Séquencer un long fragment d'ADN

[invite55a62727]

Bonjour,

Voila, j'ai voulue séquencer un long fragment d'ADN et pour obtenir la séquence complète, j'ai amplifié la séquence d'intérêt avec une amorce Forward et une amorce Reverse.

Après séquencage, j'obtient donc la séquence du gène "par la fin" et la séquence "par le début". Je cherche un moyen d'inverser une des deux séquences rapidement (la plus part des logiciels font l'inverse et le complément...) puis de pouvoir rabouter les deux séquences pour obtenir ma séquence finale. Auriez vous un moyen??

Merci de votre aide
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[invite71f23525]

Bonjour,

En inversant et complémentant la séquence "qui commence par la fin" (ce qui veut dire qu'elle est antisens), tu vas te retrouver, si tout a bien marché, avec un chevauchement de la séquence anti-sens inversée/complémentée avec la séquence sens (commençant par le début). Avec un logiciel d'alignement de séquence (matcher de l'institut pasteur par exemple), tu peux retrouver la zone de chevauchement (les deux séquences s'aligne à un endroit particulier). Il ne te reste plus qu'à effacer sur une des deux séquences la partie commune et à accoler les deux séquences.

Greg

[invite9e1fd470]

Bonjour,

je te conseil d'allez directement sur le logiciel blast 2 sequence du NCBI. Tu aura juste à rentrer tes deux séquences sans rien faire d'autre. Et il te dira si sa se chevauche (si tes séquences sont très très longue je te conseil d'augmenter ou de diminuer la valeurs d'un mot).

Cordialement