Création de la liaison entre nucléotides

[marion450]

Bonsoir !

Ma question est la suivante: quelles sont les produits de la formation d'une liaison phosphodiester entre 2 nucléotides ?
Dans ma mémoire il y avait formation de H(2)0, hors dans mon livre je vois qu'il y a réaction entre un groupement -OH du sucre de l'un des nucléotides et un -O(-) (lire "O moins") venant du groupement phosphate de l'autre nucléotide. On se retrouve avec la liaison P-O-C et dans cette histoire il me semble que seul 1 "O" et 1 seul H on disparu. Serais-ce moi qui ne sache pas compter, ou une erreur se glisse-t-elle quelque part ?
Merci de m'aider !

Marion
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[invite7c995df1]

je pense que c'est lié au pH . quel est le pH nucléaire ? en gros il tourne certainement aux alentours de 7-8 il me semble ..

Les oxygènes de ton phosphate seront soit -OH soit O(-) selon le pH environnant. l'acide phosphorique (H3PO4) aura un seul -OH et trois O(-) à un pH aux alentour de 7-8 , car la valeur de ses pKi est de 2,1 ; 7,2 ; 12,3 .

cela signifie qu'en dessous de pH=2,1 on aura H3PO4 , quand 2,1<pH<7,2 on aura H2PO4(-) , quand 7,2<pH<12,3 on aura HPO4(--) et quand pH>12,3 on aura PO4(---) (il perd ses H+ quand le pH devient basique c'est à dire quand le milieu environnant devient pauvre en H+ )

au pH nucléaire on aurait donc HPO4(--) . Ton groupement phosphate a lié un de ses oxygènes , donc il lui resterait un -OH et un O(-) , non ? Donc il peut bien rester un -OH qui pourra libérer son hydrohène et former de l'eau avec le OH d'en face !

Et puis , je suppose que si la liaison se faisait avec un O- au lieu d'un -OH , on aurait la libération d'un OH(-) qui réhausserait légèrement le pH nucléaire , mais ca serait compensé instantanément sans problème ...

[marion450]

Merci de ta réponse !
En effet sur mes shémas le groupement phosphate est dépourvu d'H. Donc si tu dis vraiment et que un H vient s'ajouter en accord avec le PH nucléaire, une réaction entre deux -OH est possible, et de l'eau peut alors être formée.

D'autre part, une des raisons pour laquelle ceci me chagrinait est que nous avons vu tout un tas de liaisons spécifiques et la façon dont elle se formait. Nous ne sommes pas rentré dans les détails, on nous à juste donné une liste. Et à chaque fois qu'il y avait formation d'une de ces liaison, une molécule d'eau apparaissait aussi à tout les coups.
Pour prendre un exemple concret: la liaison ester. J'ai cherché aussi sur le net et à chaque fois c'est le même shéma avec cette molécule d'eau qui s'échappe. J'aurais aimé savoir si c'était juste la façon courante de décrire ces réaction de formation de liaisons remarquable (et que dans d'autres cas on peut par exemple avoir juste la formation d'un HO(-) ), ou si la formation d'un H(2)O était une règle.
Merci !
Marion

[invite7c995df1]

je pense que c'est la façon courante de l'écrire (cas le plus fréquent sans doute?). même si c'est presque jamais , t'auras forcément une fois ou deux ou un OH(-) sortira à la place de l'eau, c'est pas à proprement parler une règle . (enfin , ton OH(-) va être libéré et capter un H+ libre du milieu pour former H2O, alors ca revient au même , juste que le pH augmentera suite à la disparition du H+ libre) .

[A voir en vidéo sur Futura]

[marion450]

Merci beaucoup pour ton aide !