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étude de promoteur



  1. #1
    bensouk

    étude de promoteur

    Bonjour,
    Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
    Je vous remercie

    -----


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  3. #2
    cathbr

    Re : étude de promoteur

    Hello!

    2-hybrid system chez les levures est un des moyens (je crois bien que la plupart des facteurs de transcription ont été ainsi déterminés)
    ChIP est une idée si tu as une idée quels facteurs de transcriptions pourraient se lier à ton promoteur
    Faire une analyse bioinformatique de ton promoteur (sequence) pour voir s'il y des séquences spécifiques à certains facteurs (tu sauras déjà mieux dans quelle direction aller...)
    Peut-être qu'il y a même un test in vitro à faire... mais ça, je ne sais pas trop...
    bonne chance!

    cath

  4. #3
    bensouk

    Re : étude de promoteur

    En fait je me suis très mal exprimé, je voudrais faire une rapide analyse bioinfo pour regarder quelques chose sur le promoteur d'un gène. Mais je ne connais pas de logiciel ou de site internet qui me permettraient de faire ça.

    Merci

  5. #4
    piwi

    Re : étude de promoteur

    L'analyse bio info n'est pas aisée. Il existe des programmes donnant des sites de liaisons pour pleins de choses mais ils reposent sur des matrices établies par rapport à nos connaissances qui sont parcellaires. Trouver un site in sillico n'est pas un gage de vérité biologique. Le contraire est exactement la même chose. Ne rien trouver ne veut rien dire.
    Vous pouvez y aller de manière un peu brutale en alignant des promoteurs des gènes qui sont connus pour identifier votre facteur de transcription pour essayer de trouver un motif. Mais où commencer? Les promoteurs peuvent être très long.

    Une manip' envisageable est de faire un test rapporteur dans une lignée cellulaire. Vous clonez votre promoteur ou des morceaux de votre promoteur en amont de la séquence codante d'un gène rapporteur (CAT, Luc). Vous cotransfectez avec un plasmide codant pour votre facteur de transcription. En sous clonant vous pouvez identifier grossièrement une séquence de liaison.
    Si vous avez un petit à priori vous pouvez amplifier la séquence que vous soupçonnez et étudier la liaison avec votre facteur de transcription en EMSA.
    Si vous n'avez aucune idée de la séquence de liaison potentielle, vous pouvez éventuellement vous lancer dans du SELEX pour identifier une séquence concensus. Seulement ensuite il est parfois difficile de la retrouver in vivo.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  6. #5
    Annaick_R

    Re : étude de promoteur

    Bonjour,

    si c'est un gène de plante, il y a les logiciels suivants :
    - genescan
    - plancare
    - place

    le lien est sur le site de [URL="http://urgi.versailles.inra.fr/Genefarm/]

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    MaliciaR

    Re : étude de promoteur

    Citation Envoyé par bensouk Voir le message
    Bonjour,
    Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
    Je vous remercie
    Salut,

    Il existe MATCH pour faire ça : http://nar.oxfordjournals.org/cgi/co...act/31/13/3576
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  10. #7
    piwi

    Re : étude de promoteur

    Tu l'as essayé? C'est satisfaisant?

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  11. #8
    LXR

    Re : étude de promoteur

    Dans le même genre, il y a aussi RSAT, mais il est assez compliqué à utiliser.

    Greg

  12. #9
    MaliciaR

    Re : étude de promoteur

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Tu l'as essayé? C'est satisfaisant?

    Cordialement,
    piwi
    Je ne l'ai pas essaye vu que ce n'est pas mon domaine, mais les echos que j'en ai eu sont positifs. En revanche, j'ai vu de pitis soucis de parsing de fichier de sortie : en gros, ne testez pas 10 000 promoteurs a la fois
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  13. #10
    Istria

    Re : étude de promoteur

    J'ai testé MATCH, c'est pas mal mais c'est vrai que les résultats ne permettent d'obtenir que des directions et des probabilités qui sont encore elles même fonction de tant de facteurs.
    Parcontre il est idéal pour déterminer les nucléotides a muter pour suprimer un de ces sites ce qui est une bonne technique d'étude aussi.

    Bon courage...

  14. #11
    LXR

    Re : étude de promoteur

    En général, l'approche d'invalidation de l'élément de réponse d'un facteur de transcription par mutagenèse dirigée se fait après la troncation régulière du promoteur (énoncé brièvement par Piwi : morceaux de promoteurs en amont d'un gène rapporteur). Celle-ci permet de confirmer la position de l'élément de réponse sur le promoteur est pourquoi pas découvrir un nouvel élément de réponse zappé par le programme bioinformatique. Car attaquer directement en mutagenèse dirigée risque de donner un résultat négatif par effet de compensation avec un élément de réponse supplémentaire.

    Greg

  15. #12
    jmbowie

    Re : étude de promoteur

    Citation Envoyé par bensouk Voir le message
    Bonjour,
    Je souhaiterais regarder si sur le promoteur d'un gène il y a des éléments de liaison à certains facteurs de transcriptions. Je voulais savoir quels étaient les outils me permettant de faire cela.
    Je vous remercie
    Chez quel type d'organisme ? Les études in silico sont plus simples chez les procaryotes, mais pas forcément évidente non plus
    Blast up your life!

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  17. #13
    Istria

    Re : étude de promoteur

    Citation Envoyé par LXR Voir le message
    En général, l'approche d'invalidation de l'élément de réponse d'un facteur de transcription par mutagenèse dirigée se fait après la troncation régulière du promoteur
    Greg
    En effet et c'est ce que j'avais personellement fait ... j'additionnais juste cette élément à la liste. Mais c'est vrai que je ne répondais donc pas à la question initiale de par où commencer...^^

  18. #14
    Agabiem

    Re : étude de promoteur

    Salut

    Je pense que tu n'as plus besoin de ça depuis un moment mais au cas où ça soit utile pour ceux qui cherchent des réponses. Commencer par une analyse in silico permet de dégrossir le travail et il y a des logiciels qui font ça très bien, par ex genomatix.
    Mais c'est une analyse in silico à prendre avec des pincettes comme toute extrapolation bioinfo !
    Ensuite, stratégie classique mutagenese, délétions, gène rapporteur etc...

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