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quantitative/real time PCR quelle différence?



  1. #1
    imenely

    Arrow quantitative/real time PCR quelle différence?


    ------

    Bonjour,

    Je pensais que PCR quantitative ou en temps réelle c'était la même chose mais on vient de me dire que c'était pas exactement pareil sans plus d'explications. Pouvez-vous m'éclairer sur ces différences??

    Merci d'avance

    -----

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  3. #2
    Edelweiss68

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Bonjour,

    J'avais également la notion qu'une PCR quantitative et en temps réel étaient synonymes mais peut-être y a t-il une suptilité qui m'échappe?

  4. #3
    gorben

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Ce sont deux choses differentes.

    la PCR quantitative fait reference a une PCR qui permet de quantifier l'ADN du depart.
    La real time PCR fait reference a une methode qui permet de suivre la reaction PCR en temps reel grace a des marqueurs fluorescent.

    Normalement la PCR quantitive en temps reel fait sur des ARNs pour mesurer l'expression d'un gene devrait s'appeler :
    RTqrtPCR pour Reverse Transcription Quantitative Real Time PCR. De la tu peux imaginer toutes les variantes possibles.

    A+

  5. #4
    Edelweiss68

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Oui mais, est-ce qu'une PCR quantitative est toujours réalisée en temps réel et inversement est-ce qu'une PCR en temps réel est toujours quantitative (ça il me semble que oui!)?

  6. #5
    Biob

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Citation Envoyé par imenely Voir le message
    Bonjour,

    Je pensais que PCR quantitative ou en temps réelle c'était la même chose mais on vient de me dire que c'était pas exactement pareil sans plus d'explications. Pouvez-vous m'éclairer sur ces différences??

    Merci d'avance
    La PCR en temps réel et PCR quantitative est la même chose.
    Parfois le mélange entre anglais et français fait perdre le fil!
    on trouve: qRT-PCR, qPCR, RTPCR (confondable avec Reverse Transcriptase PCR)...donc RT (peut vouloir dire Real Time ou Reverse Trasncriptase, il faut toujours précisier).
    Le mieux, c'est qPCR (qui sous-entend une RT "reverse transcriptase).
    Après, selon si on fait sur des RNA ou DNA, relative ou quantitative, dans le sens strict de temre (quantité de bactérie donnée dans un milieu donné).
    En résumé, en temps réel est toujours quantitative !

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Flyingbike

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    on peut faire du quantitatif sans être en real time ! il suffit de s'assurer d'etre dans une phase exponentielle d'amplification et de quantifier. C'etait courant avant les cyclers en temps réel, on prélevait quelques microlitres dans le tube a chaque cycle, comme ça on avait un genre de "temps réel"...

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  10. #7
    manoulayo

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    la pcr quantitative et la pcr real time(en temps réel) c'est la meme chose.
    la pcr normal c'est la pcr standard.son mix est le suivant:
    -ADN cible
    -oligo +1 -1
    -dXTP
    -tp taq et enz taq polymérase.
    alors que la pcr en temps réel a le mix suivant:
    -ADN cible.
    -oligo +1 et -1
    -dXTP
    -tp taq et enz taq plymérase
    et molécule fluoréscente.
    en effet quand la taq fabrique de l'ADN la molécule fluorescente va fabriquer de la fluoréscence.
    autre différence c'est que la pcr quantitative est plus sensible que la PCR standard.
    la pcr q a une sensibilité de l'ordre de 10pico gramme alors la pcr standard necessite au moins 1 ng pour que le fragment soit bien visualisé sur le gel de l'electrophorése.
    Le savoir qu'on ne compléte pas chaque jour diminue tous les jours

