Knock-out versus Knock-down par RNAi
Bonjour,
Je voudrais savoir comment on pourrait expliquer le fait que le KO d'un gène chez une souris ne produise aucun phénotype et que lorsqu'on réalise un RNAi on observe d'importantes anomalies. Mise à part la redondance pourrait-il y avoir d'autres explications? si vous connaissez des revues qui discutent du sujet je suis preneuse.
Merci
Bonjour Imenely,
Ta question n'est pas claire, il faudrait que tu précises ce que tu entends par "anomalies".
Peut-être entends tu par là une extinction incomplète ?
Tu veux dire quoi par RNAi ? On est toujours in vivo ??
Les RNAi c'est des ARN interférents, des complémentaires des ARNm synthétisés par la cellule, ils s'apparient et ca abaisse voire annule la traduction.
Sinon pour la question, t'as un exemple de KO qui a pas de phénotype et qui en développe avec les RNAi ?
euh je sais très bien comment ça fonctionneEnvoyé par Enjoys
Ce que je ne comprends pas c'est dans quelles circonstances est utilisé l'interférence ? Tu dis "quand on réalise un RNAi blabla..." Faut être plus précis... Un vecteur adénoviral ? un transgène ? un siRNA in vitro ?...
Le KO c'est chez l'animal ? sur des cellules en culture ?
parcqu'il y a peu de chances que ça soit comparable avec un KO...
Bonjour,
En fait je m'intéresse à un gène de la famille Bcl-2, appelé Bcl2l10 ou encore Diva/Boo chez la souris qui est exprimée de manière très spécifique et très élevée au niveau des ovocytes. Le KO chez l'animal n'a pas donné de phénotype observable, les souris étaient fertiles. Mais récemment il viennent de montrer que le Knock-down par RNAi dans les ovocytes de souris provoque des anomalies au niveau du fuseau méiotique et désorganise les chromosomes bloquant ainsi la maturation des ovocytes. La 1ère chose qui viendrait à l'esprit serait la redondance mais je voulais savoir s'il pourrait y avoir d'autres explications.
Merci pour vos réponses
peut etre que dans le KO il y a un mécanisme compensatoire qui a le temps de se mettre en place en effet. Mais tu comprendras qu'il est impossible de comparer un KO et une interférence in vitro (ou ex vivo). Le KO est global ou tissu spécifique ?
Pour moi une des explications les plus probables est l'implication dans ton phénomène de gènes étant des off-target de ton RNAi.
c'est un KO global mais comme je l'ai dit ce gène à une expression très spécifique au niveau des ovocytes. Il ne s'exprime pas dans les cellules somatiques de l'ovaire.
Je sais qu'on ne peut pas comparer in vivo et in vitro néanmoins j'ai trouvé ces résultats intrigants.
Je n'ai pas compris pour les target-off. est-ce que vous voulez dire que la séquence du RNAi correspond à d'autres gène en plus de celui qui est visé?
je pense que c'est ce qu'il a voulu dire... c'est envisageable en effet.
Oui tout à fait, je veux dire que ton RNAi comme de très nombreux RNAi intrefère aussi avec l'expression d'autre(s) gène(s) en dehors du gène cible et qu'au moins un de ces gènes "off-target" intervient dans le processus en question, vue que ce processus est perturbé par l'expression de ce RNAi. Maintenant il peut y avoir d'autres explications.
Notament, comment "ajoutez" vous le RNAi ? inejction ou insertion dans le génome ? Si insertion dans le génome on peut penser que la séquence s'est inséré dans un locus codant une protéine participant au processus que vous étudiez.
Merci pour vos réponses
