création de bactéries artificielles

[invitec64c1dc4]

bonjour,
Je cherche des informations sur les bactéries artificielles et leurs applications. je m'explique:
j'ai lu dans un numéro du magasine Science et Vie un article a propos des bactéries artificielles qui pourraient être utilisées pour produire de l'hydrogène (projet de Craig Venter).
Quelles sont les techniques qui peuvent être employées pour arriver à ce résultat? Les puces à ADN sont-elles utiles là dedans?
ce serait sympas si vous pouviez m'éclairer sur ce sujet, et si vous connaissez des publications scientifiques ou des endroits où trouver des infos, je suis preneur.
merci
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[invitee8b3f97e]

Salut damien !

Qu'est ce que tu entends par bactérie artificielle ?

Si c'est une bactérie qui est modifiée génétiquement pour faire lui donner un caractère nouveau, c'est assez courant.

Si il s'agit de créer de toute pièce une bactérie, je n'en ai pas encore entendu parler.

[invitec64c1dc4]

Salut Lord M,

en fait, je parle bien de créer une bactérie de toute pièces. D'apres ce que j'ai lu, il s'agirait de réaliser une synthèse du matériel génétique nécessaire à la survie de cette bactérie et aux fonctions métabolisques désirées (je ne sais pas comment ca marche, c'est ca que je voudrais savoir) puis de l'insérer dans une autre bactérie et de détruire le matériel génétique de la bactérie hote par irradiation.

mais des infos concernant la technique de modofication du génome bactérien m'intéressent aussi (j'ai lu récement que des chercheurs Américains avaient inséré un gène à E.coli afin de dégrader le mercure présent dans l'eau ainsi qu'un autre pour produire une molécule qui éviterai que le mercure soit toxique pour cette souche).

[invitec64c1dc4]

il n'y a personne qui peut me renseigner sur ces sujets?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec9f0f895]

salut,

Moi j'ai simplement entendu parler de la fabrication artificielle d'un virus par une nouvelle technique d'amplification et de lagation des fragments d'ADN. Une fois synthétisé ce génome virale etait injecté dans une cellule et il a permi la synthèse de nouveaux virions. C'etait aussi craig venter.
par contre désolé je n'ai pas entendu parler des bacteries artificielles.

yoyo

[invitec64c1dc4]

Salut Yoyo,
tu connaitrais pas les détails techniques de cette création par hasard? ou sinon, sais tu où je pourrais trouver ca?
merci

Damien

[invitec9f0f895]

je l'avait lu sur cette actu de futura.

cette info proviens de la publication suivante Generating a synthetic genome by whole genome assembly: phiX174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides.

J'espere que ca te sera utile.

Yoyo

[invitec64c1dc4]

merci bien, je vais me plonger dedans de suite!

[inviteb73ce398]

par contre désolé je n'ai pas entendu parler des bacteries artificielles.

C'est le nouveau projet du sulfureux Craig Venter qui après le séquencage du génome humain voudrait déterminer quelles sont les "éléments" minimum pour créer un organisme vivant. Je n'ai pas suivi l'histoire, mais une recherche avec Craig Venter sur Google devrait donner des infos (si j'ai le temps...).

[inviteb73ce398]

Voila le site en question avec comme chef de projet Smith

[invitee8b3f97e]

Désolé je tarde un peu à répondre.

Je n'ai jamais entendu parler d'une expérience réussie de création d'un bactérie "de novo". Mais la recherche des éléments minimum de survie n'est pas nouvelle.

Je ne pense pas que ce soit possible vu l'état actuel des connaissances. Ca serait à la rigueur une fausse nouvelle bactérie : on prends le génome d'une bactérie, et on enlève des gros morceaux d'ADN, pour obtenir le plus petit génome viable. C'est juste un OGM très très modifié.

Je pense que les psychologues doivent s'en donner à coeur joie en lisant ce genre d'annonce : un mec qui prétends qu'il va créer un être vivant à partir de rien Mais on s'éloigne un peu du sujet...

[invitec64c1dc4]

Je ne pense pas que ce soit possible vu l'état actuel des connaissances. Ca serait à la rigueur une fausse nouvelle bactérie : on prends le génome d'une bactérie, et on enlève des gros morceaux d'ADN, pour obtenir le plus petit génome viable. C'est juste un OGM très très modifié.

