Bande inconnu sur gel d'agarose

[invite6487dc7f]

Bonjour,
J'ai extrait de l'ADN d'un foie de rat avec du DNAzol, puis j'ai précipité à l'éthanol, rincé...
Une partie de cet ADN a été digéré totalement pat EcoR1. j'ai fait migrer l'ADN digéré et non digéré sur un gel d'agarose 1% et voila ce que j'obtiens.
On a colonne 1 et 3 DNA ladder 10 Kb, 2 et 4 ADN digéré et 3 et 6 non digéré.
Je comprend le résultat de l'ADN digéré mais je ne comprend pas pourquoi j'ai cette bande unique pour l'ADN non digéré.
Je pensais ne rien avoir, l'ADN étant sous forme de chromosomes ils restent bloqués dès le début du gel vu leur taille, et puis de toute façon les souris n'a pas qu'un seul chromosome.
Es ce que quelqu'un a une idée de ce que cela pourrait être?
Merci
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[piwi]

C'est simplement de gros paquets d'ADN fragmentés (en beaux morceaux) qui rentrent dans le gel et vous font une bande. Vous avez mis combien de microgrammes dans le gel?

Cordialement,
piwi

[Zellus]

Salut,

J'y connais pas grand chose alors je vais sans doute dire une bêtise mais ça pourrait pas être de l'ADN mitochondrial ?

[invite6487dc7f]

Merci de vos réponse.
Piwi -> J'en ai mis 2 micro gramme. Mais dans ce cas comment ca se fait que je n'ai pas une multitude de bande au lieu d'une seule? Les fragments d'ADN ne font quand même pas tous la même taille.
Zellus -> ouai c'est peut être une bonne explication.

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Ils sont surtout tous tellement gros qu'ils saturent dans le gel. D'où la bande.

[invite6487dc7f]

Donc c'est bien les fragments de chromatine qui ont du mal a passer mais qui ont quand même réussi a migrer jusqu'ici? Pourtant ils n'ont pas tous la même taille, comment ca se fait qu'ils fassent qu'une bande?
A la base j'aurais pensé qu'ils seraient bloqués dès le début du gel, dans le puits...

[invitec9f0f895]

salut

Meme réponse que Piwi, ce sont tes chromosomes partiellement cassés
YOyo

[invite77479dce]

Je suis entièrement d'accord avec Piwi et Yoyo.
En effet, tu as de longs fragments d'ADN qui migrent tous de la même façon. Dans l'absolu, ces fragments n'ont pas tous la même taille, mais puisque ils sont tous très long, ton gel n'est pas assez résolutif pour les séparer. Lorsque l'on veut séparer de longs fragments d'ADN, on a recours à des techniques d'électrophorèse en champ pulsé
(Ce type d'électrophorèse a été développé par Schwartz et Cantor en 1984 afin de séparer les grandes molécules d'ADN (> 50 kb) que l'électrophorèse classique en gel d’agarose ne permet pas de résoudre, même en diminuant au maximum la concentration d'agarose (en dessous de 0.4% les gels sont impossibles à manipuler). La porosité d'un gel d'agarose classique est inférieure au micron alors que la longueur d'une molécule d'ADN de 50 kb complètement étirée est d'environ 18 microns. La vitesse de migration des molécules d'ADN dont la taille est supérieure à 20 kb n'est plus affectée par l'effet de filtration, elle est constante quelle que soit la taille de la molécule.)
J'espère avoir pu t'aider !