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le monde ARN



  1. #1
    tortuga

    le monde ARN

    Bonjour,

    L'hypothèse du monde ARN s'est trouvée confirmée avec la découverte des ribozymes, ces molécules d'ARN autocatalytiques pouvant s'autoepisser.

    Quel est l'argument concernant la réplication de l'ARN lors d'une division cellulaire par exemple? ribozyme aussi?

    Bonne journée

    -----


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  3. #2
    piwi

    Re : le monde ARN

    ne me semble pas que l'idée soit la replication des ARNs durant la mitose.
    Non les ARNs resynthétisés d'un cycle à l'autre si besoin tout bêtement.
    Il ne sont pas sujet aux mêmes imperatifs de conservation que l'ADN.

  4. #3
    tortuga

    Re : le monde ARN

    Merci pour ta reponse!

    Un ARN c'est moins stable qu'un ADN... j'ai du mal à imaginer comment fonctionnerait un organisme avec seulement de l'ARN et des protéines...


  5. #4
    ZionAngel

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par tortuga
    Merci pour ta reponse!

    Un ARN c'est moins stable qu'un ADN... j'ai du mal à imaginer comment fonctionnerait un organisme avec seulement de l'ARN et des protéines...

    Il y a des virus à ARN Ce sont des organismes certes, mais la question de savoir si on peut considérer un virus comme vivant demeure Un gros débat !!

  6. #5
    tortuga

    Re : le monde ARN

    oui mais un virus utilise un organisme plus organisé que lui pour se repliquer, non?

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    ZionAngel

    Re : le monde ARN

    Coucou !
    Oui en effet, seul un virus ne "vit" pas car c'est un parasite obligatoire. Cependant, c'est bel et bien un organisme composé uniquement de protéines et d'ARN, dans le cas de virus à ARN bien entendu.

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  10. #7
    tortuga

    Re : le monde ARN

    bon je reformule ma question alors
    comment un organisme avec seulement de l'ARN peut "vivre" indépendemment

  11. #8
    ZionAngel

    Re : le monde ARN

    Je ne suis pas sur qu'il existe des organismes, autres que les virus, qui utilisent l'ARN comme support de l'information génétique. L'ARN est beaucoup trop instable et se détériorer trop facilement lors de la transmission aux générations suivantes. Enfin si ca existe je veux bien le savoir aussi lol

  12. #9
    tortuga

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par ZionAngel
    Je ne suis pas sur qu'il existe des organismes, autres que les virus, qui utilisent l'ARN comme support de l'information génétique. L'ARN est beaucoup trop instable et se détériorer trop facilement lors de la transmission aux générations suivantes. Enfin si ca existe je veux bien le savoir aussi lol
    le monde ARN c'est une hypothese qui a ete formulée pour essayer d'expliquer ce qu'il y avait AVANT que le genome des organismes ne soit composé entierement d'ADN !

    la question que tu te poses est par conséquent exactement la même que la mienne !

  13. #10
    ZionAngel

    Re : le monde ARN

    Ah ok !
    Désolé, j'avais pas bien saisi ta toute première question aussi en fait. Mea culpa !

  14. #11
    tortuga

    Re : le monde ARN

    à me relire, je n'étais peut etre pas très clair...

  15. #12
    emery

    Arrow Re : le monde ARN

    Qu'est ce ke réelement l'ARN, j'ai un TPE à faire et je galère un peu baucoup!
    Merci de vos réponses d'avance!

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  17. #13
    hexapat

    Re : le monde ARN

    Quelles sont tes questions exactement ?
    Les ARN sont plusieurs avec des rôles différents !!!

    Ce sont dans tous les cas de longues molécules faites d'une suite de plus petites appelées bases azotées.
    Ces "bases" sont nommées par leur initiale : A,G,C, et U
    Alors tu peux faire les combinaisons que tu veux (que la cellule veut ! ) ACCGAUUUC........ etc !

