Bioinfo- docking

[vpharmaco]

Bonjour,

Je pense que je vais demander l'impossible mais sait on jamais...

En fait, je dispose de la structure RX d'un co-cristal entre un inhibiteur et une enzyme.
Je souhaiterais docker cet inhibiteur dans le site actif de la meme enzyme, mais issue d'une autre espece. Je dispose également de la structure RX de l'enzyme chez cette autre espece (le site actif est relativement bien conservé). Le but est d'essayer de comprendre, d'un point de vue structural, les différences d'activités observées pour cet inhibiteur chez les differentes especes.

Donc, ma question est de savoir si vous connaissez un logiciel, suffisament intuitif(et idealement en libre-acces), pour qu'un pauvre chimiste tel que moi puisse parvenir à realiser ce docking, et si possible, faire une petite minimisation.

En esperant avoir des reponses positives.... joyeuses fetes de fin d'année !!

vpharmaco.
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[invite71f23525]

Bonjour,

Le mieux pour cela est une station de modélisation moléculaire. Mon chef l'utilise assez souvent pour définir in silico si une molécule peut être un ligand de tel ou tel récepteur et c'est très fiable si on sait s'en servir. Je ne connait pas le prix, mais je pense que c'est assez cher. Pour ce qui est des logiciels, je n'en connais pas qui fasse un aussi bon travail que ces stations qui définissent les constantes énergétiques théoriques du complexe ligand-récepteur, et permettent donc d'évaluer avec précision le rationnel de la liaison étudiée.

Greg

[Pfhoryan]

Donc, ma question est de savoir si vous connaissez un logiciel, suffisament intuitif(et idealement en libre-acces), pour qu'un pauvre chimiste tel que moi puisse parvenir à realiser ce docking, et si possible, faire une petite minimisation.

Bonsoir,

Je te conseille Autodock vina qui est un dérivé d'Autodock. Il très rapide, très performant et trivial à utiliser. Il te donnera une solution en quelques minutes sur n'importe quel PC. Et en plus, il est gratuit.

Autodock vina: http://vina.scripps.edu/
Autodock: http://autodock.scripps.edu/

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"Toute vérité franchit trois étapes. D’abord elle est ridiculisée. Ensuite, elle subit une forte opposition. Puis, elle est considérée comme ayant toujours été une évidence." - Arthur Schopenhauer

[vpharmaco]

Merci l'info. Ce logiciel à l'air pas mal du tout !
Meme si je pense que je vais qd même devoir passer pas mal de temps sur les tutorials avant d'obtenir mon premier docking!

On verra bien. Si je n'obtiens pas de résultats satisfaisant (ou si mon PC rend l'âme à force de faire des calculs), je me tournerai alors vers des gens dont c'est réellement le métier

[A voir en vidéo sur Futura]

[Pfhoryan]

On verra bien. Si je n'obtiens pas de résultats satisfaisant (ou si mon PC rend l'âme à force de faire des calculs), je me tournerai alors vers des gens dont c'est réellement le métier

Les tutoriaux sont bien faits, et il y a une mailing list à laquelle tu peux t'inscrire où tu peux poser des questions même triviales.

Je peux également te donner un coup de pouce si tu es vraiment bloqué.

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"Toute vérité franchit trois étapes. D’abord elle est ridiculisée. Ensuite, elle subit une forte opposition. Puis, elle est considérée comme ayant toujours été une évidence." - Arthur Schopenhauer