couplage inverse ARNm - protéine ??
En comparant une souche de rat A a un autre B, nous obtenons des quantités protéiques (autoradiographie) augmentées. Mais, les ARNm de ces protéines sont eux diminués (qPCR)… El l’inverse pour d’autres gènes : diminution des protéines couplée à une augmentation des ARNm… Comment expliquer ce résultat ?
Merci pour votre aide !
Pas toujours facile a exprimer mais en tout cas ce qui est sur, c'est que quantifier des ARN ne donne pas toujours la totalité de la réponse.
Ce qui détermine la quantité d'une protéine, c'est la vitesse de la traduction, la quantité d'un messager, mais aussi la durée de vie de la protéine. Il existe une multitude de systèmes qui contrôlent la durée de vie d'une protéine. Peut être que la différence entre tes rats est ici...
une qPCR n'a jamais indiqué une quantité d'ARNm, soit c'est une RT-PCR, soit une RT-qPCR mais il manque une précision dans votre énoncé.
Attention aussi, ça peut être un effet annexe, genre une augmentation d'activité des RNases induite par votre protéine, ou une diminution de l'efficacité de votre extraction.
Pour confirmer des quantités d'ARNm, une seule solution : comparer avec la production d'ARNm dit "de ménage", des ARNm transcrits de manière constante comme l'ARN 16S et reflétant ainsi l'activité de votre cellule. Si votre quantité d'ARNm varie différemment de celle des 16S, cette variation vient bien d'un mécanisme de régulation.
Sinon c'est un problème de manip
Il me semble que c'est plutôt l'ARN 18S qui est utilisé comme gène de ménage.
Greg
Pardon, vieille habitude de microbiologiste, effectivement ça va être dur à trouver chez des rats. donc pourquoi pas l'ARN 18S?
en effet, il s'agit de RT-qPCR. Les extractions/RT/PCR sont faites en même temps pour les deux souches. Vérif ARN en DO = valeurs identique + pureté identique entre les deux souches.
Pour les PCR, je fais une normalisation avec deux gènes de référence. Il n'y a aucune différence (en terme de Ct) pour mes deux gènes de refs...