  18. #14
    emery

    Re : le monde ARN

    Il me faudrait tous les roles, toutes les fonctions, toutes les différences entres les ARN...
    Si vous auriez l'adresse d'un site bien complé.........

  19. #15
    Thibault123

    Re : le monde ARN

    Salut,
    Le rôle principale de l'ARN(acide RiboNucléique) est de traduire le code génétique (en gros ce qui est contenu dans le noyau) en protéines fonctionelles.
    Cela se fait par un mécanisme assez complexe de transcription(passage de l'adn en arn) et de traduction(passage de l'arn en protéines).
    Si tu veux de précisions des questions n'hésite pas a les poser sur ce site !

  20. #16
    emery

    Re : le monde ARN

    Merci pour ces précisions mais, l' ennui c'est que pour l'instant, je n'est pas de questions précises. Je recontacterais tous le monde si j'ai un problème, merci de votre aide. @+

  21. #17
    gab

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par ZionAngel
    Je ne suis pas sur qu'il existe des organismes, autres que les virus, qui utilisent l'ARN comme support de l'information génétique. L'ARN est beaucoup trop instable et se détériorer trop facilement lors de la transmission aux générations suivantes. Enfin si ca existe je veux bien le savoir aussi lol
    Balivernes!!!!
    L'ARN au sens cybernetique du termes est aussi, sinon plus porteur d'information génétique que l'ADN et ce dans tous les organismes vivant de l'hommes aux plantes!!! L'information est portée par la "variation". Donc l'instabilité (et la possibilité de modifier ses caractéristiques intrinséques comme en se dégradant ) est gage d'information. C'est de la sémantique mais il faudrait pas dire nimporte quoi après quoi les gens vont te croire...
    Sans rancune aucune

  22. #18
    gab

    Re : le monde ARN

    de plus la transmition que tu évoque comme impossible des ARNs de génération en génération est un débat passionnant qui date des découvertes sur le clonage et qui commence à avoir un echo non négligeable expérimentalement (tape Nature "Hothead Arabidospsis")
    Bonne lesture (pour les détails alles voir les FILs sur les articles importants de ces derniers temps ...
    B+

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  24. #19
    /Anonyme/

    Re : le monde ARN

    Salut,

    Ce n'est pas si extravagant une vie sans ADN, des protéines pourraient stabiliser l'ARN, il y a bien des protéines qui s'occupent de l'ADN =) ( histones, topoisomérases...).

    Bonne continuation.
    Dernière modification par /Anonyme/ ; 06/05/2006 à 19h42.

  25. #20
    Thibault123

    Re : le monde ARN

    Salut,
    Dans la cellule humaine, l'adn est quand même le support de l'info génétique puisque c'est lui et lui seul qui porte tous les gènes, les arn dans la cellule ne sont là uniquement que pour jouer le rôle d'intermédiaire entre le code génétique et l'expression de ce code via l'arn.
    L'information est portée par la "variation". Donc l'instabilité (et la possibilité de modifier ses caractéristiques intrinsèques comme en se dégradant ) est gage d'information
    Mais l'adn est très variable pour preuve tu ne trouveras pas deux personnes (sauf les jumeaux homozygotes) qui auront le même génome.
    Après je ne comprends pas quand tu dis que l'arn peut se dégrader ce n'est pas lui qui se dégrade mais des enzymes c'est indépendant de l'arn. Parce Que si on va dans ce sens, l'adn est capable de se modifier notamment en methylant les gènes pour qu'ils ne s'expriment plus.
    Et pour la publi dans Nature tu pourrai m'expliquer s'il te plaît parceque j'ai cherché mais c'est payant et en plus c'est en anglais .

  26. #21
    jeanlain

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par tortuga
    Bonjour,

    L'hypothèse du monde ARN s'est trouvée confirmée avec la découverte des ribozymes, ces molécules d'ARN autocatalytiques pouvant s'autoepisser.

    Quel est l'argument concernant la réplication de l'ARN lors d'une division cellulaire par exemple? ribozyme aussi?

