Arbre phylogénétique

[invite2ca0cfba]

Bonjour à tous,
J'aurais besoin de vos services . Je fais un TPE sur le SIDA sujet pas trop compliqué, mais pour la partie sur l'origine du VIH et les liens avec le SIV simien je tombe souvent sur des arbres phylogénétiques. Bon j'ai cru comprendre que plus les branches étaient éloignées et plus les virus avaient des génomes différents. Mais certains ont des échelles ??!! Je ne comprends pas à quoi elles correspondent. Et d'autres ont des nombres aux noeuds... Je pige pas ^^, je mets l'image d'un arbre, si vous voulez bien m'aider merci.
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[Edelweiss68]

Bonsoir,

Je vois mal en quoi s'agit-il d'un arbre phylogénétique? Et n'y avait-il pas une jolie légende accompagnant ce beau dessin?

[invite2ca0cfba]

Ah j'ai peut être pris le mauvais exemple alors, mais si en tout cas il y a une légende que je comprends pas beaucoup à vrai dire je vous passe le lien du site. Par contre j'ai un autre arbre phylogénétique et là j'en suis sur que c'en est un.

[invite2ca0cfba]

Si vous voulez aller le voir avant que la pièce soit validée, c'est l'arbre qui est utilisé par wikipédia pour l'article sur le VIH, ici.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Edelweiss68]

Je vois mal en quoi s'agit-il d'un arbre phylogénétique?

Ok, c'est beaucoup plus facile de voir ce que l'on doit voir avec une légende!
Donc là apparament, il est clairement écrit qu'il s'agit d'un arbre phylogénétique présentant les différents variants du VIH retrouvés chez 4 patients à des moments de "dépistage" différents. Plus la branche de l'arbre (trait noir) est grande, plus le virus a subi de mutations par substitutions nucléotidiques. Je ne vois pas ce que signifie le 100 au niveau des intersections mais on peut facilement constater que chez un même patient, on retrouve plus ou moins de variants différents et qu'entre 2 patients différents, ces variants sont également différents.
Le message étant biensûr d'illustrer la très grande variabilité du VIH et les difficultés qui en découlent concernant l'élaboration d'un vaccin...

[invitee2927a7a]

Je confirme, le but est de montrer la haute capacité de mutation du VIH. De plus j'ajoute que les "100" aux intersections sont des valeurs de "bootstrap" (tirage aléatoire avec remise, valeur de probabilité que la branche soit "juste"). En gros si une valeur de bootstrap est inférieur a 75 la branche en question est considérée comme "fausse" mais on la laisse tout de même.