Sds page

[invitee330a48f]

Bonjour, je voudrais que l'on m'explique quelque chose. Voilà, dans un de mes exercices, on a une question portant sur un SDS PAGE. Dans le schéma, nous avons 2 parties : la première étant un colonne où on a fait agir seulement de l'urée et une deuxième ou nous avons fait agir de l'urée + de béta-mercaptoéthanol. Nous avons 4 marqueurs qui sont : 40kDa, 30kDa, 20kDa et 10kDa.
- Dans la première colonne on a une marque à 40kDa et dans la deuxième on a une marque à 30kDa et une autre à 10kDa.
- Dans les questions, il y en a une qui demande si c'est un dimère ou un tétramère constitué de 2 chaînes différentes, et la bonne réponse est la deuxième.

Mais moi je ne comprends pas comment peut-on affirmer que c'est un tétramère, moi je me suis dit que c'était un dimère car rien ne pouvait affirmer concrètement que cette protéine était un tétramère (si?), or la on l'affirme. Pourrais-je avoir une explication s'il vous plait ? =)

Merci d'avance ^^
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[invite75e918c6]

Il suffit de regarder ce qui est marqué dans ton énoncé.

On te dis que tu as un dimère (sans explication, donc ça veut dire que c'est deux molécules semblables associés) et un autre qui est un tetramère qui possède 2 sous unités différentes. Ca peut être de l'hémoglobine qui est un tétramère ayant 2 alpha et 2 béta dans sa structure. Donc tu auras bien 2 bandes pour chaque chaine de même taille après dénaturation du mercaptoéthanol et action de l'urée ;-D

Pour le dimère, tu aurais juste une bande pour les 2 colonnes étant donné qu'il est constitué de la même chaine (donc même poids moléculaire même après dénaturation). Ce n'est pas parce que ça s'appelle dimère que c'est l'association de 2 chaines différentes ;-D

PS : je peux te réexpliquer une 3e fois d'une autre manière si tu n'as toujours pas compris ;-D

[invitee330a48f]

Merci pour ta réponse mais en fait ce n'est pas l'énoncé qui nous dit qu'on a un dimère ou un tétramère ce sont les propositions données, et on doit trouver la bonne ^.^" désolé je n'ai pas été précis =S. Par contre tu viens de m'apprendre quelque chose lol tu me dis que lorsqu'on a un dimère on a qu'une bande même en urée + béta-mercapto. Moi je pensais que le fait qu'on ait 1 bande à 40kDa pour la première colonne avec seulement l'urée et 2 bandes à 30kDa et 10kDa montrait le fait qu'il pouvait y avoir un dimère avec une sous-unité 30+10 et donc = 40kDa, d'où l'unique bande en urée. Donc si je comprends bien, lorsqu'on a une bande sur la colonne urée + béta-mercapto cela veut dire que la bande correspond pour 2 sous-unités identiques? Et c'est toujours le cas? =)

[invite75e918c6]

En faite, avec l'SDS-PAGE, on peut faire une étude quantitatif (avec un logiciel bien casse-cou*** que je découvre dans mon stage...), mais dans l'école, on s'arrête à l'identification protéique.

Si tu as un dimère constitué de 2 sous-unités identiques, tu auras une large bande même dénaturé à un niveau de ton gel (logique, si elles pèsent 30 Kda, je ne vois pas pourquoi tu aurais une bande à 30 et une autre à 60) donc on peut dire que les bandes se superpose.

Par contre, si dans ton dimère, on a 2 sous unités de poids différent, dans ce cas là, on aurait droit à 2 bandes mais dans ton énoncé, ce n'est pas précisé et tant que ce n'est pas précisé, soit il faut en faire la remarque, soit il faut considérer que les sous-unités ont le même poids moléculaire.

Dans ce cas là, c'est le tétramère qui est constitué d'un assemblages de 2 unités différentes. Donc bah c'est le tétramère qui l'emporte ;-D

EDIT : Lors de l'action de l'urée, tu as juste une dénaturation de la structure tertiaire, tu n'as pas rupture des ponts disulfures ou autres liaisons covalentes, autrement dit, ta protéine même constitué de 100 unités reste en "un seul morceau" si on peut dire ça comme ça ^^

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite853321bf]

On aura qu'une bande si c'est un homodimère.
Si la protéine est formé de 2 dimères différents (un hétérodimère) on aura 2 bandes différentes. Si bien sur leur poids est réellement différent.

[invitecdbceb89]

Enfait , si j'ai bien suivi votre discussion tout joue sur la connaissance de la definition du mot dimère qui n'est pas egal " une protéine formée deux morceaux " mais à " une protéine formée en deux morceaux égaux " .
Du coup rien que le fait d'avoir deux poids différents dans la deuxieme colone réponds à la question ...

C'est bien ça ?

[invite75e918c6]

Bah tant que la consigne ne les distingue pas, oui.

C'est comme si je te disais "j'ai pondu des jumeaux", dans ton esprit, tu vas te dire que ces 2 personnes sont identiques morphologiquement. Mais si je te dis que "j'ai pondu 2 jumeau où un est noir l'autre est blanc" bah tu vas te dire qu'ils sont différent au niveau de la teinte.

Là, c'est la même chose mais avec les poids moléculaires et la différence de fraction

;-D

[invitecdbceb89]

C'est une belle image que du me donne là VilCrocrotte ...
Mais niveau explicatif c'est pas au top ^^ . Je comprend mieux
ton explication biologique de la chose . Mais bon l'essentiel est que j'ai capté ton message .

Merciiii

[invite75e918c6]

Je sais que niveau explication c'est pas top mais c'est tout simplement dù à la consigne ^^ si je reprend clairement les choses

On te donne le choix entre :
- un dimère (sans précision donc les 2 sous-unités sont les mêmes au niveau structure donc idem pour le poids moléculaire)
- un tétramère constitué de 2 chaînes différentes (donc ça veut dire que sur ces 4 chaînes, il y a 2 paires de chaines (on peut dire qu'il y a 2x et 2y pour les différenciés ^^)

Donc si on fait un SDS PAGE avec le dimère, avec l'action de l'urée on n'aura qu'une seule bande (40 KDa par exemple) et avec l'action de l'urée et du mercaptoéthanol (qui coupe les protéines), on aura toujours une seule bande mais à poids moléculaire plus bas (style 20 Kda (20*2 = 40), puisque tu as un dimère, les 2 sous-unités ont bien le même poids et donc les chaines vont se retrouver au même niveau sur le gel et ne laisser qu'une bande.)

Si tu as un dimère (ou tetramère ou tout ce que tu veux) avec des chaines à poids moléculaires différents, avec l'action de l'urée tu auras toujours une seule bande (puisque la protéine n'est pas clivée) mais avec l'action du mercapto éthanol, tu auras autant de bande que de sous unités avec un poids différents.
Exemple, si ton tetramère a 4 sous unité différentes, tu vas te retrouver avec 4 bandes où si tu fais le total des KDa des bandes, tu vas te retrouver avec la même masse que celui où il n'y a qu'une bande lors du traitement qu'à l'urée.

Tu as suffisamment compris ou il faut que je réexpliques d'une autre manière? ^^
(ne me dis pas "oui" pour me faire plaisir )

[invitecdbceb89]

Oui ^^
mais c'est pas pour te faire plaisir ...
J'avais bien compris avant que tu ne 'pondes' cette réponse ^^.

[invite75e918c6]

Lol, je préfère que tu ai bien compris le truc même s'il faut passer par des métaphores ^^ m'enfin, c'est le principal de bien comprendre, hein ^^
Si t'as d'autres questions, n'hésite pas

;-D