Bonjour,
Je commence à mettre au point une nouvelle technique dans mon laboratoire et j'ai quelques difficultés en gros j'ai besoin de votre aides !
Voila:
Bon But: Etude de liaison génétique pour une maladie au sein d'une grande familles
J'ai choisis des microsatellites pour un chromosome qui nous intéresse (on pense que sa pourrait être le chromosome impliqués dans la maladie et on veut le vérifier). Ces microsat je les ai choisis avec un % hétérozygotie elevés style 80%
J'amplifie des microsatellite avec un couple d'amorces le forward est marqués FAM en 5'
Je dépose ceci sur un séquenceur automatique avec un marqueur de taille fluorescent. Les résultats apparaissent sous forme de pics de fluorenscence en fonction de la taille sur un logiciel qui s'appelle genemapper
le problèmes c'est que certes j'ai 2 pics majoritaires qui je pense est probablement mes 2 alléles mais j'ai plein d'autres pics. artefacts? alléles? comment expliquer les artefacts?
J'arrive pas à intérpreter mes résultats j'ai plein de pics je sais pas si il faut que les considérer ou pas
du coup je me suis dis il faut que je connaisse le nombre de répétition de CA donc peut être faire du séquençage directement et la je fais le séquençage et c'est super difficile! enfin si vous voulez je connais exactement le nombre de répétition pour un alléle mais pas pour l'autre alléle car l'hétérozygotie est difficile à voir sur la séquence et j'arrive pas vraiment à compter surtout que certains patients pour certains marqueurs on à un nombre de répétition pas trés différent
enfin je sais pas si vous avez compris ou je veux en venir. En tous cas maintenant je sais plus vraiment quoi faire
Avez- vous des conseils à me donner?
Merci
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