microbio : STEC et détection

[lorino]

Bonjour,
J'ai quelques questions concernant de la microbiologie; je fais un exposé sur des méthodes de détection de E. Coli O157.
Dans une de mes recherches, on parle de méthodes grâce aux sondes nucléiques. J'ai compris ce dont il s'agit à peu près.
Par exemple, il existe une sonde capable de détecter la variation d'une uniue base du gène uidA , donc spécifique du sérotype 0157H7... Cependant, on me dit que cela élimine les faux positifs liés aux réactions croisées avec d'autres bactéries. Hein ???? en gros c'est plus fiable... mais pourquoi ?
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[invite899b80e1]

Je ne connais pas le gène uidA mais si tu blast sa séquence il doit matcher avec d'autre bactérie. Autrement dit le gène uidA serait présent chez plusieurs espèces (pas forcement pathogène) alors que les sondes nucléiques permete de detecter la mutation du gène uidA à l'endroit de la mutation spécifique du sérotype rechercher.

[lorino]

Je ne connais pas le gène uidA mais si tu blast sa séquence il doit matcher avec d'autre bactérie. Autrement dit le gène uidA serait présent chez plusieurs espèces (pas forcement pathogène) alors que les sondes nucléiques permete de detecter la mutation du gène uidA à l'endroit de la mutation spécifique du sérotype rechercher.

donc en gros, les sondes nucléiques peuvent utiliser des zones où il y a des mutations, comme ca il y a moins de risque d'erreur ?
quand on parle de E coli 0157, est ce quil y en exidte d'autres que O157H7 ?
Merci

[invite899b80e1]

je ne suis pas spécialiste de ce genre de bactérie mais le O157H7 c'est le serotype il me semble. Hors tout les serotypes E. coli ne sont pas pathogènes. Les sondes permettent de s'acrocher à une sequence nucleique particulière, s'il y a une mutation il y a un mesappariement (pas de complementarité de séquence) et le test est négatif. S'il ny a pas de mutation il y a amplification, le test est positif. C'est une manière assez simpliste d'expliquer (et donc pas tout a fait juste) mais en gros c'est ca.

[A voir en vidéo sur Futura]