Température de fusion de l'ADN (Tm)

[inviteaacbb360]

Bien le bonjour à tous !

Voilà en fait je dois savoir expliquer selon quoi varie la Tm d'une molécule d'ADN... Je sais que ça dépend de la molécule elle même (% nucléotides), et du milieu dans lequel elle se trouve (concentration en ions, etc.)...

J'ai une formule dans mon cours, mais je ne suis pas capable de dire d'où viennent 2 valeurs de cette formule.

J'ai eu beau chercher sur le net, je n'ai jamais rien trouvé d'autre que la formule toute seule, sans explications sur ces 2 chiffres... :/

Tm = 69.3 + 0.41 (%G+C)

D'où viennent le 69,3 et le 0.41 ???

Merci beaucoup !
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[Edelweiss68]

Bonjour,

D'où viennent le 69,3 et le 0.41 ???

Peut-être obtenus de manière expérimentale...en tout cas cette formule ne tient pas compte de la concentration en ions de la solution aqueuse d'ADN.

[Edelweiss68]

C'est la formule de Marmur et Doty mais pas de libre accès à l'article...

Marmur, 3., and P. Doty. 1962. Determination of the base
composition of deoxyribonucleic acid from its thermal
denaturation temperature. J. Mol. Biol. 5:109-118.

[inviteaacbb360]

Aaaah ok, merci beaucoup, au moins maintenant je sais comment elle s'appelle, peut-être que je trouverais d'autres infos en cherchant d'avantage ! ^^

Merci beaucoup !

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite853321bf]

Ca dépend aussi de la taille. En dessous de 25 pb, la formule est différente. Avant on la considérait Tm = 2X A/T + 4 C/G. Maintenant elle a beaucoup évolué.
J'aurais du mal à la sortir de tête là mais elle prend en compte la séquence. En faisant des tests, ceux qui ont établi cette formule se sont rendu compte que
AAAATTTT n'avait pas le même Tm que ATATATAT.
Elle prend aussi en compte la concentration en MgCl2, qui a une grosse importance.

Alors si on fait quelques recherches, on se rend vite compte qu'il y a beaucoup d'empirisme. Les valeurs peuvent varier, comme les limites...
Mais au dessus de 25 pb, c'est la composition qui compte surtout. J'ai jamais réussi à trouver pourquoi cette limite, c'est vrai.

[invitee170a0e7]

Oui le Tm c'est pas mal empirique en pratique.
Il suffit de voir les derniers articles sur cette question : la plupart des molécularistes mettent 55 ou 57°C en température d'hybridation même si leurs amorces devraient beaucoup plus haut.

Même si les "nouvelles" formules soient plus précises, on est encore loin d'avoir compris l'intégralité des mécanismes... mais tant que ça marche

[invite853321bf]

Mettre une température plus basse n'est pas très embêtant sauf pour un point, on augmente le risque de mésappariement et donc d'avoir des faux positifs