  11. #8
    gorben

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Citation Envoyé par Biob Voir le message
    La PCR en temps réel et PCR quantitative est la même chose.
    Parfois le mélange entre anglais et français fait perdre le fil!
    on trouve: qRT-PCR, qPCR, RTPCR (confondable avec Reverse Transcriptase PCR)...donc RT (peut vouloir dire Real Time ou Reverse Trasncriptase, il faut toujours précisier).
    Le mieux, c'est qPCR (qui sous-entend une RT "reverse transcriptase).
    Après, selon si on fait sur des RNA ou DNA, relative ou quantitative, dans le sens strict de temre (quantité de bactérie donnée dans un milieu donné).
    En résumé, en temps réel est toujours quantitative !
    Desole mais ce n'est pas le cas. PCR quantitative et PCR temps reel sont 2 choses differentes !
    Comme l'a dit flyingbike tu peux faire du quantitatif sans etre en real time et tu peux faire du real time sans etre quantitatif.
    Maintenant malheureusement il y a beaucoup d'erreurs a ce sujet dans la litterature. Les appelations correctes sont :

    RTqrtPCR : PCR quantitative en temps reel sur de l'ARN
    qrtPCR PCR : quantitative en temps reel sur de l'ADN
    RTqPCR: PCR quantitative sur l'ARN
    qPCR : PCR quantitqtive sur l'ADN
    RTrtPCR: PCR en real time sur de l'ARN (ca veux dire que tu utilises un thermocycler real time mais que ta PCR ne se fait pas en condition qui te permettent d'etre quantitative)
    RT PCR: PCR sur de l'ARN

    C'est pas parce que une thermocycler real time est souvent utilise pour quantifier qu'il ne peux pas etre utilise pour faire une PCR non quantitative.
    Ex : rechercher un organisme dans un echantillon. En real time PCR ca te prend 30min en PCR normale ca te prend 1/2 journee.

    A+

  12. #9
    gorben

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    un exemple clair :

    Imaginons un un patient qui arrive a l'hopital avec une douleur atroce lors de la miction.
    Un echantillon d'urine (qui est cense etre sterile...) est preleve et une PCR temp reel est faite avec des couples pour detecter differentes E. coli ou d'autres bacteries.
    En 30 min le medecin connait la cause de la douleur, par PCR classique ca prend 1/2 journee (faire une PCR de 2h puis faire migrer un gel etc), par des methodes bacterio ca prend 24 a 48h...

    Il n'y a pas besoin d'etre quantitatif vu qu'a la base l'urine doit etre sterile. De plus quantifier sous entends normaliser les echantillons, utiliser un gene de menage, une gamme de quantification, des oligos parfaits etc... --> complique et sans interet !

    A+

  13. #10
    emilly 2

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Bonsoir

    je suis tous à fait d'accord avec Flyingbike sur le fait qu'on peut faire du quantitatif sans être en real time , car la quantification des amplifias après PCR se fait soit par une PCR compétitive ou par PCR en temps réel.
    La PCR compétitive est basée sur la co-amplification de la matrice d’ADN cible et d’une quantités données d’un ADN standard interne (compétiteur ) portant les mêmes sites de fixation d’amorces .

    Alors que les systèmes de PCR en temps réel reposent sur la détection et la quantification d’un émetteur fluorescent pendant le processus d’amplification, et l’augmentation du signal d’émission fluorescente est directement proportionnelle à la quantité d’amplicons produites durant la réaction.

    Ceci dit que la PCR en temps réel est une PCR quantitative mais l'inverse n'est pas toujours vrai car la PCR quantitative n'est pas toujours en temps réel.

  14. #11
    kamor

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Tout à fait, c'est une erreur récurrente qui est embêtante dans les discussions.
    Comme le dit Flyingbike, on pourrait aussi faire de la quantitative par PCR classique, mais c'est très compliqué.
    La quantitative n'est qu'une application particulière de la PCR Temps Réel.

  15. #12
    Biob

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    C'est la même chose:
    http://www.rt-pcr.com/
    http://en.wikipedia.org/wiki/Real-ti...chain_reaction

    Avant l'invention des thermocyleur à fluorescence, les PCR étaient quantitatives mais avec des manipulations post PCR longues (gel, staining, spectro...etc) mais avec les nouvelles technologies de fluorescence, la PCR quantitative devient synonyme de PCR en temps réel.