Je pense que les psychologues doivent s'en donner à coeur joie en lisant ce genre d'annonce : un mec qui prétends qu'il va créer un être vivant à partir de rien Mais on s'éloigne un peu du sujet...

Aparament, ce serait en assemblant les oligonucléotides un à un qu'ils pourraient déboucher sur un génome dit artificiel. Meme si ca a l'air dur et long à réaliser, cela ne me semble pas impossible pour autant. Du moment où on recrée le matériel génétique de toutes pièces (même si il est très largement copié), je ne pense pas qu'on puisse encore parler d'OGM.

[invitec9f0f895]

Bonjour,

Que ca soit fait dans un sens (enlever les éléments qui semblent etre superflus) ou dans l'autre (en ne collant que les parties qui semblent etre essentielles) on ne fera jamais qu'une "copie" d'une bacterie existante...
n'empeche que le jour ou c'est faisable ca ouvrira des perspectives d'études gigantesques!

Yoyo

[invite0aa1883c]

Ca été fait chez Mycoplasma par mutagénése pas à pas, ils en sont arrivé a 300 gènes essentiels, dont une centaine de fonction inconnue, j'ai vu le poster mais je n'arrive pas a trouver une publi (a suivre ?). Attention, Mycoplasma c'est un parasite intracelulaire ultra-simplifié. Pour une bactérie libre, il y a surement beaucoup plus de gène essentiel... Si quelqu'un arrive a trouver des infos la dessus je suis preneur...

A+
John

[inviteb73ce398]

Si quelqu'un arrive a trouver des infos la dessus je suis preneur...

Ca doit etre ca je crois...
Hutchison et al., Science. 1999 Dec 10;286(5447):2165-9

[invitee8b3f97e]

Oui c'est vrai j'avais entendu parler de cette expérience. Ce qui me fait toujours marrer c'est la centaine de gènes inconnus. C'est pour ca que je maintiens qu'on ne peut pas (encore) créer une bactérie de toute piève. Maintenant il doit être possible de créer à partir de presque rien une bactérie déjà existante : on prélève les constituants cellulaires sur d'autres bactéries (membranes, ARNt...), on synthétise l'ADN par PCR (ca c'est plus difficile, vu le taux d'erreur de la PCR classique), on fusionne le tout et pouf ! on a joué à Dieu. Mais ca ne reste qu'une copie d'une bactérie, ou au mieux un OGM.

[invite129f7e8b]

on pourrait utiliser la division binaire d'une bactérie afin de récupérer une moitié de bactos, traitée auparavant avec un inhibiteur de la réplication
il ne reste plus qu'à transformer (electroporation, choc thermique) la moitié qui n'a pas reçu le matériel génétique parent avec un chromosome artificiel mais complet (facilement synthétisable grace aux méthodes de PCR et de clonage moléculaire...). Si cet hybride se porte bien, au bout d'un certain nombre de divisions il aura "diluer" les composants du parents (protéines, ARN, métabolites, lipides de la membrane) et sera donc complètement neuf et articiel!
je ne pense vraiment pas que celà soit le problème de biologie le plus difficile à résoudre de nos jours...

[invitec64c1dc4]

je ne pense vraiment pas que celà soit le problème de biologie le plus difficile à résoudre de nos jours...

peut-être, mais si on est capable de faire un "mixage" de plusieurs génomes en choisissant les gènes désirés, ca peut avoir un intérêt industriel énorme (production de molécules, biodépollution...), surtout si on arrive à concentrer l'organisme sur une seule activité métabolique.

[invitee8b3f97e]

La réponse à la question reste toujours la même : on obtient pas une "nouvelle" bactérie, on obtient une bactérie déjà existante par des moyens artificielle. Ca serait comme cloner une espèces disparue : le matériel génétique existe déjà, on ne fait que ruser pour lui permettre de se multiplier.

De plus la PCR a une limite. Actuellement on ne peut pas synthétiser à la suite plus de quelques milliers de paires de bases (3000 ou 4000 d'après mes souvenirs). il parait qu'une technique à base de puces à ADN viens de rendre les très longues synthèses possibles, mais je n'ai pas encore d'echos sur cette possibilité.

