Disponibilité ARNt procaryotes

[jmbowie]

Bonjour,

J'ai muté la séquence codante d'un gène bactérien mais de façon silencieuse afin d'en conserver la séquence en acides aminés. Je teste maintenant l'activité de la protéine codée par le gène sauvage ou le gène muté en la surexprimant par le promoteur inductible PBAD.
Comme je m'y attendais, alors que la protéine codée est la même, je trouve une activité très différente, et ceci pourrait être lié à un phénomène que l'on essaie de montrer au labo.
Il y a cependant un biais dans ma manip: en faisant des mutations silencieuses, j'ai utilisé la dégénérescence du code génétique mais j'ai peur que la différence d'activité que je mesure ne soit en fait liée à une disponibilité différente en ARNt reconnaissant tel ou tel codon, d'où ma question: savez-vous ou (ou comment) je peux trouver quels sont les anticodons les plus disponibles chez E.coli? Il y a t-il des études là dessus? Dois-je plutôt me renseigner sur l'utilisation des codons dans les séquences codantes plutôt que sur les ARNt?
Merci!
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[gorben]

Salut,

Il y a 5 codons rare chez E. coli (AGG/AGA/CUA/AUA/CCC). les autres sont plutot abondants.
Ce que tu fais ressemble vachement au papier de Mickael Gottesman (Science. 2007 Jan 26;315(5811):525-8). Tu l'a lu pour etre sur que vous n'essayez pas de demontrer la meme chose?

A+

[jmbowie]

Merci bien pour ta réponse! J'ai trouvé le papier, mais pas de souci:en fait, je bosse chez les bactéries, et il est plutôt question d'interactions entre promoteurs convergents dans mon cas (dont un dans la CDS de mon gène).
Merci encore en tout cas, le papier est intéressant au moins pour le concept (mutations silencieuses qui ont un effet, c'est bon à savoir)

[Yoyo]

Salut

attention a ne pas créer artificiellement des strech de codons rares, car dans ce cas la ca va poser des problemes serieux!

tu pourrais rentrer ta sequence ici:
http://www.faculty.ucr.edu/~mmaduro/...sage/usage.htm

sinon voila un tableau d'usage descodons chez coli:
http://openwetware.org/wiki/Escheric...li/Codon_usage
ou
http://www.sci.sdsu.edu/~smaloy/Micr...don-usage.html

et un article eventuellement interessant:
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/co...tract/24/2/374

YOyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[jmbowie]

Merci beaucoup Yoyo, j'ai vérifié ma séquence du coup et normalement c'est bon. Je crois que ces tables me serviront beaucoup à l'avenir. Encore merci!

[MaliciaR]

Hello,

Salut

attention a ne pas créer artificiellement des strech de codons rares, car dans ce cas la ca va poser des problemes serieux!

La question peut être bête... mais qu'est-ce qu'un stretch de codons?


Cordialement,

[jmbowie]

Hello,



La question peut être bête... mais qu'est-ce qu'un stretch de codons?


Cordialement,

Chère MaliciaR,

Quand on parle d'un stretch (de nucléotides, de codons, etc.), on veut dire une série en fait, un enchaînement
Bien sûr, ma question est en rapport avec mes études sur ce que tu sais

[MaliciaR]

Chère MaliciaR,

Quand on parle d'un stretch (de nucléotides, de codons, etc.), on veut dire une série en fait, un enchaînement

En gros, Yoyo voulait te mettre en garde contre le fait que les mutations silencieuses peuvent te faire introduire plein de codons rares, c'est ça? Donc, quelle conséquence directe? Moins de protéine, plus difficilement produite,...?
Au fait, j'avais (encore) une question bête : as-tu vérifié si les quantités de la protéine produite (WT et mutée) sont les mêmes (ou en tout cas, semblables)?
Et qu'il n'y a pas trop de dégradation? Je sais que dans mon labo, ils avaient galéré à mort parce qu'une mutation provoquait un changement conformationnel qui rendait le site accessible à des protéases et bonjour le bonheur

Bien sûr, ma question est en rapport avec mes études sur ce que tu sais

[jmbowie]

En gros, Yoyo voulait te mettre en garde contre le fait que les mutations silencieuses peuvent te faire introduire plein de codons rares, c'est ça? Donc, quelle conséquence directe? Moins de protéine, plus difficilement produite,...?
Au fait, j'avais (encore) une question bête : as-tu vérifié si les quantités de la protéine produite (WT et mutée) sont les mêmes (ou en tout cas, semblables)?
Et qu'il n'y a pas trop de dégradation? Je sais que dans mon labo, ils avaient galéré à mort parce qu'une mutation provoquait un changement conformationnel qui rendait le site accessible à des protéases et bonjour le bonheur

Salut MaliciaR,

En fait, on voudrait justement éviter de passer par un Western et on a besoin de muter le gène pour sa séquence en nucléotides mais sans modifier la séquence en AA: on a réussi et observé quelque chose qui va dans le sens de notre hypothèse, en l'occurrence une activité plus faible. On s'est demandé cependant si cela pouvait être du au fait que les codons que l'on avait introduit en mutant ne pouvaient pas être plus rare, ce qui aurait généré moins de protéines et expliquerait la plus faible activité.
Yoyo m'a mis en garde sur la succession de codons rares: mais je n'en change qu'un à la fois donc ca devrait le faire. Et puis j'ai vérifié avec son tableau. Merci à tous