Utilité du groupe externe en phylogénie

[invite79917c5c]

Bonjour ( enfin il est un peut tard là ^^) à tous.

Voila je travail actuellement en phylogénie moléculaire (sur un gène) et mon maître de stage m'a obliger de rajouter un groupe externe pour mon arbre. Je lui est demander son utilité et à chaque fois elle me donne des explications flous.

J'ai trouver sur le net que sans outgroup l'arbre phylogénétique est intemporel . Mais mon maître de stage me dit que c'est un arbe tout de même et que ca ne changera rien quand au relation entre les différents taxons.

Alors pourquoi utilisé un outgroup pour construire l'arbre?


Merci à vous parce que j'aimerais bien pouvoir l'expliquer pour mon oral.


Cordialement
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[MaliciaR]

Salut,

L'outgroup te sert à raciner l'arbre, càd positionner un ancêtre commun dans le temps. Ca te permettra par exemple de dire que, si tu connais l'âge de ton ancêtre commun (je caricature un peu ), tant de millions d'années auparavant ton phylum tartampion a apparu.
Sans outgroup, tu as en effet un arbre (en étoile, généralement, c'est joli) : il te donne les relations entre les différents phyla que tu étudies. Mais tu n'as pas cette dimension de temps

J'espère que c'est clair

Une question : tu fais une phylogénie fondée sur un seul marqueur (un seul gène)? Est-ce que tu as une phylogénie des espèces cohérente?


Cordialement,

[black adder]

Salut,
Le groupe externe sert non seulement à enraciné l'arbre mais aussi à polariser les caractères. Je m'explique. Comme le disait très bien MaliciaR, le groupe externe enracine l'arbre. Sans lui, ton arbre n'est pas orienté, n'importe quel de tes taxons peut être considéré comme groupe frère de tous les autres. Il y a un choix énorme dans le positionnement de la racine : n'importe quel taxon ou n'importe quel noeud (je n'ai plus la formule en tête mais ça augmente de façon exponentielle avec le nombre de taxons). Si tu n'as pas de groupe externe, ton arbre devrait être représenté sous forme d'étoile si tu veux. Alors non seulement le groupe externe t'enracine l'arbre dans le temps mais il permet aussi de polariser les transformations d'états de caractère dans le temps. En gros, tu vas aussi pouvoir suivre l'évolution de tes séquences le long de ton arbre. Tu ne pourrais pas le faire sans groupe externe car tu ne saurais pas d'où partir.
En gros, les logiciels de phylogénie déterminent toujours des arbres non-enracinés et c'est toujours l'utilisateur qui enracine cet arbre a priori.