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aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)



  1. #1
    arezki08

    Question aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)


    ------

    bonsoir,
    j'ai un probléme et je me demande si quelqu'un peut m'aider.
    je doit commander des séquence d'ADN en vue de réalisé une reverse transcription RT-PCR sur virus de la vigne. j'ai trouvé la séquense spécifique sur la banque de gene ncbi mais le probleme est comment est ce que je doit selection les deux séquences pour faire la pcr (downstream et upstream) sachant que pour certains virus je trouve la réference du gene dans les articles qui me renvoi vers ncbi mais ne me donne pas les deux séquences.
    merci d'avance

    -----

  2. #2
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)

    ben pour faire la RT tu n'as besoin que d'un primer, le second uniquement pour la PCR. Le choix des amorces dépend de ce que tu veux faire ensuite : de la quantification, du clonage, du séquençage, du génotypage.....

  3. #3
    arezki08

    Re : aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)

    merci, pour la RT ce n'est pas un probleme mais c'est la pcr qui me pose un probleme dans le choix des primer
    effectivement j'ai besoin des deux amorces pour la pcr et je ne sais pas comment choisir ces amorce, je vous donne un exemple de gène cp du GLRav-6 (grapevine leafroll associated virus 6):
    atgtacttac ctgctcattc cattcattcg agaagagagg gattggattg gaataagaag
    tataaggtgt attcaattat atacctcttg ttgtaccaaa gtagtcttca ttataaagag
    accataaaag ctcgaacaaa ggagagtgtg tcttcttcac cttccctgca ttatggaagg
    aatttaagcc accgagaaga ctttcgaaca aaacacaaca caacgaaatc gaacaaaaaa
    agggtgtgtg ccgctcaaat caaacaaaga tag
    je ne sais pas comment choisir les amorce, peut être qu'il existe une commande sur genbank que je n'ai pas su utilisé.
    parce que je sais dans le cas de la detection de virus on doit choisir des primer spécifique

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