Normalisation ChIP-chip/microarray

[gorben]

Salut,

J'ai un petit soucis de normalisation de signal sur une manip de ChIP-chip.
Lors de la manip, j'ai hybride sur l'array un ADN controle (cy5) et un ADN IP (Cy3). J'ai ensuite fais le ratio Cy3/Cy5 pour avoir le signal specifique de binding de ma proteine.

J'ai plusieurs conditions (no stress, stress10' stress30') et je voudrais maintenant les comparer 2 a deux. J'avais pense par exemple a faire :
"stress10" - "no stress", mais l'instensite du signal entre les deux manip est differente. Ma question est donc, comment normaliser mon signal? Est ce qu'il est correct de calculer la moyenne de mes signaux et d'appliquer un coef pour ramener cette moyenne a une valeur identique?

Merci
a+
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[invite17a570c1]

Salut,

Tu peux utiliser CARMAweb (implémentation web de BionconductoR) et/ou la suite logicielle de TIGR.

Mais plusieurs choses avant cela :
* as-tu fait des dye-swaps ? (ie, 2 arrays en parallèle, sur l'une tu hybrides l'ADN A marqué en vert et l'ADN B marqué en rouge, sur l'autre l'invers) Il s'agit d'un contrôle technique;
* as-tu un test qualité te donnant le nombre de bons spots ?
* as-tu fait une normalisation within-array?
* as-tu la composition exacte de ton array (combien de sondes pour un gène) ? S'il y en a au moins 2, va falloir faire une moyenne (un average over genes).
Bon, pour la suite, il te faudra rajouter d'autres choses, mais voyons déjà ça

Hope that helps.

[gorben]

Salut,

Mais plusieurs choses avant cela :
* as-tu fait des dye-swaps ? (ie, 2 arrays en parallèle, sur l'une tu hybrides l'ADN A marqué en vert et l'ADN B marqué en rouge, sur l'autre l'invers) Il s'agit d'un contrôle technique;

Non j'ai pas fais de dye-swap. On m'en avait parle mais la manip etant tres chiante et super chere je vais m'en passer

* as-tu un test qualité te donnant le nombre de bons spots ?
* as-tu fait une normalisation within-array?

J'ai environ 30000 random probes sur le chip, j'imagine qu'ils doivent s'en servir pour normalizer.

* as-tu la composition exacte de ton array (combien de sondes pour un gène) ? S'il y en a au moins 2, va falloir faire une moyenne (un average over genes).

C'est une tilled array, une sonde de 50bp toutes les 25bp. Donc oui clairement j'ai plus d'une sonde par gene

Juste pour preciser, c'est une manip de ChIP-chip. Je ne cherche pas a connaitre le niveau d'expression de mon gene (comme en microarray classique) mais plutot savoir ou se situe ma proteine d'interet sur le chromosome.

Mes data sont deja normalisees intrachip. Ce que je me demande c'est si il est correct (comme rien n'est quantitatif) pour comparer deux set de data de ramener l'intensite globale du signal a une valeur identique.

A+