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Diagramme de ramachandran



  1. #1
    Bonbon25

    Diagramme de ramachandran


    ------

    Bonsoir
    Juste pour être sûre: le diagramme de Ramachandran représente les combinaisons des angles phi et psi compatibles et non compatibles, c'est ça? c'est tout?
    merci

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Pemphigus

    Re : diagramme de ramachandran

    Oui effectivement, il permet donc de connaitre et prédire les structures secondaires et par extension tertiaires des protéines. On a une probabilité assez grande d'avoir une structure secondaire pour phi : de -60° à -180° et psy -70° à 180°. On remarque sur ce diagramme les angles pour :

    Les différentes hélices alpha:
    Angles phi psy
    Droites -57 -47 très représentée
    Gauches +57 +47 rare
    Hélices 310 droites -49 -26 rare
    Hélices pi -57 -70 théorique
    Hélice gauche du collagène -51 153

    L'hélice gauche du collagène a des angles bien spécifiques en raison de sa richesse en proline qui impose des angles bien particuliers.

    Bref je m'égare !

    Bon courage !!!

  4. #3
    Bonbon25

    Re : diagramme de ramachandran

    merci Pemphigus!
    encore une toute petite question: "hélice 310", "coude", "conformation en solénoïde", représente bien la même conformation, ce sont des synonymes?

  5. #4
    Pemphigus

    Re : diagramme de ramachandran

    Pour moi, non ce n'est pas synonyme.
    Le coude relie des structures secondaires (feuillets, hélices) et est lui même une structure secondaire qui participe à l'organisation spatiale (str. IIIaire) de la protéine et que l'on retrouve en surface des proteines majoritairement donc assez hydrophile.
    Pour l'hélice 3.10 se retrouve dans certaines protéines globulaires, elles sont moins stables que les helices alpha mais plus allongées, se sont des hélices droites. Elles ont 3 résidus par tour et un pas plus long (0,6nm) que les hélices alpha. Leur diamètre est de 2A.

    A l'inverse, la notion de conformation en solénoide se rapproche de la notion d'hélice (alpha ou autre) et sont donc prosaiquement des synonymes.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    Bonbon25

    Re : diagramme de ramachandran

    d'accord merci

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