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Interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293



  1. #1
    t0yt0y

    Interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293


    ------

    Bonsoir a tous,

    Je reposte ici suite à un petit probleme que je rencontre : Dans mon article, il utilise des souches HEK293 pour tester en fait le mécanisme d'échappement de Moraxella cattarhalis et Nesseiria meningitidis dans les cellules de l'épithélium respiratoire. Un prof m'a dit que le fait de prendre des cellules qui n'était pas du tissu étudié est un bon moyen pour mettre en évidence l'implication de molécule en particulier. Or ici, c'est justement le cas, puisqu'ils transfectent les HEK293 avec des plasmides exprimant le TLR2 et CEACAM1, dont la fixation avec des molécules bactériennes inhibe la réponse inflammatoire et immunitaire.

    Bref, mon probleme c'est que presque tout l'article est composé de ce que je vois comme étant des controles, et la, oh surprise, ils ne controlent pas la présence avant transfection de TLR2 ou de CEACAM1, d'ou ma question : Est ce que les cellules HEK293 sont réputées pour etre dénuées de ce genre de marqueurs ?
    Comment peut-on le savoir autrement que par des expériences ?
    Est-ce qu'il y a un site ou quelque chose comme ça qui liste les marqueur cellulaire des lignées ? ( j'ai été voir sur ATCC, mais il n'y a pas grand chose )

    Merci de votre aide.

    J'ai scindé la question du reste de la discussion pour que ca ne s'éparpille pas. Yoyo

    -----
    Dernière modification par Yoyo ; 21/02/2009 à 09h52.
    Allo, Stérique ?! Oui ... Ici Nétique !!!!

  2. #2
    LXR

    Re : Analyse critique des articles scientifique

    En effet ça aurait été bien qu'ils mettent un western sur TLR2 et CEACAM1 avant transfection, au moins pour montrer que la transfection permet bien d'augmenter le niveau d'expression de ces protéines (si elles sont exprimées). Si les auteurs ne se servent que de la surexpression de ces protéines pour étudier des phénotypes particuliers, il n'y a pas de problème majeur à ce qu'on ne connaisse pas le niveau d'expression basal de ces deux protéines, dans le cas où elles sont exprimées. Tu peux essayer de taper HEK293 AND TLR2 ou CEACAM1 dans tes recherches, dans l'atcc tu ne trouveras pas les protéines exprimées dans les divers types cellulaires. Le mieux c'est pubmed, et les autres sites déjà mentionnés dans ce post.

    Greg
    Never give up.

  3. #3
    piwi

    Re : Analyse critique des articles scientifique

    C'est quoi le papier? Parce que là on ne peut pas vraiment discuter vu que l'on ne sait pas de quoi tu parles.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  4. #4
    t0yt0y

    Re : interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293

    Bonjour,

    L'article est paru dans Nature Immunology sous le titre de CEACAM1 inhibits Toll-like receptor 2–triggered Antibacterial responses of human pulmonary Epithelial cells.

    Dans cet article, ma question concerne essentiellement les figures 3 et 4.
    D'ailleurs en relisant, je me rends compre aussi que j'ai un petit doute : Nesseiria et Moraxella sont des gram- et donc on du LPS, LPS qui me semble se lie sur le TLR2 ( le recepteur étudié ) mais aussi sur le TLR4 et a aucun moment ils ne regardent si l'ensemble de leur résultats n'est pas en partie le fruit de TLR4, ou bien que TLR4 permet toutes les activités résiduelles lors des inhibitions ...
    CEACAM1 inhibits Toll-like receptor 2-triggered antibacterial responses of human pulmonary epithelial cells.
    Merci pour votre aide, je tente de mettre l'article en pièce jointe

    Note de la modération. J'ai remplacé la pièce jointe, qui n'est pas libre de droits, par la page référençant le papier.
    piwi
    Dernière modification par piwi ; 21/02/2009 à 11h05.
    Allo, Stérique ?! Oui ... Ici Nétique !!!!

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    piwi

    Re : interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293

    Salut.
    J'ai survolé le papier et je crois qu'il y a un truc qui t'as échappé dans la compréhension des expériences.
    L'idée est de regarder l'activité d'un transgène Nf-kb-luciférase en fonction de la présence d'éléments qu'ils mettent dans la cellule ou dans le milieu. Regarde la figure 3a et considérons TLR2.
    Si on ne transfecte pas les cellules elles ne répondent pas. Si on transfecte avec un plasmide d'expression TLR2, elles répondent. C'est bien la preuve que c'est TLR2 qui médie la réponse. De plus, si il avait déjà été présent dans les cellules alors les cellules non transfectées auraient répondues. Ceci montre que tes cellules n'expriment au mieux qu'un taux négligeable de TLR2 insuffisant pour provoquer une réponse. C'est cela qui valide le modèle. Inutile d'aller faire un WB

    Ils font le même type d'expériences avec TLR4.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  7. #6
    t0yt0y

    Re : interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293

    Bonjour et merci piwi.

    C'est ce que j'avais cru comprendre, c'est que les résultats parlaient d'eux même, je trouvais ça juste étrange que le papier, bourré de controle, n'en ai pas pour cette partie, cela dit, ça ne veut peut etre pas forcément dire qu'ils ne l'ont pas fait ...

    Mais que penser de ce fameux TLR4 qui n'est pas étudié précédemment dans les cellules de l'épithélium respiratoire ? Au dela du fait que les résultats semblent "parfait " ( qu'en pensez vous ? ), est ce qu'il négligeable dans ce genre d'expérimentation de ne pas tenir compte du TLR4 ?

    ( désolé si les questions dérivent un peu du sujet initial )
    Allo, Stérique ?! Oui ... Ici Nétique !!!!

  8. #7
    piwi

    Re : interprétation d'un article: question sur les cellules HEK293

    Je ne comprends pas pourquoi vous voulez absolument qu'ils aient fait un WB. Comme je vous le montrais tout à l'heure, c'est inutile. Le papier est bourré de contrôle et l'expérience qui nous intéresse ici à son contrôle.

    Pour TLR4, je n'avais pas trop regardé le papier alors j'ai du y retourner. Et j'avoue que n'étant pas trop de la partie, l'explication du rôle de l'étude de TLR4 dans cette histoire ne m'apparait pas évident du tout. C'est lui même un contrôle. Ils le présentent comme permettant d'établir la spécificité de quelque chose. Mais de quoi? Je n'arrive pas à vraiment le voir. Comme vous le disiez plus haut, TLR4 est le récepteur du LPS. Je pense que l'intérêt de la manip' est de montrer que la voie Toll like est activable dans les HEK; histoire d'être certain que le TLR2 que l'on va mettre dedans peut bien agir dans cette voie. Mais je ne suis pas certain... Ca me semble léger. Cela dit, la manière dont tout cela est présenté me laisse à penser que cette manip' n'était pas forcément dés le départ prévue dans le processus. Pas d'illustration, rédaction sybilline, rappel de ce que sont les HEK alors que l'on en parle depuis un moment (suggérant que cette phrase a été ajoutée brutalement sans faire attention à l'ensemble). J'imagine que cela vient après une demande d'un rapporteur; demandes que l'on ne comprend pas toujours. Je ne me formaliserais pas avec ça.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

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