Choisir le bon cofacteur !
ma question est simple
est ce qu'a partir de la connaissance de l'enzyme d'une réaction biolo (lyase, carboxylase, désydrogénase, ...) on peut déduire quelle cofacteur elle va utiliser (nadh, nad+, nadph, etc) ??
je pose cette question parce que je trouve que c'est deja loud d'apprendre des réactions par coeur alors si on peut se faciliter la vie .....
Une déshydrogénase a déjà un cosubstrat d'oxydoréduction : NAD, FAD ou NADP. Retiens une règle absolue : si la déshydrogénation consiste à créer une double liaision carbone carbone, le cosubstrat est toujours FAD.
Les réactions donnant du NADP sont essentiellement dans la voie hexose monophosphate (voie des ribuloses 5 phosphate etc.) et sont consommés pour les synthèses réductives et les détoxifications.
NAD est plutôt utilisé pour la synthèse d'ATP.
Le coenzyme des DH est généralement le NAD. Rôle : Pool de NADH,H+ pour la synthèse d'ATP
Le FAD est utilisé dans des DH qui permettront directement son retour à l'état initial puisqu'il est lié très fortement au site actif. Au contraire le NAD se "balade" dans la cellule. (Le FAD est donc retrouvé généralement dans les complexes membranaires; associé à un reducteur et à un oxydant). Il y a quatre exemples :
- La SDH
- La navette DHAP/Glycerol3P
- AcylCoa DH (Beta-oxydation)
- La PDH (E3 ou dihydrolipoyl DH)
le NADPH,H+ est obtenu depuis :
- la voies des pentoses P (Glucose 6P DH )
- l'enz malique
- photosynthèse
Rôle : couplage à une réaction endergonique, donc utiliser dans des voies de biosynthèse. Donc le NADPH,H+ est utilisé :
-biosynthèse des AG
-biosynthèse du cholesterol
- cycle de calvin
Pour les autres coenz :
TPP --> décarboxylation des acide cetoniques
PLP --> transaminase, décarboxylation des aa
biotine --> carboxylation
SAM --> transport de groupement méthyl
etc...
Bcp de coenz sont impliqués dans un transfert d'un groupe particulier donc peuvent être utilisés par des enzymes appartenant à plusieurs des 6 classes définies. Donc la réponse à ta question est non. Tu dois juste apprendre les fonctions de chaque coenzyme et ensuite tu pourras retrouver avec quelles enzymes ils interviennent. Mais rien n'est systématique en biologie. Donc en gros on sait que tel coenz intervient dans tel réaction parce qu'on l'a observé in vivo et non pas "parce que ça parait" logique.
merci pour vos réponses, ya plus qu'a tout remettre en ordre dans ma ptite tete
je me doute que tel cofacteur est a associé a telle réaction car c'est ainsi que ca a lieu "in vivo", j'essais juste d'avoir une cetaine logique dans ma facon d'apprendre (je me vois mal apprendre la position et le type de cofacteurs pour ttes les réactions metab. qu'on voit a la fac pas vous ??)
D'accord avec toi ... sauf que nous, à la fac, on nous demandait pas de savoir ça par coeur ! (t'es en médecine ????)
meme pas en licence de bio-geol
on nous a jamais dis de les apprendre mais notre prof les oublie jamais dans ses cours, donc je suppose que si on les remet pas dans nos copies on a des points en moins ..
Lorsque tu apprends une voie, tu dois bien apprendre les coenz impliqués par l'enz puisqu'ils sont à écrire sur les flèches (et si ce n'est pas le cas, rajoute-les ça te permettra de les mémoriser). Donc le problème ne se pose pas trop. Ensuite la logique c'est bien mais le vivant ne suis pas nécéssairement ta logique !je me vois mal apprendre la position et le type de cofacteurs pour ttes les réactions metab. qu'on voit a la fac pas vous ??)
J'ai du avoir des profs moins exigeants
