étude de promoteur

[inviteee9cffed]

Bonjour,
Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
Je vous remercie
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[invitee0b34c4b]

Hello!

2-hybrid system chez les levures est un des moyens (je crois bien que la plupart des facteurs de transcription ont été ainsi déterminés)
ChIP est une idée si tu as une idée quels facteurs de transcriptions pourraient se lier à ton promoteur
Faire une analyse bioinformatique de ton promoteur (sequence) pour voir s'il y des séquences spécifiques à certains facteurs (tu sauras déjà mieux dans quelle direction aller...)
Peut-être qu'il y a même un test in vitro à faire... mais ça, je ne sais pas trop...
bonne chance!

cath

[inviteee9cffed]

En fait je me suis très mal exprimé, je voudrais faire une rapide analyse bioinfo pour regarder quelques chose sur le promoteur d'un gène. Mais je ne connais pas de logiciel ou de site internet qui me permettraient de faire ça.

Merci

[piwi]

L'analyse bio info n'est pas aisée. Il existe des programmes donnant des sites de liaisons pour pleins de choses mais ils reposent sur des matrices établies par rapport à nos connaissances qui sont parcellaires. Trouver un site in sillico n'est pas un gage de vérité biologique. Le contraire est exactement la même chose. Ne rien trouver ne veut rien dire.
Vous pouvez y aller de manière un peu brutale en alignant des promoteurs des gènes qui sont connus pour identifier votre facteur de transcription pour essayer de trouver un motif. Mais où commencer? Les promoteurs peuvent être très long.

Une manip' envisageable est de faire un test rapporteur dans une lignée cellulaire. Vous clonez votre promoteur ou des morceaux de votre promoteur en amont de la séquence codante d'un gène rapporteur (CAT, Luc). Vous cotransfectez avec un plasmide codant pour votre facteur de transcription. En sous clonant vous pouvez identifier grossièrement une séquence de liaison.
Si vous avez un petit à priori vous pouvez amplifier la séquence que vous soupçonnez et étudier la liaison avec votre facteur de transcription en EMSA.
Si vous n'avez aucune idée de la séquence de liaison potentielle, vous pouvez éventuellement vous lancer dans du SELEX pour identifier une séquence concensus. Seulement ensuite il est parfois difficile de la retrouver in vivo.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec4829296]

Bonjour,

si c'est un gène de plante, il y a les logiciels suivants :
- genescan
- plancare
- place

le lien est sur le site de [URL="http://urgi.versailles.inra.fr/Genefarm/]

[invite17a570c1]

Bonjour,
Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
Je vous remercie

Salut,

Il existe MATCH pour faire ça : http://nar.oxfordjournals.org/cgi/co...act/31/13/3576

[piwi]

Tu l'as essayé? C'est satisfaisant?

Cordialement,
piwi

[invite71f23525]

Dans le même genre, il y a aussi RSAT, mais il est assez compliqué à utiliser.

Greg

[invite17a570c1]

Tu l'as essayé? C'est satisfaisant?

Cordialement,
piwi

Je ne l'ai pas essaye vu que ce n'est pas mon domaine, mais les echos que j'en ai eu sont positifs. En revanche, j'ai vu de pitis soucis de parsing de fichier de sortie : en gros, ne testez pas 10 000 promoteurs a la fois

[invite7b808616]

J'ai testé MATCH, c'est pas mal mais c'est vrai que les résultats ne permettent d'obtenir que des directions et des probabilités qui sont encore elles même fonction de tant de facteurs.
Parcontre il est idéal pour déterminer les nucléotides a muter pour suprimer un de ces sites ce qui est une bonne technique d'étude aussi.

Bon courage...

[invite71f23525]

En général, l'approche d'invalidation de l'élément de réponse d'un facteur de transcription par mutagenèse dirigée se fait après la troncation régulière du promoteur (énoncé brièvement par Piwi : morceaux de promoteurs en amont d'un gène rapporteur). Celle-ci permet de confirmer la position de l'élément de réponse sur le promoteur est pourquoi pas découvrir un nouvel élément de réponse zappé par le programme bioinformatique. Car attaquer directement en mutagenèse dirigée risque de donner un résultat négatif par effet de compensation avec un élément de réponse supplémentaire.

Greg

[invitee863e61a]

Bonjour,
Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
Je vous remercie

Chez quel type d'organisme ? Les études in silico sont plus simples chez les procaryotes, mais pas forcément évidente non plus

[invite7b808616]

En général, l'approche d'invalidation de l'élément de réponse d'un facteur de transcription par mutagenèse dirigée se fait après la troncation régulière du promoteur
Greg

En effet et c'est ce que j'avais personellement fait ... j'additionnais juste cette élément à la liste. Mais c'est vrai que je ne répondais donc pas à la question initiale de par où commencer...^^

[invited25630ed]

Salut

Je pense que tu n'as plus besoin de ça depuis un moment mais au cas où ça soit utile pour ceux qui cherchent des réponses. Commencer par une analyse in silico permet de dégrossir le travail et il y a des logiciels qui font ça très bien, par ex genomatix.
Mais c'est une analyse in silico à prendre avec des pincettes comme toute extrapolation bioinfo !
Ensuite, stratégie classique mutagenese, délétions, gène rapporteur etc...