Bonjour, je dois extraire de Genbank toutes les séquences 16S qui ont été publié ces 10 dernières années. Mais je ne voudrais sélectionner que les séquences qui font plus de 1100 nucléotides. Y a t'il un moyen simple pour y arriver?
Merci d'avance.
Milouze
Ouch je te souhaite bon courage tu risques d'y passer un sacré bout de temps! Je ne connais de moyen de télécharger sélectivement les séquences qui t'intéresse mas il doit bien avoir un moyen en tout cas je te le souhaite car il doit y en avoir des milliers voir des millions…
On parle des séquences d'un gène particulier (celui codant l'ARN 16S), donc des milliers voire des millions me parait exagéré...
Dans BLAST du NCBI, n'y a -t-il pas moyen de sélectionner une banque de données comme Genbank? Tu peux essayer de coller une séquence de l'ARN 16S, la blaster contre le GenBank (si c'est possible), il te sera alors plus facile de visualiser les séquences de plus de 1100 nucléotides. Mais cela ne te dira pas si elles datent de moins de 10 ans. Ce n'est qu'une idée en passant, en attendant mieux.
Greg
Franchement des milliers ne me parait pas exagéré. En faisant une petite recherche sur mon espèce et une dizaine d'espèces pouvant être retrouvées dans les échantillons, j'en ai plus de 200 à +1000 pb. Et je ne les ai pas toutes prises, sinon rien qu'avec E. coli, je dois surement pouvoir doubler le nombre.
Pfff, mais laissez tomber Genbank, le formulaire Entrez est pourriT. Vous allez sur SRS@EBI et là, le formulaire de requête est superbe, on sélectionne sa DB = EMBL et après, on utilise la Extended Query Form pour faire sa recherche avec les mots clé kivontbien
