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ADN pol I



  1. #1
    Kavey

    ADN pol I


    ------

    Bonjour, j'ai un petit doute en ce qui concerne l'ADN pol I =S En fait j'aimerais savoir quelle type d'amore l'ADN pol I nécessite-t-elle? Une amorce d'ADN ou d'ARN?

    De plus j'aimerais comprendre ce qu'est qu'une matrice d'ADN?

    Merci d'avance pour votre aide.

    -----

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  3. #2
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    En simple, les ADN polymérases sont des enzymes qui copie l'ADN. Pour ce faire, elles ont besoin d'un exemple, c'est la matrice. Dans notre cas, l'ADN polymérase va utiliser un des brins de l'ADN pour créer le deuxième. Le premier est donc la matrice (arrétez-moi si je me trompe hein ^^)

    Pour l'ADN polymérase I, elle est entre autre, responsable de la synthèse des fragments d'Okazaki, qui débute par une amorce ARN. C'est aussi elle qui va éliminer l'amorce ARN quand elle va arriver sur une amorce déjà présente (le fragment d'Okazaki précédent) par son action de RNase. En soit, je dirait qu'elle nécessite une amorce d'ARN. Est-ce qu'une amorce ADN fonctionne aussi, je ne sais pas...

    Astro

  4. #3
    Kavey

    Re : ADN pol I

    Citation Envoyé par AstroBax Voir le message
    En simple, les ADN polymérases sont des enzymes qui copie l'ADN. Pour ce faire, elles ont besoin d'un exemple, c'est la matrice. Dans notre cas, l'ADN polymérase va utiliser un des brins de l'ADN pour créer le deuxième. Le premier est donc la matrice (arrétez-moi si je me trompe hein ^^)Astro
    Merci je vois un peu mieux, mais la matrice d'ADN est un élément extérieur de l'ADN que l'on réplique ou bien c'est l'un des brin de l'ADN en lui même que l'on utilise, en l'occurence le brin 5'-3' celui qu'on schématise souvent en haut?

  5. #4
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    je ne suis pas sur d'avoir très bien compris ta question:
    le 5'-3' ne définit pas l'un des brins, mais le sens de lecture de ces brins.
    Donc dire que l'un des brin est 5'-3' ne veux rien dire, c'set juste que leur sens est inversé:

    5'-------------3'
    3'-------------5'

    Dans le cas de la réplication, en très résumé, les deux brins sont séparés, et 2 polymérase vont venir les dupliquer, mais la polymérase fonctionne toujours dans le sens 5'⁻>3' du brin nouvellement formé. Dans le cas précédent, ça va donner ça:

    5'-------------3'
    ----------<---5'

    5'-->
    3'-------------5'



    action de la poymérase

    Du coup, ici, les matrices sont les brins de départ, à savoir le bleu et le rouge.

    tu commences à y voir plus clair?

  6. #5
    Kavey

    Re : ADN pol I

    Oui! Merci je comprends mieux maintenant =D

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    mais de rien

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  10. #7
    Kavey

    Re : ADN pol I

    Par contre, j'aurais une petite question, j'espère que je vais me faire comprendre... =S

    Voilà, sachant que la DNA pol I synthétise les nouveaux brins dans le sens 5'-3' et qu'il a une activité exonucléasique dans le sens 5'-3' et qu'il nécessite une amorce d'ARN, comment fait-il pour pouvoir éliminer les amorces d'ARN en même temps qu'il réplique sur le brin retardé? Synthétise-t-il d'abord les fragments d'Okazaki puis ensuite revient pour éliminer les amorces d'ARN?

  11. #8
    AstroBax

    Re : ADN pol I



    Ben non, justement pas...
    Comme tu le sais, sur le brin retardé, les brin crées sont d'assez petites longueur puisque par après, la polymérase va rencontrer l'amorce ARN utilisée par la polymérase précédente (cf image). C'est là qu'elle va utiliser son exonucléase 5'->3', grignoter cette amorce d'ARN et synthétiser l'ADN à la place.