    Bonne journée
    Je ne pense pas que l'on puisse parler de confirmation pour l'hypothèse du monde ARN, pas encore à ce stade.

    Sinon, sans même aller voir dans les rybozymes un peu "exotiques", dans nos rybosOmes, c'est l'ARNr qui prend à charge le gros de la traduction, donc il a bien une activité enzymatique.

    Enfin, les hypothèse actuelles imaginent un premier ARN différent de l'actuel (pas avec du ribose par exemple).

  27. #22
    gab

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par Thibault123
    Salut,
    Après je ne comprends pas quand tu dis que l'arn peut se dégrader ce n'est pas lui qui se dégrade mais des enzymes c'est indépendant de l'arn. Parce Que si on va dans ce sens, l'adn est capable de se modifier notamment en methylant les gènes pour qu'ils ne s'expriment plus.
    Et pour la publi dans Nature tu pourrai m'expliquer s'il te plaît parceque j'ai cherché mais c'est payant et en plus c'est en anglais .
    encore faux!!
    L'ARN a des capacités (bio)-chimiques intrinsèques celles qui permettent en ce moment une investigation poussée dans le domaine des Riboswitches (passionnant et entièrement liés à ce FIL de discussion à une équipe leader dans ce domaine : http://www.yale.edu/breaker/pubriboswitches.htm). Cette capacité est portée par de -OH et 5' du ribose (celui qui donne son nom -désoxy quand il est absent (cette phrase est tordue je te l'accorde)) .Cet –OH, donc par une attaque nucléophile (dont seuls les chimistes organiciens on le secret) permet une dégradation spontanée des ARNs par leur propres « volonté » (joke). Sans intervention d’aucune RNAse donc…
    Pour la métaphysique associée à ce discours.
    Avec l’aide des ribozymes, et des riboswitches on peut créer intellectuellement un monde ARN . Ma vision des choses est que l’ADN n’est qu’une facile, plus récente, mais indispensable sauvegarde (certainement liée au contexte de la mise en place de proto cellule) des données sous forme plus stable.
    Parlons maintenant d’information. Si on admet qu’un individu (plante cafard ou Homo) possède 30 000 gènes (au sens ATGàStop) alors il existe, via un certain nombre de processus (splicing alternatif en chef de file), quelque chose comme plus de 50 000 transcrits différents (codants) et un foisonnement d’ARNs régulateurs ce qui donnent une diversité du protéome de l’ordre de 100 000 prots différentes (que sur la base de leurs séquesnces en AA) !!! et ceci orchestre une soupe métabolique de + de 200 000 molécules !!!
    Alors où est l’information dans le système ? Mon avis elle est partout maintenant mais la plus ancestrale est portée par l’ARN.
    Voilà je me suis un peu emballé et comme les messages longs ne sont pas lus dans leur totalité (moi le premier) j’en profite pour saluer ma famille .. bisous maman !
    Si dessous des publis en anglais (pardon mais ya que comme ça que ça marche concernant i) le riboswitches ii) le Splicing alternatif (papier tout rescent dans PNAS)
    Pièce jointe 6855
    Pièce jointe 6856
    Dernière modification par Vinc ; 07/05/2006 à 14h44.

  28. #23
    Yoyo

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par jeanlain
    Sinon, sans même aller voir dans les rybozymes un peu "exotiques", dans nos rybosOmes, c'est l'ARNr qui prend à charge le gros de la traduction, donc il a bien une activité enzymatique.
    Il est maintenant démontre que le ribosome n'a pas de role rybosyme. La catalyse se fait spontanément le ribosome n'a "que" pour role de positioner correctement les ARNT

    LE lien vers l'article

    yoyo

  29. #24
    Tarc

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par Yoyo
    Il est maintenant démontre que le ribosome n'a pas de role rybosyme. La catalyse se fait spontanément le ribosome n'a "que" pour role de positioner correctement les ARNT

