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Arbre phylogenétique



  1. #1
    mooni

    Arbre phylogenétique

    bonjour à ts,
    j'ai un examen dans 8 jrs concernant la génétique moléculaire et développement, et je ne trouve pas de livre ou une bonne explication de l'arbre phylogénique, comment peut on le diviser, sur koi se base cette division et surtout comment interpréter un arbre phylogénétique?
    merci. à plus

    -----


  2. #2
    Doubar

    Re : arbre phylogenétique

    Un arbre phylogénique consiste à comparer différentes séquences soient géniques soient peptidiques. Le logiciel va tenter d'aligner les séquences de manière à obtenir le maximum d'homologie possible. En fonction du % de la séquence qui est homologue à une autre (suite à cet alignement optimal), la branche d'arbre sera plus ou moins éloignée.
    Sur les arbres (les plus clairs à mon sens sont les circulaires) tu peux ainsi voir qu'elles sont les séquences les plus proches des autres en structure et donc probablement les plus proches en terme de différenciation phylogénique au cours du temps.
    Les valeurs que tu peux voir sur les branches correspondent au pourcentage d'homologie ou de différence (parfois 100%=1) selon les paramètres de ton logiciel.
    En espérant t'avoir un peu aidé. :/

  3. #3
    mooni

    Re : arbre phylogenétique

    ok, c' cool, merci bcp.
    je comprends mieux mainant la signification des %age.
    à bientot

  4. #4
    Neronne

    Re : arbre phylogenétique

    Généralement les %ages indiqués sont obtenus par la technique du Bootstrap (tirage aléatoire avec remise il me semble). En gros c'est la probabilité que la branche soit "vraie". Une valeur de bootstrap inférieure a 70% signifie que la branche n'est pas fiable. Seule les valeurs au dessu de 70% sont significatives.

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