shRNA

[invite49982bdb]

Bonjour,
j'ai besoin de vous pour m'aider a designer des amorces de shRNA pour inactiver le gène Chd1 je ne sais pas comment faire?

merci d'avance
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[invite30157012]

Salut
Peux-tu nous donner un peu plus d'indications de ce que tu veux faire et sur quel point tu as besoin d'aide pour ton design? Tu veux cloner ta séquence shRNA dans un vecteur d'expression?
Si oui quelques indications qui me viennent à l'esprit:
Tout d'abord as-tu regardé s'il existe des séquences siRNA qui ont déjà été utilisées et qui seraient publiées contre ce gène? Cela peut t'éviter de tester des séquences "maison" qui ne marcheront pas à tous les coups...
Sinon je sais qu'il existe des programmes en ligne qui te proposent en fonction de la séquence de ton ARNm des séquences siRNA en tenant compte de tout un nombre de critères mais malheureusement je n'ai pas en mémoire lesquels... Dans ce cas il faut que tu testes 3 séquences différentes contre ta cible pour t'assurer que l'une au moins va fonctionner. Pour faire un shRNA tu construis ton oligoN°1 en mettant: site restriction-séquence siRNA-TTCAAGAGA(boucle)-séquence siRNA à l'envers-site restriction (je te renvoie à l'article suivant :
### : lien invalide)
; ainsi que l'oligo N°2 complémentaire que tu hybrides à l'oligo 1 avant de t'en servir comme insert. Voilà comment je fais, je ne sais pas si c'est très clair sinon n'hésites pas à me demander des infos complémentaires...

[LXR]

Bonjour,

Le lien que tu as spécifié est invalide puisqu'il nécessite des codes d'accès biblioinserm ou bibliovie, fournis de manière règlementée. Lorsque nous mettons des liens renvoyant vers des articles scientifiques, nous mettons soit l'abstract publié sur le NCBI, soit l'abstract publié sur le site de la revue. Bien entendu, il faut accéder à ces pages en ayant pris le soin de ne pas se loguer juste avant sur les sites de l'Inserm, du CNRS et autres organismes de recherche publiques (gate1 ou gate2 ne doivent pas apparaitre dans l'URL).

LXR

[invite30157012]

Ok désolée je n'avais pas fait gaffe je vais mettre les refs de l'article ce sera plus simple:
"A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells.

Brummelkamp TR, Bernards R, Agami R.

Science. 2002 Apr 19;296(5567):550-3 "

[A voir en vidéo sur Futura]