    Si je me souvient bien de mon cours, on m'avait dit qu'il y a en général toujours environ 2 polymérases sur le brin traînard pour que la synthèse aille aussi vite que sur le brin avancé (vu que les polymérase du brin traînard doivent se fixer, synthétiser, exonucléaser, se décrocher et recommencer, alors que la polymérase du brin avancé ne se fixe qu'une fois et avance sans s'arrêter. Mais je me rend compte que je suis complétement hors-sujet maintenant )

  12. #9
    Kavey

    Re : ADN pol I

    Mdr d'accord merci pour ta réponse, mais euh si on prend le cas du brin avancé qui n'utilise qu'une seule polymérase, ca veut dire qu'il reste toujours l'amorce d'ARN, étant donné qu'on n'utilise qu'une seule polymérase et non 2 comme pour le brin retardé, dont le deuxième vient éliminer les amorces d'ARN pour le brin retardé ?

  13. #10
    AstroBax

    Re : ADN pol I



    Attention, n'oublie pas que les deux brins de l'ADN ne se séparent pas par leur extrémité, mais en plusieurs endroits au milieu (pense à une fermeture éclair qui s'ouvre depuis le milieu, avec deux zips qui s'écartent).

    L'amorce du brin avancé sera dégradée par la polymérase qui synthétise le premier des fragments d'Okazaki du même brin.

    Le véritable souci est celui-ci:
    quand 2 fourches de réplication se rejoignent la polymérase du brin avancé d'une des fourches va atteindre l'amorce du dernier fragment d'Okazaki de l'autre fourche. Mais je ne sais pas comment il va éliminer cette amorce, puisque la polymérase qui s'occupe du brin avancé est la Pol III, qui n'a pas d'activité exo 5'-3' (si je ne m'abuse)

    Là je sais vraiment pas se qui se passe... peut-être une autre RNase...

  14. #11
    Kavey

    Re : ADN pol I

    L'amorce du brin avancé sera dégradée par la polymérase qui synthétise le premier des fragments d'Okazaki du même brin.
    Je suis d'accord mais donc partant de ce postulat, cela voudrait dire que la polymérase qui synthétise le premier fragments d'Okazaki du brin avance reviendrait en arrière pour venir éliminer l'amorce?

  15. #12
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    Citation Envoyé par Kavey Voir le message
    le premier fragments d'Okazaki du brin avance
    ah, on met peut-être le doigt sur le problème: "les fragments d'Okazaki du brin avancé", ça ne veux rien dire, c'est l'opposé l'un de l'autre. On a pas le brin avancé en haut et le brin trainard en bas, chaque brin qui se forme dans la fourche est constitué par un brin avancé et un brin trainard. Les fragments d'Okazaki sont les différents morceaux qui forment le brin traînard.

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  17. #13
    mathieuS

    Re : ADN pol I

    OH NON !

    Je suis désolé de vous dire ca... mais une bonne partie de ce qu'à répondu Astro Bax est faux ! Il s'appuie sur des vérités... mais il glisse un bon nombre de petites erreurs... si vous ne m'en voulez pas je vais répondre en reprenant les erreurs d'astro bax...

    1) "Pour l'ADN polymérase I, elle est entre autre, responsable de la synthèse des fragments d'Okazaki, qui débute par une amorce ARN"

    => FAUX ! C'est l'ADN pol III qui est responsable de la synthèse des deux brins ! Que ce soit le brin retardé ou avancé !

    2) "Est-ce qu'une amorce ADN fonctionne aussi, je ne sais pas..."

    => Oui une amorce d'ADN fonctionne aussi (mais il n'y en a pas dans la réplication)... c'est ce qui permet entre autre à la pol I de remplacer les amorces d'ARN par de l'ADN...
    4) "C'est là qu'elle va utiliser son exonucléase 5'->3'"
    => FAUX ! si la pol I possède en effet une activité exonucléasique 5'-3' elle ne l'utilise pas ici... elle utilise son activité 3'-5' exonucléase...

    3) le reste contient beaucoup d'erreurs : la réplication de l'ADN se fait avec UNE ADN polymérase III qui contient deux unités... une fixée sur le brin sens et l'autre sur l'autre brin... la synthèse du brin retardé nécessite un amorçage très fréquent ce qui va être à l'origine des fragments d'OKASAKI (qui débutent tous par une amorce d'ARN)...
    Ces amorces seront détruites par l'activité 3'-5' exonucléasique de la POL I puis resynthétisé par cette dernière (activité 5'-3' polymérase)... la liaison entre les différents fragments d'okasaki se fait ensuite par une ligase...