    LE lien vers l'article
    L'article dit juste qu'il n'y a pas intervention d'échanges acido-basiques dans la catalyse, pas que le catalyse n'a pas lieu ou qu'elle n'est pas le fait de l'ARN du ribosome. Comme je n'ai pas accès au texte intégral, ce que je dis est peut-être contredit par les auteurs dans celui-ci, mais l'impression que j'ai d'après le résumé est qu'ils ne réfutent pas du tout l'idée que le ribosome est un ribozyme. Un ribozyme, c'est un ARN catalytique, que le mécanisme de la catalyse implique des échanges acido-basiques ou qu'il se résume à positionner correctement les réactifs (pour parler de catalyse, il suffit que le catalyseur accélère la vitesse de réaction et se retrouve identique à la sortie. Il n'est pas nécessaire qu'il réagisse lui-même). Beaucoup d'enzymes aussi ne font que cela, ce n'est pas pour autant que ce ne sont plus des enzymes. On a commencé à dire que le ribosome était un ribozyme parce que les clichés de cristallographie montraient que la liaison peptidique se formait au milieu des chaînes d'ARN, ce qui n'impliquait aucune supposition sur le mécanisme de la catalyse.

    Citation Envoyé par gab
    Cette capacité est portée par de -OH et 5' du ribose
    En 2', plutôt.

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  31. #25
    jeanlain

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par Yoyo
    Il est maintenant démontre que le ribosome n'a pas de role rybosyme. La catalyse se fait spontanément le ribosome n'a "que" pour role de positioner correctement les ARNT

    LE lien vers l'article

    yoyo
    J'ai parlé d'activité enzymatique en général.
    La catalyse enzymatique revient bien à baisser l'énergie d'activation des réactions en positionnant les réactifs dans la bonne configuration ? D'ailleurs dans le l'article ils parlent toujours de catalyse. Est-il faut de dire que l'ARNr a une activité enzymatique ?
    À quelle vitesse irait la traduction sans l'ARNr ?
    Dernière modification par jeanlain ; 07/05/2006 à 17h04.

  32. #26
    Yoyo

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par Tarc
    L'article dit juste qu'il n'y a pas intervention d'échanges acido-basiques dans la catalyse, pas que le catalyse n'a pas lieu ou qu'elle n'est pas le fait de l'ARN du ribosome. Comme je n'ai pas accès au texte intégral, ce que je dis est peut-être contredit par les auteurs dans celui-ci, mais l'impression que j'ai d'après le résumé est qu'ils ne réfutent pas du tout l'idée que le ribosome est un ribozyme. Un ribozyme, c'est un ARN catalytique, que le mécanisme de la catalyse implique des échanges acido-basiques ou qu'il se résume à positionner correctement les réactifs (pour parler de catalyse, il suffit que le catalyseur accélère la vitesse de réaction et se retrouve identique à la sortie. Il n'est pas nécessaire qu'il réagisse lui-même). Beaucoup d'enzymes aussi ne font que cela, ce n'est pas pour autant que ce ne sont plus des enzymes.
    L'activité "ribozyme" implique que l'ARN joue un role actif dans la catalyse. En servant notamment de groupe donneur ou recepteur. Ici les residus de l'ARNr n'on aucun role "biochimique" ils vont participer physiquement a placer les ARNt de maniere optimum pour que la catalyse se produise "spontanément". D'ailleurs d'autres résultats non publiés encore montrent qu'il suffit de placer les ARNt proches l'un de l'autre pour que le transfert de l'acide aminé s'effectue.

    On a commencé à dire que le ribosome était un ribozyme parce que les clichés de cristallographie montraient que la liaison peptidique se formait au milieu des chaînes d'ARN, ce qui n'impliquait aucune supposition sur le mécanisme de la catalyse.

    En 2', plutôt.
    Non on n'a jamais observé cela en cristallo! Ce qu'a apporte la cristallo est de démontrer que la protéine la plus proche du centre "peptidyl transferase" etait trop loin pour pouvoir y jouer le moindre role --> donc ce role devait etre assumer par le ribosome.

