Conseils d'articles concernant les pathways

[invite769d3219]

Bonjour,
Ce post est un peu redondant vu que j'en ai déjà ouvert un concernant les pathways, je vous prie de bien vouloir m'en excuser.

Je suis informaticien et souhaiterai appliquer une méthode sur un problème biologique réel.
De ce fait, je voudrais comme retrouver un résultat obtenu biologiquement par la méthode que j'utilise (ça serait super !). Malheureusement, je ne connais pas du tout les références en la matière et donc votre aide serait précieuse.
Voici le problème, on a un pathway par exemple p53 signaling pathway et on voudrait éviter d'arriver dans la case apoptose en ajoutant des substance au pathway.
C'est un peu de cette manière que marche un médicament,non ? On trouve une substance dont ses réactions avec les autres substance du pathway permettent d'atteindre un but.
Auriez-vous des idées d'articles ou d'études qui utilisent ce genre d'idées ?
Merci d'avance pour votre aide
Cordialement,
AlbClus
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[akla]

Bonjour,

Voici un début de piste sur les fameux "petri net", je ne connais pas votre niveau mais je crois que cela pourrait vous intéresser.

Dong-Yup Lee et al. 2006. Colored Petri net modeling and simulation of signal transduction pathways. Metabolic Engineering, Volume 8, Issue 2 Pages 112-122

ou un plus générale :

http://bib.oxfordjournals.org/cgi/reprint/bbm029v1

Cordialement

[invite769d3219]

Merci pour la piste,c'est très intéressant pour comparer ma méthode. Mais ça serait plus une application d'un point de vue biologique que je cherche, ou quelque chose de "in vivo". Par exemple l'étude d'un médicament ou autre substance chimique sur un pathway.
En tous cas merci encore pour l'info, je ne connaissais pas les petri nets

[Edelweiss68]

Bonjour,

Voilà déjà celui-là:
http://cancerres.aacrjournals.org/co.../6323.abstract

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite769d3219]

Merci,
c'est le genre d'articles que je cherche. Malheureusement, je n'arrive pas à trouver le pathway utilisé : cytochrome c-dependent apoptotic pathway.
Cordialement.

[invite769d3219]

Je pense à celui-là :*http://www.genome.jp/kegg-bin/show_p...scription=hide

??

[Edelweiss68]

Pistes:
http://www.google.fr/imgres?imgurl=h...W8GeD9cOW69aUD
http://www.google.fr/imgres?imgurl=h...W8GeD9cOW69aUD

[invite769d3219]

Merci pour les pistes.
Mais quelque chose me chiffonne, les deux articles ne considèrent pas les liens entre extrinsic pathway et intrinsic pathway, ils les utilisent de façon indépendante.
Ceci va donc mener à des résultats faux si j'applique l'algorithme sur les deux pathway séparément ou sur l'apoptosis pathway global. En fait, l'algo fait ça : je dis par exemple je veux activer l'apoptose et je sais qu'il existe des substance X_i. Trouve moi les substances du pathway auquel les X_i doivent se lier pour atteindre mon but par des series d'inhibitions et de catalyses.
En tous cas merci pour votre aide. MAsi si vous avez encore des idées je suis toujours preneur !
Cordialement,
AlbClus.