    "Ceci, sans parler encore de PCR semi quantitative"!

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  17. #13
    gorben

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Perso j'utiliserai pas trop wikipedia comme reference.

    Donc comme nous sommes plusieurs a l'avoir dit, la PCR temps reel et la PCR quantitative ce n'est pas la meme chose.

    Voila un lien ou ils expliquent comment utiliser la PCR temps reel pour identifier des mycobacterium resistants ou non a la rifampicine directement sur le terrain.
    Voila un lien ou ils expliquent qu'ils vendent un systeme de PCR temps reel pour la detection de pathogenes en tout genre.
    Et voila un lien qui explique que l'USDA (United State Department of Agriculture) devellope des kits a l'usage des "particuliers" pour la detection des pathogenes dans les champs.

    On est bien d'accord que dans ces liens il n'est absolument pas question de quantification, mais juste de detection. L'avantage de la PCR temps reel, c'est que c'est rapide, sensible et tres specifique de ce que l'on recherche.

    Maintenant, tu crois ce que tu veux

    A+

  18. #14
    imenely

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Merci pour toutes vos réponses. Si j'ai bien compris, la PCR en temps réel (après reverse transcription dans ce cas) repose sur la détection de la fluorescence à chaque cycle à l'aide d'un thermocycleur et elle peut être quantitative (normalisation de la quantité d'ARN de départ dans tous les échantillons, choisir un gène de ménage, réalisation de gammes...) ou non quantitative si l'on veut juste savoir si tel ou tel gène est exprimé

  19. #15
    Flyingbike

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    absolument !

  20. #16
    kamor

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Citation Envoyé par Biob Voir le message
    C'est la même chose:
    http://www.rt-pcr.com/
    http://en.wikipedia.org/wiki/Real-ti...chain_reaction

    Avant l'invention des thermocyleur à fluorescence, les PCR étaient quantitatives mais avec des manipulations post PCR longues (gel, staining, spectro...etc) mais avec les nouvelles technologies de fluorescence, la PCR quantitative devient synonyme de PCR en temps réel.

    "Ceci, sans parler encore de PCR semi quantitative"!
    C'est vrai dans ce sens (et encore, juste parce que c'est beaucoup plus facile), mais PCR temps réel n'est pas forcément synonyme de PCR quantitative. donc ce n'est pas la même chose.

  21. #17
    julilou

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Citation Envoyé par imenely Voir le message
    Merci pour toutes vos réponses. Si j'ai bien compris, la PCR en temps réel (après reverse transcription dans ce cas) repose sur la détection de la fluorescence à chaque cycle à l'aide d'un thermocycleur et elle peut être quantitative (normalisation de la quantité d'ARN de départ dans tous les échantillons, choisir un gène de ménage, réalisation de gammes...) ou non quantitative si l'on veut juste savoir si tel ou tel gène est exprimé

    C'est tout à fait ça. Pour compléter : une QPCR ne se fait pas forcement sur de l'ARN (comme dit plus haut). Tu peux mesurer sur du génomique le nombre de copies d'un gène par rapport à un gène "single copy". Quoi qu'il en soit c'est l'ajout d'une référence qui rend possible la quantification et non le fait d'être en temps réel. Pour quantifier en point final (PCR classique) il me semble qu'on peut le faire en fonction de l'intensité des bandes après migration sur gel (agarose, southern, northern)... A confirmer.

  22. #18
    Flyingbike

    Re : quantitative/real time PCR quelle différence?

    Oui, à condition d'etre en phase exponentielle d'amplification. Ex : dans mes PCRq, a partir de 35 cycles environ, il y a un plateau, et la quantité d'ADN est identique dans tous les points et indépendante de la quantité initiale. Impossible de quantifier en fin de PCR.

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