    Yoyo

  33. #27
    Tarc

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par Yoyo
    L'activité "ribozyme" implique que l'ARN joue un role actif dans la catalyse.
    Ah bon ? C'est juste une question de terminologie, mais je ne me souviens pas d'avoir entendu d'autre définition pour "ribozyme" que "ARN catalytique" (et la catalyse en elle-même ne nécessite pas la présence de groupements donneurs ou accepteurs). L'étymologie du mot (qui consiste à mélanger "ribose" - façon un peu allusive de faire référence à l'ARN - et "enzyme") ne me semble pas plus restrictive, puisque comme je l'ai dit, il existe des enzymes qui elles aussi n'ont qu'un rôle de positionnement des réactifs dans l'espace. Mais si tu as une référence plus précise pour la définition des ribozymes, pas de problème

    Non on n'a jamais observé cela en cristallo! Ce qu'a apporte la cristallo est de démontrer que la protéine la plus proche du centre "peptidyl transferase" etait trop loin pour pouvoir y jouer le moindre role --> donc ce role devait etre assumer par le ribosome.
    Hum, c'était effectivement ce que je voulais dire : à l'endroit où la liaison peptidique se forme, son environnement contient de l'ARN, plutôt que des protéines. Désolé si je n'étais pas clair.

  34. #28
    Yoyo

    Re : le monde ARN

    Oui c'est en effet plus une question de terminologie. mais la tres grande majorité des ribozymes ont des activités de polymerase ou de clivage. Le ribosome pourrait etre assimilié a un riboszyme, mais n'effectue aucun catalyse "chimique". Et ca c'est vraiment une nouveauté.

    Je vous copie la conclusion de l'article de NSMB en soulignant une partie importante.

    Our data suggest there is a very small contribution, if any, of chemical catalysis to peptide bond formation on the ribosome, consistent with ribosome mutagenesis data that provide evidence against a catalytic role of active site nucleotides. Furthermore, our data strongly support a recently proposed mechanism that does not involve general acid-base catalysis by ribosomal groups, but an intrareactant proton shuttling via the P-site adenosine 2' oxygen, after the attack of the A-site alpha-amino group on the P-site ester. Most of the catalytic power of the ribosome seems to result from tight binding of tRNA substrates in the active site through interactions of their 3' ends with 23S rRNA. In addition to putting the reactive groups in close proximity and a precise orientation relative to each other, the ribosome may work by providing a preorganized electrostatic environment that reduces the activation energy of the highly polar transition state, by shielding the reaction against bulk water, by helping the proton shuttle form the leaving group or by a combination of these effects
    Pour répondre a une question précédente, la reaction est accelérée 4x106 fois par le ribosome. Les protéines qui catalysent les réactions les accelerent de plus de 1023 fois.

    Yoyo

  35. #29
    Tarc

    Re : le monde ARN

    OK et merci pour l'info et pour l'extrait, en tout cas. Ribozyme ou pas, c'est en effet plutôt surprenant.

  36. #30
    Jean-Luc P

    Re : le monde ARN

    Citation Envoyé par jeanlain
    J'ai parlé d'activité enzymatique en général.
    La catalyse enzymatique revient bien à baisser l'énergie d'activation des réactions en positionnant les réactifs dans la bonne configuration ? D'ailleurs dans le l'article ils parlent toujours de catalyse. Est-il faut de dire que l'ARNr a une activité enzymatique ?
    À quelle vitesse irait la traduction sans l'ARNr ?

    Je suis assez d'accord avec jeanLain : ce n'est pas parce qu'il n'y a pas d'échanges d'atomes, qui reviendraient à jouer au ribozyme un rôle cinétique par remplacement d'une étape lente par plusieurs étapes rapides, que le rôle n'est pas catalytique. En chimie on appelle ça de la catalyse hétérogène.
    Après il est également vrai que quand on parle de catalyse enzymatique on pense à une catalyse à mi-chemin entre homogène et hétérogène.
    Jean-Luc
    La violence est le dernier refuge de l'incompétence.
    Salvor Hardin

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