    4) "la Pol III, qui n'a pas d'activité exo 5'-3'"

    => c'est juste..; mais faux... puisque vous parlez depuis tout à l'heure de l'activité 5'-3' exo en pensant à 3'-5' exo... OR, la pol III possède bien une activité 3'-5' Exonucléase... et heureusement ! puisque sans cette activité exo (qu'on appelle correction sur épreuve) le taux de mutation serait faramineux ! cette activité lui permet, si elle se trompe de nucléotide, de revenir en arrière, d'enlever le mauvais nucléotide et de le remplacer ^^

    J'espère que je ne réponds pas trop tard :S et que tu lieras ca avant d'avoir assimiler de fausses informations...
    Et je m'excuse auprès de Astro Bax pour tous ces points d'exclamations :$ mais comme je suis un peu pressé je me suis un peu emporté ^^

  18. #14
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    ???? Ya probablement 2 3 erreurs dans ce que j'ai dit, mais alors là, tu me brouilles complétement.
    Tu dis que c'est l'activité 3'-5' de la Pol I qui dégrade les amorces ARN? ça veut dire que la Pol revient en arrière (3'-5') en dégradant l'amorce ARN, puis elle resynthétise le tout en 5'-3'?
    Mais à ce moment là, elle intervient à quel moment l'activité exo 5'-3'???

    Il me semble qu'on m'a toujours dit que
    exo 3'-5' = proofreading (correction sur épreuve, comme tu l'appelles)
    exo 5⁻3' = dégradation des amorces

  19. #15
    Kavey

    Re : ADN pol I

    Merci pour tes précisions MathieuS =) par contre je ne comprends toujours pas quelque chose, en fait quand j'ai posé la question sur le type d'amorce de la Pol I, c'est parce-que dans un QCM on nous demande :
    Pour faire fonctionner la DNA polymérase I, il faudra :
    A - Une amorce ADN identique à l'extrémité 3' du brin qu'on veut répliquer
    B - Une amorce ADN identique à l'extrémité 5' du brin qu'on veut répliquer
    C - Une amorce ADN complémentaire de l'extrémité 5' du brin qu'on veut répliquer
    D - Une amorce ADN complémentaire de l'extrémité 3' du brin qu'on veut répliquer
    E - Obligatoirement une amorce d'ARN

    Et la réponse était D...

    Or même dans le cours du prof il est bien dit qu'il faut une amorce d'ARN, c'est pour ca que je ne comprends pas pourquoi il faudrait une amorce d'ADN... Même toi tu me dis qu'il n'y en a pas dans la réplication, donc pourquoi la réponse D serait-elle vrai? =S

  20. #16
    Guillaume69

    Re : ADN pol I

    Bonjour,

    Astrobax a raison concernant l'activité exconucléasique 5'->3' (et non 3'-> 5') de la PolI impliquée lors de la dégradation des amorces d'ARN et de leur remplacement par de l'ADN.

    Concernant ton QCM : une amorce d'ADN fonctionne, bien qu'in vivo, la cellule utilise une amorce d'ARN.

  21. #17
    Kavey

    Re : ADN pol I

    D'accord et merci =)

    Par contre pourriez-vous répondre à une question que j'ai posé mais qui n'a pas eu de réponse et comme nous n'avons pas le droit de poser une même question qui se trouve dans des topics différents... =S
    Elle se trouve dans un autre topic que voici : http://forums.futura-sciences.com/bi...amination.html

  22. #18
    mathieuS

    Lightbulb Re : ADN pol I

    Je suis désolé AstroBax... je me suis un peu emporté... je suis allé vérifier et effectivement c'est l'activité 5'-3' exo de la pol I qui est utilisée dans la réplication...

    Quoiqu'il en soit, Guillaume 69, lui ^^, dis la vérité... une amorce d'ADN fonctionne... mais il me semble ( soyons prudent maintenant ^^), que c'est bien de l'ADN qui amorce l'activité 5'-3' de la pol I lorsqu'elle comble les espaces libérés par la destruction des amorces d'ARN... voilà ^^

    Et encore désolé pour m'être trompé si lourdement concernant l'activité exonucléasique de la pol I !

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  24. #19
    mathieuS

    Re : ADN pol I

    Pour ta question Kavey... je n'en ai aucune idée :/ désolé...

  25. #20
    AstroBax

    Re : ADN pol I

    Aucun problème, on fait tous des erreurs, moi le premier...
    Et c'est le cas de le dire

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