"Apparition" d'une séquence de fin d'épissage

[Guillaume69]

Bonsoir,

J'aurais besoin d'une information pour pouvoir interpréter les résultats d'une expérience.

On réalise une délétion de 64 nucléotides au sein de l'intron d'un gène. Est-il possible que cela "créer" une séquence de "fin" d'épissage, et qu'on se retrouve donc avec un ARNm qui sera complémentaire des exons, et d'un morceau de l'intron délété ?

Si cela est possible, avec quelle probabilité ? (je ne demande pas un chiffre exact, je veux juste savoir si ça a de grandes chances d'arriver ou pas)

D'avance Merci
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[Yoyo]

salut

je suis pas bien sur d'avoir compris ta question.

Tu veux savoir si en délétant 64nt d'un intron tu creerais artificielement un pied d'epissage, qui se produirait alors entre la précédente jonction exon-intron et ce site nouvellement crée?

Si c'est le cas, alors cela signifie qu'a la base tu as tres probablement deja de l'épissage alternative qui se produit sur ton ARNm. faudrait que je recherche, mais il me semble que les pieds d'epissage sont des sequences assez dégénrées et donc "faciles" a créer.

YOyo

[Guillaume69]

Oui, c'est bien ma question.

En fait, il s'agit de nous faire étudier la régulation de l'expression d'un gène en réalisant plusieurs constructions de type séquence non codantes du gène d'intérêt+gène rapporteur sans ses UTR, et en faisant varier les zones déletées d'une construction à l'autre.
Puis on fait un northern et une mesure de l'activité du rapporteur, que l'on compare à un construction témoin non déletée.

Mais au préalable, il faut s'assurer que dans toutes les constructions, on obtient une protéine rapporteuse fonctionnelle, ce qui peut ne pas être le cas si on a modification de l'epissage à cause de la délétion.
En effet je risque d'avoir un ARNm de type : Exon / morceau d'intron / gène rapporteur... Et on peut très bien imaginer que mon morceau d'intron fausse la lecture du ribosome (détachement du ribosome, création d'un codon start prématuré, ...)

D'où ma question, peut-être un peu naïve puisque je n'ai pas encore eu de cours me détaillant les mécanismes moléculaires précis de l'epissage, encore moins de l'epissage alternatif