle des ARN n'est absolument pas prise en compte.
Sinon d'où vient l'idée qu'un ribosome est dégradé après chaque traduction? Il se désassemble mais n'est pas dégradé. Enfin pas que je sache, à voir peut être avec Yoyo.

Quand à savoir pourquoi 5% il n'y a comme d'habitude en science qu'une réponse: parce que! (et na!)

D'une manière générale c'est bien de se poser des questions, c'est même nécessaire, mais il faut de se demander si elles font réellement avancer la compréhension des choses. Il ne faudrait pas que le questionnement soit un frein, un moyen de refuser des réponses intéressantes sous prétexte qu'elles ne sont pas exhaustives.

Cordialement,
piwi

[invite17a570c1]

Sinon d'où vient l'idée qu'un ribosome est dégradé après chaque traduction? Il se désassemble mais n'est pas dégradé. Enfin pas que je sache, à voir peut être avec Yoyo.

Je disais ça pour forcer la touche : l'ARNr peut être utilisé pour un seul ribosome, certes, mais est-ce que ce ribosome sert une fois pour autant. C'était ça le fond de la chose.

Quand à savoir pourquoi 5% il n'y a comme d'habitude en science qu'une réponse: parce que! (et na!)

D'une manière générale c'est bien de se poser des questions, c'est même nécessaire, mais il faut de se demander si elles font réellement avancer la compréhension des choses. Il ne faudrait pas que le questionnement soit un frein, un moyen de refuser des réponses intéressantes sous prétexte qu'elles ne sont pas exhaustives.

Je ne refuse pas les réponses intéressantes sous prétexte qu'elles ne sont pas exhaustives, quelle idée... C'est que je ne connais rien en matière d'ARN et je vois des chiffres débarquer sans aucun contexte. J'ai droit de poser des questions d'éclaircissement, non?

Bon, retour aux partiels.

Bonne soirée!

[piwi]

Bonjour à tous,

Ma réponse d'hier soir n'était dirigée contre personne en particulier et n'était pas une attaque mais comme écrit, une remarque générale.
Cette histoire de proportions des ARN n'est pas nouvelle et est facile à retester en labo. La question de départ reposait sur une faute de frappe rapidement démasquée et a ensuite dérivée sur le sens, et même la réalité des chiffres proposés. C'est sur l'intérêt de telles questions que je m'interroge. Qu'est ce que cela peut apporter d'aller creuser là dedans? Y comprendra quelque chose de plus que l'on ne sache déjà? L'information est intéressante en soit quant à la physiologie cellulaire. Certes on pourrait préciser les protocoles qui ont permis de l'obtenir mais qu'en ferait on? En fait j'ai peur que l'on ne soit en train de discuter du sexe des anges.
Je n'avais donc pas pour but de heurter certains mais juste de mettre le doigt sur le fait que si il est intéressant de poser des questions, nous n'avons pas toujours le temps de poser toutes les questions et que certaines sont sans doute plus pertinantes que d'autres. Je ne pense pas que celles ci soient de ce lot là.

Maintenant, je n'ai aucune volonté d'empêcher les personnes de discuter et ce fil reste absolument ouvert évidemment. Juste que moi, je ne pense pas qu'il ouvre sur quelques informations nouvelles.

Cordialement,
piwi

[invite617a1a91]

SALUT à TOUS
*d'abord ; pour les chiffres une autre réalité me revient : c'est la taille de chaque ARNm en effet chaQUE ARNm code pour une protéine bien déterminée donc a une taille bien déterminée et différente d'autres ARNm d'ou peut-on quantifier toutes l'es ARNm pouvant coder pour toutes les protéines dans une cellule sachant que cette traduction n'est pas simultanée c.a.d toutes les protéines ne sont pas traduites en même temps ?
* ensuite: le problème avec ces valeurs c'est lorsqu'on est confronté par de telles valeurs de la part des élèves :que et comment répondre ? donc il est important d'avoir queques précisions NON?
* ENFIN: aller savoir la peine d'enseigner comment savoir poser des questions : certes ,c'est trés bien de savoir poser la bonne question (la pertinente) mais pour y arriver laisser passer toutes les questions et la bonne question avec sa bonne réponse viendrons sans aucun doute
cordialement

[piwi]

J'ai un peu du mal à vous suivre en fait.
Tous les gènes ne sont pas transcrits en permanence. Soit, c'est une évidence. Mais et alors? Vous prenez 5g d'un tissu que vous broyez. Vous extrayez l'ARN dont vous obtenez mettons 10µg c'est votre quantité d'ARN totale dans le tissu. Vous passez vos ARN sur une colonne polyT et vous récupérez l'éluat constitué des ARNm, disons 500ng. Le ratio ARNm/ARNtotaux vaut bien 0.5/10 = 5%. Ce chiffre vous l'obtenez sans avoir besoin de savoir à quels ARN il correspond.
Pour les ARNt la méthode que je connais (peut être ancienne) est la suivante.
Les ARNt sont couplés à leur acides aminés respectifs (on peut aussi augmenter l'hydrophobicité de certains acides aminés par des procédés chimiques de manière à les éluer plus facilement). On peut donc les attraper par interaction ionique et hydrophobe sur une colonne DEAE-benzoyl.
Du coup on peut éluer en deux temps:

1. gradiant de NaCl
2. grandient EtOH

Du coup, on parvient aussi à isoler les ARNt. Ceci permet de donner leur proportion devant les ARN totaux.
Je ne connais pas de méthode permettant d'isoler spécifiquement les ARNr mais j'imagine qu'en isolant une fraction ribosomique et en purifiant les ARN présents on doit y parvenir. Cela dit par soustraction on y parvient aussi une fois que l'on a les deux autres.
Tous les microARN que l'on connait maintenant on longtemps été considérés comme des ARN dégradés qui migraient en bas du gel. Des gels hautes résolutions ont permis de voir que c'était au contraire des ARN spécifiques. Ce qu'il est intéressant de remarquer c'est qu'il y en a une proportion infime (en quantité) qui a fait qu'on l'a mal interprété et négligé pendant longtemps.

En ce qui concerne les éleves, je ne connais pas les votres mais les étudiants que j'ai eu ne se demandaient pas précisément comment on obtenait les choses que je leur présentaient (ils avaient déjà du mal à comprendre alors les détails). Si il fallait tout détailler à chaque fois il faudrait 10 fois plus d"heures de cours pour expliquer un programme, on perdrait deux fois plus d'étudiants.

Cordialement,
piwi

[invite617a1a91]

salut
d'accord, pour un instant x les taux des diffèrentes ARN peut nous servir de référence pour quantifier chacune d'elles .j'ai un peu confondu , le facteur temps est très important içi : à savoir ;je pense quèon ne peut jamais rassembler tous les ARNm pdt cet instant x : d'accord PROF
Mes élèves sont des lycéens :parfois je peux trouver de vraies questions de leur part ; mais je croyais que vous n'avez pas les mêmes problèmes que nous (je veux dire élèves et étudiants ) à savoir le souci de questionner et d'exiger la réponse.
* DEMAIN commence le BAC chez nous : bon travail et bonne réussite à tous chez nous et ailleurs
cordialement