[inviteb73ce398]

La réponse à la question reste toujours la même : on obtient pas une "nouvelle" bactérie, on obtient une bactérie déjà existante par des moyens artificielle. Ca serait comme cloner une espèces disparue : le matériel génétique existe déjà, on ne fait que ruser pour lui permettre de se multiplier.

Si tu regardes le papier mentionné par Yoyo sur la génération d'un bactériophage "synthétique", tu verras que l'idée n'est pas celle que tu présentes, mais qu'en effet pour l'instant, un certain nombre d'obstacles demeure et pour essayer de trouver une parade, il faut se baser sur ce que l'on connait à peu prêt (phages, bactéries).
Mais l'idée est bien de synthétiser un organisme artificiel in vitro qui sera générer pour réaliser une fonction précise, partir d'un pool de nucléotides et générer un organismes... On en est certes loin, mais l'idée est là, et même si elle n'est pas nouvelle, on n'a jamais eu autant d'éléments qu'aujourd'hui pour la matérialiser.

[invite27934a1f]

Je ne sais pas si ça vous intéresse, mais Albert Libchaler et Vincent Noireaux ont "construit" une cellule artificielle: une sphère verte fluo, ou plutot, une vésicule de phospholipides de blanc d'oeuf, remplie de la machinerie cellulaire d'une Escherichia coli (privée de son matériel génétique), d'un gène de fluorescence prélevé sur une méduse et d'un autre provenant du staphylocoque doré, et enfin d'une enzyme virale pour permettre la traduction des gènes... mais ce bioréacteur est encore incapable de division, mais je pense que ça va arriver.

Cf: http://www.admiroutes.asso.fr/larevu.../actualite.htm

Pas mal quand même, Ginko.

[invite4b0a59dd]

Hello

Je réponds ici à deux messages à la fois (suite au lien que tu m'as communiqué sur un autre post).

Selon l'article que tu réfères ici :

Créer de la vie artificielle

viennent aujourd'hui de créer une forme de vie artificielle à partir de plusieurs éléments de construction d’origine animale ou bactérienne

les deux chercheurs ont construit de toutes pièces un «bioréacteur» capable de produire une protéine à partir d’un gène.

ce ‘’bioréacteur’’ n'est pas à proprement parler un organisme vivant, étant incapable de se diviser pour se reproduire comme le font les cellules.

Petit à petit, le sensationnel du "gros titre" se meurt au profit d'un rationnalisme bienvenu.

Cette expérience est intéressante pour deux points:

1. Il est possible de faire agir dans une vésicule lipidique issue d'une membrane plasmique eucaryote la machinerie d'expression des gènes d' E. coli. Ici, deux gènes ont été ainsi insérés: un gène de la GFP (témoin fluorescent) et un gène de pore transmembranaire de Staphylocoque (facilitant l'apport de "matière première" nécessaire à cette machinerie).

2. Dans ce système ainsi conçu, il y a une expression des gènes insérés; ce qui permet éventuellement d'entrevoir des applications bio-industrielles.

Mais:

- ce système artificiel ne peut se répliquer, ne peut croître, ne peut intéragir avec son milieu (hors prise de "matière première") ... Ce n'est pas une forme de vie.

- cette expérience me semble déviée de son objectif premier pour assouvir les fins de ce site web.

GuiL

[invite27934a1f]

Salut, Guil,

ce que j'ai dit c'était juste pour répondre au post de filmo, qui faisait un commentaire en l'air sur le fait de l'étrangeté de la vie... ou quelque chose comme ça et défiant des scientifiques de reproduire le centième d'un organisme...

Bon, je me suis rappelé vaguement avoir participé à une discussion qui parlait de ça (celle où nous sommes). Et je l'ai mentionné pour apuyer ma contre-remarque...

Enfin, bref, c'était juste pour tenter de remettre le fil dans son droit chemin, pas pour repartir dans le débat "Frankenstein".

J'espère que le débat est clos. La prochaine fois que j'essaierais de redresser un topic déviant, je le ferais sans transition, comme celà je n'aurais pas à me justifier.

Ginko.